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pair_style hybrid/overlay指令用法
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各位大神關(guān)于pair_style hybrid/overlay指令用法小弟有點(diǎn)不是太明白，能否詳細(xì)說說呢？如這個(gè)例子 using, EAM, Tersoff and LJ for Fe-Fe,C-C and Fe-C interactions respectively. Fe is atom type 1, C is atom type 2. pair_style hybrid eam/fs lj/cut 10.0 tersoff pair_coeff * * eam/fs ../potentials/Fe_mm.eam.fs Fe NULL pair_coeff 1 2 lj/cut 0.00759200 3.5 9.7625 pair_coeff * * tersoff ../potentials/Si.tersoff NULL Si 它包含了三個(gè)勢(shì)函數(shù)類型，兩種原子類型Fe、C， 在系數(shù)設(shè)置上面，第一條 ** 不是代表所有原子的相互作用嗎？而原本是想鐵鐵的作用勢(shì)選用EAM勢(shì)，鐵碳作用勢(shì)力用的是LJ對(duì)勢(shì)，這個(gè)我能看懂，可是最后一條不是太懂�！癗ULL”是代表缺省嗎? |
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NULL表示的意思是不對(duì)這個(gè)類型原子/分子施加那種類型的作用勢(shì)，比如說你現(xiàn)在有兩種類型原子，F(xiàn)e的原子序號(hào)是1，C的原子序號(hào)是2。在分配作用勢(shì)的時(shí)候比如只是對(duì)于C的作用勢(shì)時(shí)就必須忽略Fe。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
12樓2018-12-27 10:28:12
6樓2018-12-26 22:41:13
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隨便簡(jiǎn)單說一說。勢(shì)函數(shù)文件自己打開看一下就知道，是一個(gè)索引，你引用的元素名是文件里面引的，而in文件中，但凡要定義和使用這種勢(shì)函數(shù)，必須遍歷in文件中使用的所有原子種類，因此會(huì)出現(xiàn) pair_xxx ** xxx.eam type1 type2 type3 type4這種定義方法(type1到type4表示每種原子在勢(shì)函數(shù)索引中對(duì)應(yīng)的名稱，并不代表原子自己，即使type1是氟，你完全可以在這里填上氯，用氯原子的勢(shì)函數(shù)來計(jì)算，即使這種操作是不正常的)，你可以看到，它是按照type順序聲明的。即使有的原子沒有這種勢(shì)函數(shù)的相互作用，這些原子也要包含進(jìn)去(這顯然與常見的勢(shì)函數(shù)比如lj不同，lj中只用定義參與相互作用的原子類型)，當(dāng)然假如沒有參與相互作用就用NULL代替了，表示不參與作用 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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11樓2018-12-27 09:18:05
送紅花一朵 |
謝謝朋友 在咨詢咨詢，hybrid/overlay我理解的是把幾個(gè)作用勢(shì)集合起來，在咨詢咨詢“pair_xxx ** xxx.eam type1 type2 type3 type4”我原來理解的是在eam勢(shì)函數(shù)文件里面，包含的原子種類，就是后面的type1-4。比如Fe_mm.eam.fs ，這個(gè)勢(shì)函數(shù)里面就只有鐵的勢(shì)函數(shù)，因而寫成pair_coeff 1 1 eam/fs ../potentials/Fe_mm.eam.fs Fe （鐵在in文件中代表原子類型為1），。你的意思是說in文件里面假如有兩種原子類型，則在定義勢(shì)函數(shù)系數(shù)的時(shí)候，都必須遍歷取值，因而在這條指令pair_coeff * * eam/fs ../potentials/Fe_mm.eam.fs Fe NULL 是** 表示in文件中原子類型（鐵 、碳）所有原子都參與了（鐵鐵、鐵碳、碳碳三種作用勢(shì)都采用Fe_mm.eam.fs 勢(shì)函數(shù)，但是事實(shí)上它只是鐵鐵的勢(shì)函數(shù)，而我們又只需要表示鐵鐵的作用勢(shì)力，因而后面type類型中標(biāo)注為Fe NULL ，“NULL ”的作用就是表示碳原子沒有參與到這個(gè)勢(shì)函數(shù)作用）。不知道我理解的是否正確，請(qǐng)你指點(diǎn)指點(diǎn)，實(shí)在是有點(diǎn)迷糊 了。 |
13樓2018-12-27 16:27:25
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30樓2020-01-06 11:40:15
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31樓2020-01-09 16:08:51
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youngen2樓
2018-12-26 19:16
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tzynew3樓
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psylhh7樓
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2018-12-27 05:11
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syhorchid14樓
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nono200915樓
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Biotage16樓
2018-12-27 23:13
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baowahao17樓
2018-12-27 23:19
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sz_kebaoyuan18樓
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syhorchid19樓
2018-12-27 23:57
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miaojiabing20樓
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