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綜合工具 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) http://www.bionavigator.com, 功能最為完整的網(wǎng)上服務(wù)器。包括核酸的酶切位點(diǎn)、motif、開(kāi)讀框等搜索，PCR引物設(shè)計(jì)，二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，多序列比較及分子進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建，等等；蛋白分析則包括酶切圖譜，功能區(qū)搜索，分子進(jìn)化分析，蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，等等；此外還提供序列管理等功能。收費(fèi)站點(diǎn)，但提供兩周的全功能免費(fèi)試用期 http://bioinformatics.weizamann.ac.il/gdp/gdp.html， 另一個(gè)綜合性的提供序列分析功能的網(wǎng)站 http://www.hgsc.bcm.tmc.edu,內(nèi)容豐富的站點(diǎn)，有數(shù)據(jù)庫(kù)及教程、在線(xiàn)分析工具等，常用其預(yù)測(cè)編碼區(qū)、搜索啟動(dòng)子和結(jié)合位點(diǎn)等功能 編碼區(qū)統(tǒng)計(jì)特性分析 http://cbrg.inf.ethz.ch,常用其基因預(yù)測(cè)及驗(yàn)證功能，預(yù)測(cè)DNA序列的外顯子。 還有其它一些在線(xiàn)服務(wù) 啟動(dòng)子及調(diào)控元件分析 BDGP-promoter Tfsitescan 內(nèi)含子/外顯子剪接位點(diǎn) NetGene服務(wù)的Email地址是：netgene@cbs.dtu.dk 重復(fù)序列分析 CENSOR的Email服務(wù)地址是：censor@sharon.lpi.org XBLAST：ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/jmc Repbase：ftp://ncbi/nlm.nih.gov/repository/repbase/REF 從氨基酸組成辨識(shí)蛋白質(zhì) ExPASy： http://www.expasy.ch/tools/ PROSEARCH： http://www.embl-heidelberg.de/prs.html 預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的物理性質(zhì)：等電點(diǎn)、分子量、酶切特性、疏水性、電荷分布等 ExPASy：http://www.expasy.ch/tools/，有較多的蛋白分析工具，包括分子量、親疏水性、表面積、二級(jí)結(jié)構(gòu)、與SWISS-PROT數(shù)據(jù)庫(kù)收錄分子同源性比較、極性、折射率等分析 FASTA： ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/ SAPS： http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html 跨膜區(qū)預(yù)測(cè)： http://www.isrec.isb-sib.ch/software/tmpred_from.html 蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) nnPredict： http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html PredictProtein： http://cubic.bioc.columbia.edu/predictprotein/ PredictProtein的國(guó)內(nèi)鏡像： http://www.cbi.pku.edu.cn/predictprotein/ SOPMA： http://pbil.ibcp.fr/ 二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)： www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict-instrucs.html 卷曲螺旋預(yù)測(cè) COILS： http://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.html 跨膜區(qū)段和在膜上的取向預(yù)測(cè) TMpred： http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html 信號(hào)肽的剪切位點(diǎn) SignalP： http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu) SWISS-MODEL： http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html CPHmodels： http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/ |
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