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用Towhee軟件進(jìn)行GEMC模擬構(gòu)建醋酸二聚體剛性分子時無法構(gòu)建初始構(gòu)型
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| 各位大神好，小弟在用towhee模擬醋酸的汽液相平衡性質(zhì)，希望在TraPPE-UA力場基礎(chǔ)上構(gòu)建醋酸二聚體分子（形式見PDB文件），由于二聚體是環(huán)狀的，希望把環(huán)做成類似苯環(huán)之類的剛性分子，但是在模擬時總是提示 overlap torsion和MAINLOOP: overlap in initial configuration，我的初始構(gòu)型已經(jīng)用packmol建好，不知道這個問題怎么解決，希望各位大神幫忙看一下，我有什么可以做的。附件包括我的力場文件，input文件，初始構(gòu)型和二聚體的構(gòu)型pdb文件。希望大家多提建議，在這方面我認(rèn)識還不夠，希望得到大家的建議與幫助。 |
回復(fù)此樓» 本帖附件資源列表
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- 附件 2 : towhee_initial
- 附件 3 : dimer.pdb
- 附件 4 : towhee_input
2017-10-15 21:33:06, 13.73 K
2017-10-15 21:33:06, 91.61 K
2017-10-15 21:43:26, 867 bytes
2017-10-15 21:43:34, 3.23 K
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