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[求助]
qPCR引物設(shè)計(jì)問(wèn)題（急急急急急�。� 已有1人參與
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 請(qǐng)求各位蟲(chóng)友的幫助：本人即將要做qPCR—菌種定量的實(shí)驗(yàn)，我想的是針對(duì)目的菌株設(shè)計(jì)出特異性引物，其他雜菌不會(huì)擴(kuò)增出相應(yīng)的基因，請(qǐng)問(wèn)要怎樣設(shè)計(jì)這種類(lèi)型的特異性引物呢，我看了很多碩博論文，還不是特別明白，希望蟲(chóng)友能夠指點(diǎn)迷津，已經(jīng)卡在這個(gè)點(diǎn)卡了一個(gè)多星期了，一直沒(méi)有進(jìn)展。 |
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王艷xinwei
銀蟲(chóng) (小有名氣)
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★ ★ ★ ★
西門(mén)吹雪170: 金幣+4, 鼓勵(lì)回帖交流 2019-04-09 22:03:34
西門(mén)吹雪170: 金幣+4, 鼓勵(lì)回帖交流 2019-04-09 22:03:34
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你可以查找該目的菌種相關(guān)文獻(xiàn)，最好找到全基因組序列，可以找到該菌種某些基因序列的登陸號(hào)，從ncbi中得到全序列，再利用引物設(shè)計(jì)軟件設(shè)計(jì)特異性引物，一般定量引物比較短，擴(kuò)增前段200pb左右；如果沒(méi)有公布的目的基因全長(zhǎng)或前段，你可以找其他菌種具有公開(kāi)的基因全長(zhǎng)設(shè)計(jì)非特性引物，再對(duì)你的目的菌進(jìn)行擴(kuò)增，測(cè)序，比對(duì)等鑒定過(guò)程；另一種方法就是設(shè)計(jì)某一基因的引物，做race獲得基因全長(zhǎng)，再設(shè)計(jì)定量引物；最后另一種方法就是拿錢(qián)讓試劑公司做該菌種的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，在獲得的結(jié)果中找到你感興趣的基因設(shè)計(jì)定量引物！以上方法僅供參考！ 發(fā)自小木蟲(chóng)IOS客戶(hù)端 |
3樓2019-04-09 09:47:39
2樓2019-04-09 09:25:34
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
西門(mén)吹雪170: 金幣+2, 鼓勵(lì)回帖交流 2019-05-29 22:54:35
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
西門(mén)吹雪170: 金幣+2, 鼓勵(lì)回帖交流 2019-05-29 22:54:35
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首先，盡可能先確定你的模板（如果是混合菌的話）有哪些，盡可能從ncbi 或者ucsc 找到 RNA 序列，一般已發(fā)表或者已上傳的數(shù)據(jù)知道菌株信息都能找到。確定這些你就能確定特異性部分了，然后設(shè)計(jì)引物，推薦一個(gè)好用的在線軟件https://sg.idtdna.com/site/accou ... uest%2FHome%2FIndex 希望有幫助 |
4樓2019-04-10 15:59:44
5樓2019-04-15 19:36:39
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