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[求助]
Gromacs 全原子模擬時(shí)，如何在膜的周圍加肽？ 已有1人參與
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| 請(qǐng)問(wèn)一下前輩們，如何在膜的周圍加一定距離一定數(shù)量的肽？比如我建的膜是一共240個(gè)磷脂，我想加距離膜1nm,并且是磷脂數(shù)量百分之3的肽。命令是什么 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
搞科研的小蕾: 金幣+5, ★有幫助 2017-08-30 21:42:39
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搞科研的小蕾: 金幣+5, ★有幫助 2017-08-30 21:42:39
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方法1： 使用 Packmol 把磷脂和肽的數(shù)量和大致位置都放好，然后再導(dǎo)入到gromacs進(jìn)行能力最小化，預(yù)平衡。。。。。。等模擬。 方法2：把肽的PDB文件直接貼再磷脂的PDB文件后面，然后使用VMD來(lái)調(diào)節(jié)兩者之間的相對(duì)距離，調(diào)節(jié)好之后，使用 writepdb 命令輸出最終的結(jié)構(gòu)，這樣輸出的PDB文件，gromacs可以識(shí)別的。 祝：好運(yùn)，順利！ |
2樓2017-08-30 16:18:10
3樓2017-08-30 21:43:07
James_Xiang
鐵蟲(chóng) (小有名氣)
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- 專業(yè): 分子影像與分子探針
4樓2017-08-31 09:32:21
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