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雪野千樹新蟲 (小有名氣)
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[求助]
gromacs可以做蛋白與蛋白質(zhì)之間的分子動力學(xué)嗎？
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如題，我有兩個106個殘基組成的蛋白質(zhì)，我對接后可以用gromacs來跑分子動力學(xué)嗎？如果可以的話，和小分子與蛋白質(zhì)之間的分子動力學(xué)有什么不同？ 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
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2樓2017-10-20 18:00:39
3樓2017-10-20 18:00:47
雪野千樹
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4樓2017-10-20 18:08:03
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5樓2017-10-20 18:46:59
雪野千樹
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6樓2017-10-20 18:53:21
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gmx做小分子需要自己添加小分子的力場參數(shù)，比較麻煩一點(diǎn)。粗糙一點(diǎn)可以用ambertools做，精細(xì)些可以先用高斯算、然后再用ambertools。得到的文件還要用acpype轉(zhuǎn)成gmx格式，并手動修改一點(diǎn)，以便使用。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
7樓2017-10-20 22:51:42
hclwonder
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8樓2017-10-20 22:53:54
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