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李衍達_-_生物信息學(xué)基因和蛋白質(zhì)分析的實用指南下載
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生物信息學(xué) ------基因和蛋白質(zhì)分析的實用指南 目錄 譯者序 編者序 1. 因特網(wǎng)與生物學(xué)家 1.1因特網(wǎng)基礎(chǔ) 1.2與因特網(wǎng)連接 1.3 電子郵件 1.4 文件傳輸協(xié)議 1.5 GOPHER 1.6 萬維網(wǎng) 參考文獻 2. GenBank序列數(shù)據(jù)庫 2.1 簡介 2.2 一級和二級數(shù)據(jù)庫 2.3 格式與內(nèi)容：計算機與人 2.4 數(shù)據(jù)庫 2.5 剖析GenBank 2.6 小結(jié) 參考文獻 附錄：數(shù)據(jù)庫文件格式 附錄2.1 GenBank ( DDBS)記錄例子 附錄2.2 一個ASN.1記錄例子 附錄2.3 一個EMBL記錄例子 附錄2.4 一個GenBank瀏覽文件 3. 結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫 3.1 簡介 3.2 PDB：Brookhaven國家實驗室蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫 3.3 MMDB：NCBI的分子建模數(shù)據(jù)庫 3.4 結(jié)構(gòu)文件格式 3 .5 結(jié)構(gòu)信息顯示 3.6 數(shù)據(jù)庫結(jié)構(gòu)瀏覽器 參考文獻 專題論文 4. 應(yīng)用GCG進行序列分析 4.1 簡介 4.2 Wisconsin軟件包 4.3 Wisconsin使用的數(shù)據(jù)庫 4.4 SeqLab環(huán)境 4.5 用操作和Wisconsin程序分析序列 4.6 觀察輸出 4.7 監(jiān)視程序執(zhí)行過程并解決問題 4.8 給序列加注釋并在SeqLab Editor中圖形化顯示注釋 4.9 在SeqLab Editor中保存序列 4.10 在SeqLab中可以實現(xiàn)的分析實例 4.11 引入非Wisconsin組件的程序擴展SeqLab 參考文獻 附錄 5. 生物數(shù)據(jù)庫的信息檢索 5.1 檢索數(shù)據(jù)庫條目：檢索服務(wù)器(Retrieve 服務(wù)器) 5.2 集成信息檢索：ENTREZ系統(tǒng) 5.3 集成的信息訪問：查詢服務(wù)器 5.4 NCBI之外的序列數(shù)據(jù)庫 5.5 醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫 參考文獻 6. NCBI數(shù)據(jù)模型 6.1 簡介 6.2 出版物 6.3 SEQIDS：名稱中包含了什么？ 6.4 BIOSEQ：生物序列 6.5 BIOSEQSETS：序列集合 6.6 Seq-annot:序列的注釋屬性 6.7 SEQ- DESCR: 序列的描述 6.8 模型的使用 6.9 結(jié)論 參考文獻 7. 序列比對和數(shù)據(jù)庫搜索 7.1 引言 7.2 序列比對的進化基礎(chǔ) 7.3 蛋白質(zhì)的模塊性質(zhì) 7.4 最佳比對方法 7.5 取代分和空位處罰 7.6 比對的統(tǒng)計學(xué)顯著性 7.7數(shù)據(jù)庫中的相似性搜索 7.8 FASTA 7.9 BLAST 7.10 低復(fù)雜度區(qū)域 7.11 重復(fù)元件 7.12小結(jié) 參考文獻 8. 多序列比對的實際應(yīng)用 8.1 漸進比對方法 8.2 模體和樣式 8.3 演示方法 參考文獻 9. 系統(tǒng)發(fā)育分析 9.1 系統(tǒng)發(fā)育模型的組成 9.2系統(tǒng)發(fā)育數(shù)據(jù)分析：比對，建立取代模型，建立進化樹以及進化樹評估 9.3 建立數(shù)據(jù)模型（比對） 9.4 決定取代模型 9.5 建樹方法 9.6 進化樹搜索 9.7 確定樹根 9.8 評估進化樹和數(shù)據(jù) 9.9 系統(tǒng)發(fā)育軟件 9.10 一些簡單的實際的考慮 9.11 第九章所涉及到的因特網(wǎng)資源 致謝 參考文獻 10. 利用核酸序列的預(yù)測方法 10.1 框架 10.2 遮蔽重復(fù)序列 10.3 數(shù)據(jù)庫搜索 10.4 密碼子偏好的檢測 10.5 探查DNA中的功能性位點 10.6 復(fù)合的基因語法分析 10.7 搜尋tRNA基因 10.8 未來的展望 參考文獻 11. 利用蛋白質(zhì)序列的預(yù)測方法 11.1 基于組成的蛋白質(zhì)辨識 11.2 基于序列的物理性質(zhì) 11.3 二級結(jié)構(gòu)和折疊類 11.4 特殊結(jié)構(gòu)或結(jié)構(gòu)特征 11.5 三級結(jié)構(gòu) 參考文獻 12.鼠類和人類公用物理 圖譜數(shù)據(jù)庫的使用 12.1 物理圖譜的類型 12.2 大型公用數(shù)據(jù)庫中的基因組范圍圖譜 12.3 個體來源的基因組范圍圖譜 12.4 特定人類染色體圖譜 12.5 鼠類圖譜來源 參考文獻 13. ACEDB一個基因組信息的數(shù)據(jù)庫 13.1 ACEDB的一般特點 13.2 ACEDB中的序列分析 13.3 多種分析功能 14.提交DNA序列到數(shù)據(jù)庫 14.1 提交到哪兒？ 14.2 提交什么內(nèi)容？ 14.3 如何提交到互聯(lián)網(wǎng) 14.4 如何用Sequin提交 14.5 EST/STS/GSS 14.6 基因組中心 14.7 更新 14.8 結(jié)論性的評價 參考文獻 附錄1 詞匯表 鏈接地址：http://www.360yiqi.com/bbs/plugin/spread/?uid=754 |
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