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使用PyInstaller打包深度學(xué)習(xí)模型“AIGenMols”的例子
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使用PyInstaller打包MolAICal軟件深度學(xué)習(xí)模型“AIGenMols”的例子 更多教程（含英文教程）請見如下： MolAICal官方主頁：https://molaical.github.io MolAICal 文章介紹：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.html MolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com 1. 介紹 藥物的深度學(xué)習(xí)模型在使用的時候是以代碼的形式調(diào)用，如果能將其打包成二進(jìn)制可執(zhí)行文件，將有利于深度學(xué)習(xí)模型的部署使用和推廣，在本教程中，選擇了ORGAN (https://github.com/gablg1/ORGAN) 來打包二進(jìn)制可執(zhí)行程序“AIGenMols”。 此外，您可以根據(jù)本教程打包自己訓(xùn)練的深度學(xué)習(xí)模型。 2. 材料 2.1. 所需軟件 1) MolAICal: https://molaical.github.io 2) Anaconda: https://www.anaconda.com/open-source Anaconda的版本選擇應(yīng)基于Python 3.x而不是Python 2.x 2.2. 示例文件 1) 所有必需的教程文件均可從以下網(wǎng)址下載: https://github.com/MolAICal/specialtopic/tree/master/012-AIGenMols 3. 步驟 3.1. 安裝 Anconda (https://www.anaconda.com/distribution). 確保完全安裝并且正確設(shè)置了環(huán)境變量。 3.2. 下載 “spec-list.txt”并創(chuàng)建一個獨(dú)立的環(huán)境 注意：如果發(fā)生某些錯誤，例如：CondaHTTPError: HTTP 404 NOT FOUND for url <https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/xxxx-xxxx> , 您可以在“ spec-list.txt”中刪除相應(yīng)的軟件包。 然后重復(fù)上述步驟。 可以通過以下類似步驟安裝缺少的軟件包，而無需安裝版本號： 3.3. 安裝必需的庫 3.4. 最后，生成二進(jìn)制“深度學(xué)習(xí)模型” 解壓縮“ organ.zip” 打開文件夾 “organ/dist” #> cd dist 您將看到名為“ main”的文件，將其重命名為“ AIGenMols” 此時完全生成了名為“AIGenMols”的二進(jìn)制深度學(xué)習(xí)模型。將其直接復(fù)制或移動到MolAICal軟件文件夾中即可。 安裝過程分析： 以上虛線部分是打包關(guān)鍵的部分，您可以使用自己訓(xùn)練好的深度學(xué)習(xí)模型替換以上數(shù)據(jù) 注意： 1). 安裝Anaconda時，Anaconda的安裝路徑應(yīng)確保沒有空格。例如： /home/test install/anaconda。字符“test”和“install”之間的空格可能會導(dǎo)致“AIGenMols”打包過程失敗。 2). “AIGenMols”的命令用法應(yīng)如下所示，才能保證打包的模型可以直接被MolAICal調(diào)用: 這只是打包“AIGenMols”的一個示例。您可以對自己訓(xùn)練的模型使用類似的打包方法。 |
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