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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » 其他 » MD 平面膜模擬，各向異性的問題
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[求助]
MD 平面膜模擬，各向異性的問題
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MD仿真，對于平面膜的模擬（長方體盒結構，粗�；Ｐ停�，mdp文件參數如下： Tcoupl = Berendsen tc_grps =DPPC Protein PW_ION tau_t = 1.0 1.0 1.0 ref_t = 310 310 310 Pcoupl = Berendsen pcoupltype = semiisotropic tau_p = 0.2 0.2 compressibility = 3e-5 3e-5 ref_p = 1.0 1.0 未加入電場時，能夠正常的運行；加入電場后，盒子變矮變寬，并報錯中斷，如下： Fatal error: The Z-size of the box (15.861096) times the triclinic skew factor (1.000000) is smaller than the number of DD cells (12) times the smallest allowed cell size (1.321887) 網上說是減少并行核數，但是沒啥用，我覺得可能是參數設置問題導致系統不夠穩(wěn)定，希望大神能幫忙看下。（附件是整個mdp文件） |
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