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【原創(chuàng)】GAUSSION計(jì)算常見錯(cuò)誤及解決方案
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初學(xué)Gaussian03常見出錯(cuò)分析 最初級(jí)錯(cuò)誤 1. 自旋多重度錯(cuò)誤 2. 變量賦值為整數(shù) 3. 變量沒有賦值 4. 鍵角小于等于0度，大于等于180度 5. 分子描述后面沒有空行 6. 二面角判斷錯(cuò)誤，造成兩個(gè)原子距離過近 7. 分子描述一行內(nèi)兩次參考同一原子,或參考原子共線 運(yùn)行出錯(cuò) 1. 自洽場(chǎng)不收斂 SCF a. 修改坐標(biāo)，使之合理 b. 改變初始猜 Guess c. 增加疊代次數(shù) SCFCYC=N d. iop（5/13=1） 2. 分子對(duì)稱性改變 a. 修改坐標(biāo)，強(qiáng)制高對(duì)稱性或放松對(duì)稱性 b. 給出精確的、對(duì)稱性確定的角度和二面角 c. 放松對(duì)稱性判據(jù) Symm=loose d. 不做對(duì)稱性檢查 iop(2/16=1) 3. 無法寫大的Scratch文件RWF a. 劈裂RWF文件 %rwf=loc1,size1,loc2,size2,……..,locN,-1 b. 改變計(jì)算方法 MP2=Direct可以少占硬盤空間 c. 限制最大硬盤 maxdisk=N GB 4. FOPT出錯(cuò) 原因是變量數(shù)與分子自由度數(shù)不相等。 可用POPT 或直接用OPT 5. 優(yōu)化過渡態(tài)只能做一個(gè)STEP 原因是負(fù)本征數(shù)目不對(duì) 添加 iop（1/11）=1 6. 組態(tài)相互作用計(jì)算中相關(guān)能疊代次數(shù)不夠，增加疊代次數(shù) QCISD（Maxcyc=N） Default.Rou設(shè)置 • 在Scratch文件夾中的Default.Rou文件中設(shè)置G03程序運(yùn)行的省缺參數(shù)： • -M- 200MW • -P- 4 • -#- MaxDisk=10GB • -#- SCF=Conventional or Direct • -#- MP2=NoDirect or Direct • -#- OPTCYC=200 • -#- SCFCYC=200 • -#- IOPs 設(shè)置 如iop（2/16=1） Default.Rou設(shè)置中的沖突 • Default route: MaxDisk=2GB SCF=Direct MP2=Direct OPTCYC=200 SCFcyc=100 iop(2/16=1) iop(5/13=1) • ------------------ • # ccsd/6-31G** opt • ------------------ • L903/L905 and L906 can only do MP2. 問題在于，ＭP2=Direct�。 � 去掉這個(gè)設(shè)置，CCSD的作業(yè)就能進(jìn)行了。 因此，建議在Default設(shè)置中只設(shè)置，內(nèi)存，最大硬盤，等項(xiàng) 振動(dòng)分析的關(guān)鍵詞 振動(dòng)分析的選項(xiàng) 拉曼光譜 Raman 非諧性 Anharmonic 勢(shì)能函數(shù)不是簡(jiǎn)諧的 內(nèi)轉(zhuǎn)動(dòng)，受阻轉(zhuǎn)子 Hinderedrotor 力常數(shù)過小的轉(zhuǎn)動(dòng) 振-轉(zhuǎn)耦合 VibRot 振動(dòng)圓二色性 VCD 用于光活性分子 同位素效應(yīng)，溫度，壓力 ReadIsotopes 不影響頻率數(shù)值 算法選項(xiàng)： 解析頻率 Analytic 數(shù)值頻率 Numeric 二階導(dǎo)數(shù)數(shù)值 Enonly FREQ的缺省設(shè)置是：有解析方式就計(jì)算解析頻率，不計(jì)算Raman性質(zhì) MP3，MP4，CISD，CCSD，QCISD等方法沒有解析頻率，只能算數(shù)值頻率。 一般各種理論方法下，計(jì)算的頻率和實(shí)驗(yàn)測(cè)得頻率之間有系統(tǒng)誤差，需要用校正因子校正（Scale Factor） 各種方法計(jì)算頻率的Scale因子 方法： 約化因子 約化因子 （頻率） （ZPE） HF/3-21G 0.9085 0.9409 HF/6-31G(d) 0.8929 0.9135 MP2(Full)/6-31G(d) 0.9427 0.9646 MP2(FC)/6-31G(d) 0.9434 0.9676 BLYP/6-31G(d) 0.9940 1.0119 B3LYP/6-31G(d) 0.9613 0.9804 SVWN/6-31G(d) 0.9833 1.0079 Freq=ReadIsotopes輸入 # 。。。Freq=ReadIsotopes 。。。 Title 0 2 H O 1 0.98 298.15 1.5 0.8929 溫度，壓力 約化因子 H 2 用質(zhì)量數(shù)是2（程序讀取精確值）的同位素 O 18 用質(zhì)量數(shù)是18（程序讀取精確值）的同位素 空行 Freq=（ReadFC，ReadIsotopes） 同一方法基組下計(jì)算不同同位素的力常數(shù)矩陣（Hessian）相同，因此從前面頻率計(jì)算的chechpoint文件里讀取力常數(shù)，計(jì)算同位素效應(yīng)的頻率和熱力學(xué)性質(zhì)，可以節(jié)省許多時(shí)間。 注：同種元素的不同同位素，幾何結(jié)構(gòu)是相同的，電子結(jié)構(gòu)也是相同的。 也可以用Freqcheck.exe工具做不同溫度，壓力，同位素的熱力學(xué)分析。 數(shù)值頻率問題 • 數(shù)值頻率計(jì)算不需要很大內(nèi)存和硬盤空間，但是精度較差，時(shí)間也長(zhǎng)。 Freq=(Numeric,(Step=N)) Step用于指定微分步長(zhǎng)，缺省為0.001*5 Angstrom Freq=Enonly 計(jì)算解析一階導(dǎo)數(shù)。數(shù)值二階導(dǎo)數(shù) 振動(dòng)分析中的問題 • 振動(dòng)分析原則上只對(duì)穩(wěn)定點(diǎn)有意義 • 振動(dòng)分析一定要在結(jié)構(gòu)優(yōu)化相同的方法和基組上進(jìn)行。 • 理論計(jì)算的振動(dòng)頻率和試驗(yàn)結(jié)果有系統(tǒng)誤差，需要乘以Scale因子校正 • 考慮相關(guān)能方法的解析頻率計(jì)算需要大的硬盤和內(nèi)存 Warning -- explicit consideration of 3 degrees of freedom as vibrations may cause significant error • 如果出現(xiàn)這個(gè)警告， 一般來說是出現(xiàn)兩個(gè)方面的問題： 1. 優(yōu)化的結(jié)構(gòu)不夠精確，需要用更嚴(yán)格收斂判據(jù)優(yōu)化。 2. 有3個(gè)振動(dòng)模式實(shí)際上應(yīng)該按內(nèi)轉(zhuǎn)動(dòng)處理。 包括：自由轉(zhuǎn)子模型，受阻轉(zhuǎn)子模型。 內(nèi)轉(zhuǎn)動(dòng)模式對(duì)熱力學(xué)性質(zhì)計(jì)算有影響，特別是低頻模式 穩(wěn)定點(diǎn)優(yōu)化中出現(xiàn)小的虛頻問題 1。優(yōu)化的結(jié)構(gòu)還不是局域極小值點(diǎn)，需要用更嚴(yán)格的收斂判據(jù)優(yōu)化。OPT（tight or verytight） 2。對(duì)應(yīng)轉(zhuǎn)動(dòng)模式的虛頻，可以用稍微修改轉(zhuǎn)動(dòng)模式對(duì)應(yīng)的二面角，使之合理。 3。用OPT=CalcAll來計(jì)算 結(jié)構(gòu)優(yōu)化和頻率計(jì)算中的常見錯(cuò)誤 1. 自洽場(chǎng)不收斂 SCF Convergence Failure a. 修改坐標(biāo)，使之合理 b. 改變初始猜 Guess c. 增加疊代次數(shù) SCFCYC=N d.先用較松的SCF判據(jù)優(yōu)化結(jié)束后再用正常SCF判據(jù)優(yōu)化 e.不管不收斂，繼續(xù)計(jì)算，iop（5/13=1） f. 嘗試用SCF=qc算法 2. 分子對(duì)稱性改變a. 修改坐標(biāo)，強(qiáng)制高對(duì)稱性或放松對(duì)稱性b. 給出精確的、對(duì)稱性確定的角度和二面角如對(duì)Td對(duì)稱性，二面角值給為，109.47122 度c. 放松對(duì)稱性判據(jù) Symm=loose d. 不做對(duì)稱性檢查 NoSymm或iop(2/16=1) 3. FOPT出錯(cuò) 原因是變量數(shù)與分子自由度數(shù)不相等。 可用POPT 或直接用OPT 4. 超出最大優(yōu)化圈數(shù)Step Exceed • 檢查分子結(jié)構(gòu)是否合理，如合理可增加循環(huán)圈數(shù)，OPTCYC=N • 讀取Checkpoint文件最后幾何，繼續(xù)優(yōu)化。 • 選取上次優(yōu)化過程中最好的幾何結(jié)構(gòu)繼續(xù)優(yōu)化。 GEOM=(step=n) 5. 無法寫大的Scratch文件RWF a. 劈裂RWF文件 %rwf=loc1,size1,loc2,size2,……..,locN,-1 b. 改變計(jì)算方法 c. 限制最大硬盤 maxdisk=N GB 6. 組態(tài)相互作用計(jì)算中相關(guān)能疊代次數(shù)不夠，增加疊代次數(shù) QCISD(Maxcyc=N) CCSD (Maxcyc=N)等。 [ Last edited by fegg7502 on 2009-12-7 at 22:35 ] |
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 量化計(jì)算 | OSRD |
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7樓2009-09-23 17:23:50
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erylingjet
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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12樓2009-09-24 08:41:57
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