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[交流] CADD生物藥物分子相互作用、虛擬篩選

文章來(lái)源：公眾號(hào)“科研討論圈”

生物分子互作基礎(chǔ)
1.生物分子互作用研究方法
1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理
1.2 分子對(duì)接研究生物分子相互作用
1.3 蛋白蛋白對(duì)接研究分子相互作用
蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)
1. PDB 數(shù)據(jù)庫(kù)介紹
1.1 PDB蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)功能
1.2 PDB蛋白數(shù)據(jù)可獲取資源
1.3 PDB蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)藥物研發(fā)的重要性
2.PDB 數(shù)據(jù)庫(kù)的使用
2.1 靶點(diǎn)蛋白結(jié)構(gòu)類型、數(shù)據(jù)解讀及下載
2.2 靶點(diǎn)蛋白結(jié)構(gòu)序列下載
2.3 靶點(diǎn)蛋白背景分析及相關(guān)數(shù)據(jù)資源獲取途徑
2.4 批量下載蛋白晶體結(jié)構(gòu)
蛋白結(jié)構(gòu)分析
1. Pymol 軟件介紹
1.1 軟件安裝及初始設(shè)置
1.2 基本知識(shí)介紹（如氫鍵等）
2.Pymol 軟件使用
2.1蛋白小分子相互作用圖解
2.2 蛋白蛋白相互作用圖解
2.3 蛋白及小分子表面圖、靜電勢(shì)表示
2.4蛋白及小分子結(jié)構(gòu)疊加及比對(duì)
2.5繪相互作用力
2.6 Pymol動(dòng)畫制作
3.實(shí)例講解與練習(xí)：
（1）尼洛替尼與靶點(diǎn)的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并導(dǎo)出結(jié)合模式圖
（2）制作結(jié)合口袋表面圖
（3）Bcr/Abl靶點(diǎn)的PDB結(jié)構(gòu)疊合
（4）制作蛋白相互作用動(dòng)畫
（5）針對(duì)ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶體復(fù)合物，制作蛋白-蛋白相互作用圖
同源建模
1. 同源建模原理介紹
1.1 同源建模的功能及使用場(chǎng)景
1.2 同源建模的方法
2. Swiss-Model 同源建模；
2.1 同源蛋白的搜索（blast等方法）
2.2 蛋白序列比對(duì)
2.3 蛋白模板選擇
2.4 蛋白模型搭建
2.5 模型評(píng)價(jià)（蛋白拉曼圖）
2.6 蛋白模型優(yōu)化
3.實(shí)例講解與練習(xí)：用2019-nCoV spike蛋白序列建模，根據(jù)相應(yīng)參數(shù)和方法評(píng)價(jià)模型
小分子構(gòu)建
1. ChemDraw軟件介紹
1.1小分子結(jié)構(gòu)構(gòu)建
1.2 小分子理化性質(zhì)（如分子量、clogP等）計(jì)算
2.實(shí)例講解與練習(xí)：分別構(gòu)建大環(huán)、氨基酸、DNA、RNA等分子
小分子化合物庫(kù)
1. 小分子數(shù)據(jù)庫(kù)
1.1 DrugBank、ZINC、ChEMBL等數(shù)據(jù)庫(kù)介紹及使用
1.2 天然產(chǎn)物、中藥成分?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù)介紹及使用
生物分子互作用Autodock
1.分子對(duì)接基礎(chǔ)
1.1分子對(duì)接原理及對(duì)接軟件介紹
2. 分子對(duì)接軟件（Autodock) 使用
2.1半柔性對(duì)接
2.1.1  小分子配體優(yōu)化準(zhǔn)備
2.1.2  蛋白受體優(yōu)化及坐標(biāo)文件準(zhǔn)備
2.1.3  蛋白受體格點(diǎn)計(jì)算
2.1.4  半柔性對(duì)接計(jì)算
2.2對(duì)接結(jié)果評(píng)價(jià)
2.2.1  晶體結(jié)構(gòu)構(gòu)象進(jìn)行對(duì)比
2.2.2  能量角度評(píng)價(jià)對(duì)接結(jié)果
2.2.3  聚類分析評(píng)價(jià)對(duì)接結(jié)果
2.2.4  最優(yōu)結(jié)合構(gòu)象的選擇
2.2.5  已知活性化合物對(duì)接結(jié)果比較
3.實(shí)例講解與練習(xí)：針對(duì)1IEP完成半柔性對(duì)接、柔性對(duì)接
虛擬篩選
2.3柔性對(duì)接
2.3.1  小分子配體優(yōu)化準(zhǔn)備
2.3.2  蛋白受體優(yōu)化及坐標(biāo)文件準(zhǔn)備
2.3.3  蛋白受體格點(diǎn)計(jì)算
2.3.4  柔性對(duì)接計(jì)算
2.3.5  柔性對(duì)接結(jié)果評(píng)價(jià)
2.3.6  半柔性對(duì)接與柔性對(duì)接比較與選擇
3. 分子對(duì)接用于虛擬篩選（Autodock）
3.1 虛擬篩選定義、流程構(gòu)建及演示
3.2 靶點(diǎn)蛋白選擇
3.3化合物庫(kù)獲取
3.4虛擬篩選
3.5 結(jié)果分析（打分值、能量及相互作用分析）
3.實(shí)例講解與練習(xí)：對(duì)1IEP晶體復(fù)合物完成虛擬篩選，并對(duì)結(jié)果進(jìn)行分析
答疑針對(duì)前兩天學(xué)習(xí)問(wèn)題的答疑
生物分子互作用ZDOCK
1.預(yù)測(cè)蛋白-蛋白相互作用（ZDOCK）
1.1 受體和配體蛋白前期優(yōu)化準(zhǔn)備
1.2 載入受體和配體分子
1.3蛋白蛋白相互作用對(duì)接位點(diǎn)設(shè)定
1.4蛋白蛋白對(duì)接結(jié)果分析與解讀
2.實(shí)例講解與練習(xí)：ZDOCK模擬2019-nCoV的spike蛋白6VXX和ACE2蛋白晶體結(jié)構(gòu)的相互作用
構(gòu)效關(guān)系分析
1. 3D-QSAR模型構(gòu)建（Sybyl軟件）
1.1 小分子構(gòu)建
1.2 創(chuàng)建小分子數(shù)據(jù)庫(kù)
1.3 小分子加電荷及能量?jī)?yōu)化
1.4 分子活性構(gòu)象確定及疊合
1.5 創(chuàng)建3D-QSAR模型
1.6 CoMFA和CoMSIA模型構(gòu)建
1.7 測(cè)試集驗(yàn)證模型
1.8模型參數(shù)分析
1.9模型等勢(shì)圖分析
1.10 3D-QSAR模型指導(dǎo)藥物設(shè)計(jì)
2. 實(shí)例講解與練習(xí)：搜集Imatinib或Bcr/Abl同靶點(diǎn)抑制劑小分子的類似物結(jié)構(gòu)及其活性值，分別構(gòu)建COMFA與COMSIA模型，并調(diào)整參數(shù)，獲得最佳預(yù)測(cè)模型
基于碎片藥物設(shè)計(jì)
1.基于碎片藥物設(shè)計(jì)
1.1基于碎片的藥物設(shè)計(jì)與發(fā)現(xiàn)
1.2 基于碎片化合物庫(kù)構(gòu)建
1.2.1 骨架替換
1.2.2 碎片連接
1.2.3 碎片生長(zhǎng)
1.3 基于藥效團(tuán)的化合物庫(kù)生成
1.4 基于蛋白結(jié)合口袋的化合物庫(kù)生成
1.5 基于分子描述符的化合物庫(kù)生成
1.6 基于BREED規(guī)則的化合物庫(kù)構(gòu)建
1.7 基于碎片的化合物庫(kù)篩選
2. 實(shí)例講解與練習(xí)：利用碎片替換、碎片鏈接、碎片生長(zhǎng)以及BREED對(duì)晶體復(fù)合物中的小配體進(jìn)行碎片化合物的生成，并對(duì)結(jié)果進(jìn)行分析
分子動(dòng)力學(xué)模擬
1. 分子動(dòng)力學(xué)模擬簡(jiǎn)介
1.1 分子動(dòng)力學(xué)基本原理
1.2 分子動(dòng)力學(xué)模擬在藥物設(shè)計(jì)中的作用
答疑針對(duì)后兩天學(xué)習(xí)問(wèn)題的答疑

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cxdsnow

銅蟲 (小有名氣)

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7樓2022-03-07 23:24:54

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