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loovfnd至尊木蟲 (著名寫手)
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【求助】Molecular electrostatic potential (MEP) maps 分子靜電勢(shì)怎樣計(jì)算？ 已有5人參與
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J. AM. CHEM. SOC. 2006, 128, 1402-1403。 如下圖所示： [ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-14 at 13:41 ] |
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zhou2009
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lei0736(金幣+8,VIP+0):謝謝 7-10 16:37
loovfnd(金幣+5,VIP+0):那計(jì)算命令呢？輸入行要怎么寫呢。 7-10 22:11
lei0736(金幣+8,VIP+0):謝謝 7-10 16:37
loovfnd(金幣+5,VIP+0):那計(jì)算命令呢？輸入行要怎么寫呢。 7-10 22:11
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你可能是問(wèn)如何作這樣的靜電勢(shì)圖吧？ 我沒(méi)有作過(guò)這樣的圖。如果要我作這樣的圖，我會(huì)這樣去作： 1、 Windows版cubegen的提示信息與回答： 進(jìn)行g(shù)03對(duì)圖示分子進(jìn)行計(jì)算，得到.chk文件，改寫成.fch文件 運(yùn)行cubegen， Property [Density]? Potential …… 這樣就得到圖示分子的分子靜電勢(shì)空間格點(diǎn)文件name.cube 2、 運(yùn)行g(shù)sgrid程序，選擇圖示分子有靜電勢(shì)等值線圖的那個(gè)截面：如果圖面是xy，即選其為截面，z則選生成該靜電勢(shì)等值線圖的那些原子的，它們都在一個(gè)平面，只有一個(gè)z值，且這個(gè)截面之外的原子都不會(huì)截取到，沒(méi)有值。形成gsgrid.txt文件，即時(shí)改為自己需要的名字name.txt 3、 進(jìn)入sigmaplot中作圖。 圖板的左邊小方框圖標(biāo)展示了作圖的十多種類型選項(xiàng)，選“Contour Plot”， 出現(xiàn)兩個(gè)選擇：“Contour”，即線條式等值線； “Filled Contour ”， 即色彩填充式等值線。選擇：“Contour”，經(jīng)過(guò)幾步選擇后即形成一個(gè)等值線表示的靜電勢(shì)等值線圖。進(jìn)一步選擇等值線線型的表達(dá)形式，可以找到上面分子圖的等值線的色帶樣式。得色彩等值線圖。（這個(gè)圖看似Filled Contour 的色彩填充式等值線，實(shí)應(yīng)是等值線的彩色線型。） 4、 就在得到的圖上面另行拷入一幅分子骨架圖，調(diào)整好比例，覆蓋在上面，二圖疊加，并令這上面圖層為“透明”，以便能看見下面的等值線圖。拖動(dòng)這骨架圖，使之如上面分子圖的位置。 這時(shí)會(huì)又調(diào)出等值線圖，選擇等值線的值，使之符合給定的范疇，這點(diǎn)還要推敲、實(shí)踐，或者需要剪裁使之適合范疇，上面這個(gè)圖有明顯的剪裁痕跡。因?yàn)樽髡咧幌肟催@一圈原子對(duì)內(nèi)的清晰靜電勢(shì)，這也不為過(guò)。圖即完成了，輸出作為插圖即可。 當(dāng)然，我這還是紙上談兵。關(guān)鍵是這樣的圖，是作了一個(gè)靜電勢(shì)截面等值線圖，鑲在分子骨架之中。 [ Last edited by zhou2009 on 2009-7-10 at 19:22 ] |
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小范范19893樓2009-07-10 15:55:26
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可以參閱《化學(xué)學(xué)報(bào)》 1992年05期 加入收藏 獲取最新 靜電勢(shì)方法研究分子間的電子轉(zhuǎn)移 Ⅰ.理論背景與方法曹軒 廖沐真 顧憲章 李林蜂 吳國(guó)是 【摘要】：光電轉(zhuǎn)換過(guò)程中起主導(dǎo)作用的分子間電子轉(zhuǎn)移可視為電子在分子間勢(shì)壘穿透的過(guò)程。我們?cè)趶念^算SCF-MO波函數(shù)基礎(chǔ)上將靜電勢(shì)方法用于確定分子間的勢(shì)壘,并由此出發(fā)從理論上得到了各種動(dòng)力學(xué)參數(shù)如電子穿透幾率和弛豫時(shí)間等。文中給出了詳細(xì)的數(shù)學(xué)公式和理論模型。 【作者單位】： 清華大學(xué)化學(xué)系 清華大學(xué)化學(xué)系 清華大學(xué)化學(xué)系 清華大學(xué)化學(xué)系 清華大學(xué)化學(xué)系 【關(guān)鍵詞】： 分子靜電勢(shì) 分子間電子轉(zhuǎn)移 勢(shì)壘高度 弛豫時(shí)間 電子給體 穿透幾率 電子穿透 波函數(shù) 光電轉(zhuǎn)換 電荷分離 【基金】：863基金資助的課題 【DOI】：CNKI:SUN:HXXB.0.1992-05-004 |
2樓2009-07-10 14:48:39
zhou2009
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loovfnd(金幣+6,VIP+0):太感謝了！ 7-11 12:37
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用G03作單點(diǎn)能計(jì)算，此時(shí)不需要用作CUBE的命令，用%chk=jobname得到CHK文件即成。再調(diào)用cubegen命令作分子的靜電勢(shì)空間格點(diǎn)文件。 用G03作單點(diǎn)能計(jì)算，也可用關(guān)鍵字cube=(potential,cards)，自己輸入格點(diǎn)數(shù)、起始點(diǎn)、格點(diǎn)間隔。即得分子的靜電勢(shì)空間格點(diǎn)文件。 用cubegen命令 1、在計(jì)算中，用%chk=jobname----------將計(jì)算存為：jobname.chk；默認(rèn)存于：scratch子文件夾。 2、調(diào)用Formchk 將二進(jìn)制的checkpoint 文件(chk)轉(zhuǎn)換成ASCII 碼形式(fchk)；得到j(luò)obname.fch 3、調(diào)用cubegen。 在一個(gè)三維網(wǎng)格（立方）點(diǎn)上求解：Orbitals分子軌道（ MO=n），potential靜電勢(shì)，Density電子密度，Gradient密度梯度，NormGradient密度梯度的范數(shù)和Laplacian電子密度的拉普拉斯算符(∇2ρ)。 默認(rèn)計(jì)算電子密度（對(duì)應(yīng)選項(xiàng)Density）。使用的密度由Density 關(guān)鍵字控制；若使用Density=Current 求解來(lái)自相關(guān)的或CI-Singles 波函的立方區(qū)域內(nèi)電子密度，而不是默認(rèn)的Hartree-Fock 密度。 Windows版cubegen的提示信息與回答： Property [Density]? MO=n ----------指定要選取的MO數(shù)。一旦回答了MO=n，就不是作Density而是作Orbitals。分子軌道數(shù)n、關(guān)鍵字Homo，Lumo，All，OccA（全部是alpha占據(jù)），OccB（全部是beta 占據(jù)），Valence（所有價(jià)軌道） 和 Virtuals（所有虛軌道）也可以用來(lái)代替特定的軌道數(shù)。n 值沒(méi)有默認(rèn)值，省略的話會(huì)造成錯(cuò)誤。 Formatted Checkpoint file? jobname ----------輸入的fchk文件的名字，寫路徑，但不寫后綴， 后綴默認(rèn)為.fch。 Cube file [ ]? Jobname ----------輸出的cube文件的名字，寫路徑，但不寫后綴， 后綴默認(rèn)為.cube。 Approximate points per side [0]? 回車 ------點(diǎn)陣每邊的點(diǎn)數(shù)。回車取0為默認(rèn)的80×80×80。 Header in cube file [H]? 回車 ---------輸出檔案的格式：H表示包含標(biāo)題（這是預(yù)設(shè)選擇）； GsGrid要求H�；卮餹，表示不要包含標(biāo)題。若要產(chǎn)生無(wú)格式方塊文件，這選項(xiàng)會(huì)被忽略。 如果是： Property [Density]? Potential 得到的即是分子的靜電勢(shì)空間格點(diǎn)文件。 |
4樓2009-07-11 10:02:54
5樓2009-07-11 19:38:10
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loovfnd(金幣+4,VIP+0):都是好方法，謝謝。 7-16 14:25
lei0736(金幣+3,VIP+0):謝謝 7-16 15:27
loovfnd(金幣+4,VIP+0):都是好方法，謝謝。 7-16 14:25
lei0736(金幣+3,VIP+0):謝謝 7-16 15:27
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zhou2009大俠的跟帖挺好，呵呵，但是稍微有些麻煩 生成cube文件的方法，其實(shí)可以用一個(gè)命令就能達(dá)到目的。 zhou2009大俠生成MO和電子密度用了多步輸入，其實(shí)，實(shí)現(xiàn)cubegen的功能，只需要如下1個(gè)命令 cubegen 0 MO=n jobname.fchk Jobname.cube 0 h 其他cube文件，可以如下生成 cubegen 0 MO=n jobname.fchk Jobname.cube 0 h(計(jì)算某個(gè)分子軌道) cubegen 0 density jobname.fchk Jobname.cube 0 h(計(jì)算電子密度) cubegen 0 potential jobname.fchk jobname.cube 0 h(計(jì)算靜電勢(shì)) 等等各種cube文件 …… 這些命令均可在Linux界面下直接敲，也可以在dos界面下直接敲 [ Last edited by yjcmwgk on 2009-7-16 at 14:14 ] |
7樓2009-07-16 14:13:20
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8樓2009-07-17 09:00:08
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