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yalefield

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Originally posted by zhangh1985 at 2009-7-23 12:59:
您好，那我要是以后要將小分子和蛋白質(zhì)做對(duì)接的情況下，小分子的R/S構(gòu)型會(huì)不會(huì)對(duì)結(jié)果產(chǎn)生影響呢？謝謝！

當(dāng)然會(huì)!

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11樓2009-07-23 14:57:36

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zhangh1985

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Originally posted by yalefield at 2009-7-23 14:57:

當(dāng)然會(huì)!

也就是說(shuō)我必須確定小分子的R/S構(gòu)型了，可從beilstein中下載的2D構(gòu)型到需要用的3D的sd文件構(gòu)型不好解決啊，請(qǐng)問(wèn)您能給指點(diǎn)一下嗎？謝謝！

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12樓2009-07-23 15:38:06

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（1）不要指望分子對(duì)接能處理大量小分子。不管是什么來(lái)歷的小分子，最好親自逐個(gè)過(guò)目，進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化（包括手性）。

（2）2D轉(zhuǎn)化為3D，babelwin 2.2的版本是最好的。

（3）Beilstein導(dǎo)出的2D文件，應(yīng)該有手性的信息。但是這個(gè)信息是不是能夠被其它程序識(shí)別，那就另當(dāng)別論了。

請(qǐng)你給出具體的工作路線、具體的分子（帶有手性的、文本格式）

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13樓2009-07-23 16:13:42

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引用回帖:

Originally posted by yalefield at 2009-7-23 16:13:
（1）不要指望分子對(duì)接能處理大量小分子。不管是什么來(lái)歷的小分子，最好親自逐個(gè)過(guò)目，進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化（包括手性）。

（2）2D轉(zhuǎn)化為3D，babelwin 2.2的版本是最好的。

（3）Beilstein導(dǎo)出的2D文件，應(yīng)該有手性 ...

（1）：嗯，是應(yīng)該逐個(gè)過(guò)目的，謝謝，我知道了。
（2）：沒(méi)找到babelwin 2.2，下載了openbabel，能轉(zhuǎn)換為3D的，但是自己驗(yàn)
      證后發(fā)現(xiàn)還是有錯(cuò)誤的，也許如你所說(shuō)beilstein導(dǎo)出的手性信息
      openbabel不識(shí)別吧，最后只有放棄。
（3）：我要做的步驟是這樣的：
   a：輸入一個(gè)中草藥名稱(chēng)，在beilstein數(shù)據(jù)庫(kù)里查找出該草藥所含的化合物，
         導(dǎo)出sd文件。
   b：把上述sd文件導(dǎo)入C2中，優(yōu)化結(jié)構(gòu)，發(fā)現(xiàn)優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)的R/S信息和
         beilstein數(shù)據(jù)庫(kù)中2D分子顯示的R/S構(gòu)型不同。
   c：我想做的是優(yōu)化結(jié)構(gòu)后的分子的R/S構(gòu)型和beilstein數(shù)據(jù)庫(kù)中2D分子顯示
      的R/S要保持一致，這樣才是原來(lái)的分子。
注：beilstein數(shù)據(jù)庫(kù)中的2D分子是用楔形鍵（實(shí)鍵和虛鍵）顯示的R/S構(gòu)型，
      從數(shù)據(jù)庫(kù)中導(dǎo)出的sd文件Z坐標(biāo)軸顯示的全是0，就應(yīng)該代表是2D的吧。

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14樓2009-07-23 20:38:11

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抱歉，應(yīng)該是OpenBabel 2.2（以前的版本不支持3D）
建議，用C2或者Chem3D，或者什么方便的程序（Hyperchem之類(lèi)的）。
如果R/S不正確，自己把它修改過(guò)來(lái)就是了。不就是翻轉(zhuǎn)一下嗎？移動(dòng)一個(gè)原子即可。然后，再做一下結(jié)構(gòu)優(yōu)化。完工。

這是給誰(shuí)賣(mài)命�。窟@么有錢(qián)？

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15樓2009-07-23 21:25:30

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引用回帖:

Originally posted by yalefield at 2009-7-23 21:25:
抱歉，應(yīng)該是OpenBabel 2.2（以前的版本不支持3D）
建議，用C2或者Chem3D，或者什么方便的程序（Hyperchem之類(lèi)的）。
如果R/S不正確，自己把它修改過(guò)來(lái)就是了。不就是翻轉(zhuǎn)一下嗎？移動(dòng)一個(gè)原子即可。然后，再做 ...

嗯，沒(méi)有辦法了，只有用C2直接弄了，要一個(gè)一個(gè)得核對(duì)了，很麻煩啊。翻轉(zhuǎn)
是比較容易，但是R/S的位置有時(shí)很難對(duì)上號(hào)，要詳細(xì)的比對(duì)才行啊，幾百個(gè)分子不知道啥時(shí)候才能完全弄好呢……
謝謝您啊，多謝這兩天您的指導(dǎo)，還有在看到網(wǎng)上看到您的一些回帖，真是牛人，很佩服您�。。『呛�
（導(dǎo)師姓名不便說(shuō)，還請(qǐng)?jiān)彴。。?

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16樓2009-07-23 22:20:38

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tjegg

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beilstein數(shù)據(jù)庫(kù)的2d哪里有下載，還是花錢(qián)買(mǎi)的？給個(gè)下載的網(wǎng)址，可好？謝謝。

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除了你的親人，沒(méi)有人應(yīng)該對(duì)你好，對(duì)你好的人，一定要珍惜。

17樓2009-07-25 14:03:25

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Originally posted by tjegg at 2009-7-25 14:03:
beilstein數(shù)據(jù)庫(kù)的2d哪里有下載，還是花錢(qián)買(mǎi)的？給個(gè)下載的網(wǎng)址，可好？謝謝。

我剛來(lái)實(shí)驗(yàn)室，師兄師姐指導(dǎo)我下載的，我們實(shí)驗(yàn)室能用，不知道你們能用不？用的是MDL CrossFire Command 7.0

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18樓2009-07-25 17:13:48

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wsq402

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mingdong(金幣+2,VIP+0):謝謝交流！ 7-28 12:00

dicoverygate 中也有beilstein數(shù)據(jù)庫(kù)，并且有其他多個(gè)化合物和藥物庫(kù)，搜索化合物時(shí)注意檢索策略，一個(gè)一個(gè)保存，當(dāng)然很麻煩。openbabel應(yīng)該是2D及以下的格式轉(zhuǎn)換工具，化合物庫(kù)直接轉(zhuǎn)成3D 目前似乎沒(méi)有免費(fèi)的。

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19樓2009-07-27 09:37:09

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引用回帖:

Originally posted by wsq402 at 2009-7-27 09:37:
openbabel應(yīng)該是2D及以下的格式轉(zhuǎn)換工具，化合物庫(kù)直接轉(zhuǎn)成3D 目前似乎沒(méi)有免費(fèi)的。

openbabel從2.2.1版開(kāi)始支持3D咯

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20樓2009-07-27 10:15:06

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