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[資源]
【原創(chuàng)】并行編譯SIESTA
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最近閑的無聊,在曙光集群上并行編譯了SIESTA,把其中的過程和教訓(xùn)跟大家分享一下. 1.獲得SIESTA SIESTA對(duì)科研人員是可以免費(fèi)使用的,因此可以在http://www.icmab.es/siesta/主頁上注冊,大概兩個(gè)星期后管理員會(huì)通過審核,通知您可以使用SIESTA.然后就可以從上面下載到源文件，贗勢文件等。 2.編譯器安裝 我這里使用的FORTRAN編譯器是PGI7.0，并行使用MPI-1.2.7. PGI的安裝很友好，因此不做介紹。 接著使用PGI編譯MPICH，先進(jìn)行配置生成MAKEFILE文件具體是： ./configure -prefix=/your/mpich/directory -fc="pgf77 -Mx,119,0x200000" \ -f90="pgf90 -Mx,119,0x200000" \ -without-romio --without-mpe -opt=-O -rsh=ssh 然后進(jìn)入你的安裝目錄，使用make完成安裝，最好是測試下例子確認(rèn)安裝成功。 安裝完之后將MPICH的BIN加入環(huán)境變量中。 3.安裝數(shù)學(xué)庫 并行編譯SIESTA需要以下4個(gè)數(shù)學(xué)庫BLAS,LAPACK,BLACS以及SCALAPACK，這些都可以從http://www.netlib.org/免費(fèi)獲得。對(duì)于BLAS和LAPACK可以使用優(yōu)化過的MKL（INTEL處理器），ACML（AMD處理器），同樣后者也可以從網(wǎng)上免費(fèi)獲得。SIESTA也能使用NETCDF數(shù)學(xué)庫（這里沒有使用）。 在這里我使用的ACML，BLACS以及SCALAPACK數(shù)學(xué)庫，ACML的安裝很友好，不過要下載對(duì)應(yīng)好編譯器的版本。這里主要介紹下BLACS和SCALAPCK的編譯。 3.1BLACS的安裝 從http://www.netlib.org/獲得mpiblacs.gz，使用tar -zxvf mpiblacs.gz解壓縮后進(jìn)入BLACS目錄，從BMAKES目錄下拷貝出你對(duì)應(yīng)系統(tǒng)系統(tǒng)的Bmake.X-X文件到上一目錄的Bmake.inc對(duì)于我的系統(tǒng)使用的是 cp Bmake.MPI-LINUX ../Bmake.inc 然后修改Bmake.inc文件中相關(guān)內(nèi)容 先修改安裝目錄 BTOPdir =/your/BLACS/directory 接著修改MPI目錄MPIdir = /your/MPICH/directory 最重要的是將 INTFACE = -DAdd_ 這里設(shè)置成-DAdd_ 然后設(shè)置 TRANSCOMM = -DUseMpich 最后將系統(tǒng)默認(rèn)編譯器改成PGI編譯 F77 = pgf77 F77NO_OPTFLAGS = F77FLAGS = $(F77NO_OPTFLAGS) -O F77LOADER = $(F77) F77LOADFLAGS = CC = pgcc CCFLAGS = -O4 CCLOADER = $(CC) CCLOADFLAGS = 完成修改之后使用make mpi進(jìn)行安裝，安裝成功后就會(huì)在LIB目錄下生成三個(gè)BLACS庫文件。 （這里注意的是如果不使用-DAdd_以及PGI編譯器，系統(tǒng)會(huì)在編譯到最后一部（生成可執(zhí)行文件是對(duì)數(shù)學(xué)庫文件報(bào)錯(cuò)））。 3.2SCALAPACK安裝 裝好BLACS后就可以進(jìn)行SCALAPACK的安裝了 如同安裝BLACS，下載SCALAPACK后解壓縮，從子目錄下拷貝出相應(yīng)系統(tǒng)的SLmake.inc然后對(duì)里面制定MPICH，BLACS，BLAS,LAPACK數(shù)學(xué)庫的相應(yīng)位置的地方進(jìn)行修改，指定到你所安裝的MPICH，BLACS，BLAS,LAPACK數(shù)學(xué)庫位置，如果BLAS,LAPACK使用的是MKL或者ACML的則指定相應(yīng)文件夾下的相應(yīng)文件，如我的是制定到/libacml.a。 同樣最重要是的設(shè)置CDEFS = -DAdd_ -DNO_IEEE $(USEMPI) (這里主要要指定好BLACS庫函數(shù)的位置，對(duì)于BLAS和LAPACK影響不大) 編譯使用MPI進(jìn)行 F77 = mpif77 CC = mpicc NOOPT = F77FLAGS = -O3 $(NOOPT) CCFLAGS = -O4 SRCFLAG = F77LOADER = $(F77) CCLOADER = $(CC) F77LOADFLAGS = CCLOADFLAGS = 4.編譯SIESTA SIESTA編譯同樣先解壓縮，然后進(jìn)入Src目錄，將/Src/Sys目錄下對(duì)應(yīng)的X-X.make拷貝到Src，并更改名字為arch.make,然后根據(jù)你具體的數(shù)學(xué)庫地址和編譯器名字修改arch.make. 由于時(shí)間關(guān)系這里我直接給出我自己的arch.make.給大家做個(gè)參考 更改完成后，make即可生成SIESTA文件，然后可以去TESTS目錄下進(jìn)行測試。 PS： arch.make文件 # # This file is part of the SIESTA package. # # Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid: # E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal # and J.M.Soler, 1996-2006. # # Use of this software constitutes agreement with the full conditions # given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users. # SIESTA_ARCH=pgf90-mpich # FC=mpif90 FC_ASIS=$(FC) # FFLAGS= -O3 -fastsse -Mx,119,0x200000 -tp k8-64e FFLAGS_DEBUG= -g -O0 RANLIB=echo COMP_LIBS=dc_lapack.a # NETCDF_LIBS= # /public/home/liang/libs/netcdf-4.0.1/lib/libnetcdf.a NETCDF_INTERFACE= # libnetcdf_f90.a DEFS_CDF= # -DCDF # MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a MPI_INCLUDE=/your/MPICH/directory/include DEFS_MPI=-DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT # # There are (were?) some problems with command-line processing compatibility # that forced the extraction of "pgi.aux" and "pgiarg" as independent # libraries (details unfortunately lost) # BLAS_LIBS=/your/BLAS/directory/libblas.a LAPACK_LIBS=/your/LAPACK/diretory/liblapack.a BLACS_LIBS=/your/BLACS/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a /your/BLACS/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a /your/BLACS/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a SCALAPACK_LIBS=/your/scalapack-1.8.0/libscalapack.a LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS) $(PGI_LIBS) $(PGI_LIBS) SYS=cpu_time DEFS= $(DEFS_CDF) $(DEFS_MPI) # # # Important (at least for V5.0-1 of the pgf90 compiler...) # Compile atom.f and electrostatic.f without optimization. # atom.o: $(FC) -c $(FFLAGS_DEBUG) atom.f # electrostatic.o: $(FC) -c $(FFLAGS_DEBUG) electrostatic.f # .F.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(DEFS) $< .f.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $< .F90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(DEFS) $< .f90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $< # |
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首先十分感謝lz發(fā)了這么詳細(xì)的安裝步驟。 由于我剛剛接觸這個(gè)軟件所以安裝的時(shí)候又很多地方不懂。還請(qǐng)樓主指點(diǎn)一下： MPICH包，我用的是MPICH 2.0的。編譯器，我用的是ifortran9.0。數(shù)學(xué)庫我也按 照你的步驟建立好。在裝siesta時(shí)。make之后出現(xiàn)一個(gè)錯(cuò)誤： cannot find -1mpich。 不知道是什么錯(cuò)誤？ 還有不理解的是： -fc="pgf77 -Mx,119,0x200000" \ -f90="pgf90 -Mx,119,0x200000" \ 這里的 pgf77 和 pgf90 代表的是什么？對(duì)于ifortran來講，對(duì)應(yīng)的是什么? -Mx， 119， 0x20000" 又指的是什么？ 最后，我想知道 這里的意思是不是把FC=mpif90 改為FC=pgf90 希望樓主能夠解答一下。謝謝�。� [ Last edited by caqhero on 2009-8-9 at 16:50 ] |
14樓2009-08-09 16:42:57
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你這對(duì)編譯一點(diǎn)都不懂啊。 用ifort可以參考一下我的 http://qingyan1971.spaces.live.c ... 75FC440F6!499.entry 不過我這樣編譯出來的，編譯過程非常順利，但一并行就出錯(cuò)，說是divided by zero。 [ Last edited by fuzp on 2009-8-27 at 21:55 ] |
15樓2009-08-10 23:07:34
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