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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » 其他 » 請教 VMD進行譜計算和觀察
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[交流]
請教 VMD進行譜計算和觀察
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剛剛發(fā)了一個關于amber仿真步驟的長貼，都是俺心血的總結(jié)，雖然在baidu上能搜到不少，但或多或少都有些問題和小瑕疵，不如直接采用amber公司的教程，step by step，一定可以成功。 http://www.gaoyang168.com/t-12879135-1 但是，MD仿真完畢，俺想用VMD進行譜(spectra)計算和觀察，可是一直沒有找到方法。故在此求助。 用Amber15已經(jīng)進行了大腸桿菌(E.coli.)的分子動力學仿真，軌跡文件和拓撲文件，以及數(shù)據(jù)分析analysis需要的文件都已經(jīng)生成。然后是采用VMD計算和觀察IR Spectra，就是吸收譜。如果能用VMD計算和觀察仿真后的譜，就可以與實驗測得THz吸收譜進行比較了。 可是，一直不知道如何用VMD進行計算和觀察，哪位仁兄用過這個功能，能夠指點一二，或者哪里有tutorial之類的，可告知。謝謝。 注：論壇里之前有位好心人發(fā)了一個"VMD中文教程"，其中關于VMD的部分功能介紹地很好，但是沒有譜計算方法的，稍有遺憾。 |
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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MD不計算電子吧？吸收譜是由分子的能帶結(jié)構(gòu)決定的吧？這么看的話，需要找方法專門計算吸收譜的，比如QM 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
7樓2018-11-15 22:52:49
8樓2018-11-16 19:08:53
9樓2018-12-24 00:06:32
簡單回復
yanbodr6樓
2018-11-15 19:24
回復
georgecumt(金幣+1): 謝謝參與
， 發(fā)自小木蟲Android客戶端
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