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顏?zhàn)闲?/font>新蟲 (著名寫手)
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植物基因做emsa還是chip-seq效果好？ 已有1人參與
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emsa與chip-seq的區(qū)別？ @youlinglyw 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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2樓2017-10-25 22:04:36
再鬧不給糖
新蟲 (正式寫手)
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3樓2017-10-25 23:43:25
eagle00768
木蟲 (小有名氣)
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4樓2017-10-26 05:31:08
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suye2017
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- 專業(yè): 植物進(jìn)化生物學(xué)
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EMSA是經(jīng)典的研究轉(zhuǎn)錄因子的體外方法。該方法不僅簡(jiǎn)單、迅速而且靈敏度較高; 另一方面它可以用競(jìng)爭(zhēng)性試驗(yàn)來評(píng)價(jià)蛋白和核酸結(jié)合的特性。末端標(biāo)記的核酸探針可以與蛋白質(zhì)結(jié)合，電泳時(shí)DNA 在凝膠中的遷移率因其相對(duì)分子質(zhì)量及構(gòu)型的不同而有所差異，DNA 蛋白質(zhì)復(fù)合物由于體積較大而表現(xiàn)為相對(duì)滯后EMSA 是一種在體外快速研究DNA 和蛋白質(zhì)結(jié)合作用的方法，能夠確定特定蛋白和DNA 序列，轉(zhuǎn)錄因子和其靶基因啟動(dòng)子區(qū)域的結(jié)合特性。但是這種體外方法不能真實(shí)地反映生物體內(nèi)的情況，不能確定細(xì)胞內(nèi)重要轉(zhuǎn)錄因子的靶序列，不能闡明生理?xiàng)l件下蛋白質(zhì)和DNA 的相互作用。此外，EMSA 法需要用放射性標(biāo)記材料，成本較高，耗時(shí)較長(zhǎng) ChIP 技術(shù)是利用抗原抗體結(jié)合的原理來反映蛋白質(zhì)與基因組結(jié)合的情況，是目前唯一研究體內(nèi)DNA 與蛋白質(zhì)相互作用的方法。該方法最初用于組蛋白各種共價(jià)修飾的研究，后來才用于轉(zhuǎn)錄因子與DNA 相互作用的研究。其原理是: 在活細(xì)胞狀態(tài)下固定DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物，并將其隨機(jī)切斷為一定長(zhǎng)度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段，然后通過免疫學(xué)方法沉淀該復(fù)合物，特異性地富集與目的蛋白結(jié)合的DNA 片段，通過對(duì)目的片斷的純化與檢測(cè)，從而獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用的信息。ChIP 在體內(nèi)捕獲轉(zhuǎn)錄因子和靶基因相互作用的同時(shí)，能快速地提供一種或者多種基因的調(diào)控機(jī)制，應(yīng)用前景廣闊。但是ChIP 也有一定的局限性，該技術(shù)對(duì)抗體特異性要求高，要在自由溶液和固定液中都能識(shí)別其抗原決定簇，為獲得高豐度的結(jié)合片段，必須高度模擬靶標(biāo)蛋白質(zhì)表達(dá)所需的胞內(nèi)環(huán)境，易出現(xiàn)假陰性或假陽性結(jié)果，難以同時(shí)得到多個(gè)蛋白質(zhì)對(duì)同一序列結(jié)合的信息等。 根據(jù)現(xiàn)在發(fā)表的植物方面的文獻(xiàn)來看，一般2種都會(huì)做。 |
6樓2017-11-08 15:31:38
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