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3r4gsdvgre4y新蟲 (初入文壇)
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[求助]
求助：如何有效建立水基球型二氧化硅納米流體模型？
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作為一名課設(shè)強(qiáng)行被換方向的本科生，我只能從頭開始啃分子動(dòng)力學(xué)模擬的基礎(chǔ)理論。目前嘗試用materailstdio建立如題模型，先是利用nanocluster做出2nm二氧化硅球型顆粒，再用armophous cell的confined layer模式將5000個(gè)水分子和一個(gè)納米顆粒封裝在一起，如圖1所示(紅圈位置是納米顆粒球)。對(duì)此我有幾個(gè)疑問想請(qǐng)教一下萬能的網(wǎng)友： 1，怎么判斷我現(xiàn)在建立的模型規(guī)不規(guī)范？(PS： armophous cell使用compass力場(chǎng)，Ewald電場(chǎng)設(shè)置，建立后使用Forcite，選用compass力場(chǎng)，基于原子的電場(chǎng)，ultrafine精度幾何優(yōu)化過；至于水分子數(shù)量是擔(dān)心2nm納米顆粒球跑到外面，也試過armophous cell的construct但總提示失敗，設(shè)置如圖2，失敗提示如圖3) 2，第一點(diǎn)中armophous cell力場(chǎng)需要選用二氧化硅專屬力場(chǎng)嗎？另外我在構(gòu)建水分子時(shí)怎么判斷原子是否被添加力場(chǎng)？ 3，得到的納米流體模型我發(fā)現(xiàn)可以用supercell擴(kuò)大(xtd格式文件)，這個(gè)是什么原因呢？supercell對(duì)象應(yīng)該是晶胞吧？擴(kuò)大后的模型還有效嗎？ 非常感謝各位的熱心幫助，謝謝！  圖1 圖2 圖3 |
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鐵蟲 (小有名氣)
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2樓2017-11-01 20:51:22
3r4gsdvgre4y
新蟲 (初入文壇)
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。如果可以的話，麻煩您具體說說packing怎么可以保證納米球一定在晶格中呢？ 3樓2017-11-05 15:33:16
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