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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » 分子模擬
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星空0206鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
分子模擬
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| 我是研究的KGM（聚合物、含有氫和氧）和水的水合過程，我先把KGM和水里的氫和氧分別set，設置成KH、KO、WH、WO，然后建盒子，MD模擬，用的是compassⅡ力場，NVT系統(tǒng)，10個kgm分子，2000個水分子。觀察能量和溫度圖，看最后的軌跡平衡狀態(tài)對應哪些幀，在最后通過forcite-analysis做RDF分析，在set里選擇WH和WO，cutoff設置為盒子長度的一半，點擊analysis得到std和xcd文件，在std文件里點擊inter（WH-WO），發(fā)現(xiàn)g（r）都是0，模擬過程出錯？還是別的問題？ |
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