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lidx123木蟲 (小有名氣)
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[求助]
MS構(gòu)建表面模型 已有1人參與
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本人想要構(gòu)建銳鈦礦TiO2的（101）表面模型，但是有兩個問題需要確定對否。 1、圖1中，當(dāng)選取截至點的FractionalXYZ為（0.5 0 0.542），請問Top的值設(shè)置對否？ Top: Specify the distance from the origin to the top of the cleave slab as either: Fractional - a fraction of the d-spacing of the Miller family of the cleave plane Angstrom - an absolute value in Å 2、圖二中，Origin (a b c)采用默認(rèn)值或是應(yīng)為（0.5 0 0.542），或者應(yīng)為其它值？ Origin (a b c): Specify the position of the origin of the surface lattice in fractional coordinates of the source crystal. 希望各位大俠不吝賜教！ 圖1.png 圖二.png |
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【答案】應(yīng)助回帖
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lidx123: 金幣+15 2017-09-12 07:29:06
lidx123: 金幣+15 2017-09-12 07:29:06
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您好，我也是最近在切割銳鈦礦101面的模型。根據(jù)我的了解，和您交流下我的看法，但是認(rèn)識還不足，請輕拍。。。 1.top選取主要在于看你的截面的原子排列情況，我選取的界面在（fractional）0.458~0.791，您自己試一下的話，可以看到這間隔之間的原子的排列情況是一樣的。如果稍微往間隔之外選取的話，會有新的一層原子出現(xiàn)（消失）。我將top（fractional）從0.458~0.791，以0.01為單位切割了模型（其他保持一致），3*3*2，計算得到的能量均一致-959.599436eV（計算方法是DFT-PBE，精度設(shè)置保持一致）。其中我對0.46、0.6、0.791這三個做了磷酸的吸附能計算，最高相差不超過0.7kcal/mol（0.03eV）（考慮到我連接磷酸時的構(gòu)型有差別，這里吸附能值有波動很正常）。因此基本可以考慮沒差別。 2.原點abc的選取，我對U方向V方向分別做了33個單位，移動33次U或者V向量能得到一個完整的小晶胞（這里不是重點，沒能表達(dá)清楚就跳過這里吧）。對abc不同的情況，計算了近一千種模型（其他保持一致），體系能量的差異在0.2eV之內(nèi)。唯一有值得注意的地方是，個別的模型會出現(xiàn)收斂失敗的情況。如果您用的是abc默認(rèn)的話是OK的。 3.我的問題在于，計算得到的吸附能一直偏低，一直偏小10多kcal/mol。。。。雖然一直懷疑是我板切割的問題，但是對此沒什么想法了。您有這方面的想法的話，希望也能一起交流下。。。 |
3樓2017-09-11 18:19:07
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lidx123(漫天飄雪代發(fā)): 金幣+5, 謝謝交流 2017-09-08 14:41:17
lidx123(漫天飄雪代發(fā)): 金幣+5, 謝謝交流 2017-09-08 14:41:17
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top位置和thickness要依你的具體情況而定。至于原點位置無所謂，因為它是周期性邊界條件。你的U,V矢量方向感覺有點別扭，調(diào)一調(diào)... 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
2樓2017-09-08 13:22:55
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