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xtdut銀蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【求助】如何計(jì)算有機(jī)小分子的三重態(tài)能級(jí)（T1-S0）？
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看了論壇里很多大牛關(guān)于類(lèi)似問(wèn)題的回復(fù)，但是還是不知道在Gaussian中如何具體操作。拿最簡(jiǎn)單的吡啶環(huán)為例來(lái)說(shuō)吧： 1.先優(yōu)化基態(tài)的最低能量構(gòu)型： # opt b3lyp/6-31+g(d) Charge = 0 Multiplicity = 1 2.接著計(jì)算三重態(tài)的所謂垂直激發(fā)能： # td=(triplets,nstates=3,root=1) b3lyp/6-31+g(d) Charge = 0 Multiplicity = 1 3.然后優(yōu)化此三重態(tài)的最低能量構(gòu)型： # opt b3lyp/6-31+g(d) Charge = 0 Multiplicity = 3 問(wèn)題是第二步計(jì)算了三個(gè)三重態(tài)，此步優(yōu)化的是不是這三個(gè)三重態(tài)呢？還是應(yīng)該在第二步中只計(jì)算一個(gè)三重態(tài)，然后在此步中優(yōu)化此三重態(tài)也就是我們需要的T1態(tài)呢？還有這一步中自旋多重度為3沒(méi)有錯(cuò)誤吧？引申一下，若是在第二步中計(jì)算了十個(gè)單重態(tài)（也即十個(gè)吸收峰，假設(shè)它們均存在），在此步中優(yōu)化單重態(tài)的最低能量構(gòu)型如何計(jì)算，自旋多重度也是3對(duì)嗎？ 4.最關(guān)鍵一步，就是計(jì)算從最低能量構(gòu)型的三重態(tài)回落到基態(tài)的過(guò)程，不知道如何計(jì)算？ 我知道對(duì)各位大牛來(lái)說(shuō)，這是個(gè)最簡(jiǎn)單計(jì)算發(fā)射光譜（不論是熒光光譜還是磷光光譜）的事情，原理也就是F-C原理搞清楚了，計(jì)算應(yīng)該沒(méi)有問(wèn)題，可是對(duì)我們菜鳥(niǎo)來(lái)說(shuō)，這些具體的操作才是問(wèn)題的關(guān)鍵，希望各位大牛能夠耐心指點(diǎn)一下，而不是一句F-C原理了事，謝謝大家了！ 另外相關(guān)問(wèn)題是：在計(jì)算類(lèi)似問(wèn)題時(shí)，我們這些非專(zhuān)業(yè)的人也就是用普通帶XP的計(jì)算機(jī)算算而已，分子中要是有3到7個(gè)環(huán)左右（而這在有機(jī)合成中是非常常見(jiàn)的）時(shí)，可能光優(yōu)化構(gòu)型就得好幾天，這中途要是碰上什么事情（停電、誤操作等）停機(jī)了，就只能從頭開(kāi)始算，有沒(méi)有什么辦法能夠接著上次終止的地方繼續(xù)計(jì)算的，如何操作？我知道對(duì)各位專(zhuān)業(yè)人士來(lái)說(shuō)這種事情無(wú)法想象，可國(guó)情如此，只好這么不專(zhuān)業(yè)地蠻干了。 |
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wuy069
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9樓2009-11-09 09:38:51
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xtdut(金幣+1,VIP+0):謝謝您的回復(fù)，麻煩您能不能稍微耐心點(diǎn)教教怎么直接讀取文件的最后一個(gè)結(jié)構(gòu)計(jì)算？讀取哪一個(gè)文件，是.out文件，還是.chk文件，亦或是.rwf文件呢？接著怎么知道那個(gè)是最后一個(gè)結(jié)構(gòu)呢？最后是用GView打開(kāi)算還是用GUASSIAN打開(kāi)算？知道對(duì)您這種高手這不是問(wèn)題，可咱是個(gè)菜鳥(niǎo)，麻煩您能不能說(shuō)詳細(xì)點(diǎn)，非常感謝！ 11-6 13:20
xtdut(金幣+1,VIP+0):謝謝您的回復(fù)，麻煩您能不能稍微耐心點(diǎn)教教怎么直接讀取文件的最后一個(gè)結(jié)構(gòu)計(jì)算？讀取哪一個(gè)文件，是.out文件，還是.chk文件，亦或是.rwf文件呢？接著怎么知道那個(gè)是最后一個(gè)結(jié)構(gòu)呢？最后是用GView打開(kāi)算還是用GUASSIAN打開(kāi)算？知道對(duì)您這種高手這不是問(wèn)題，可咱是個(gè)菜鳥(niǎo)，麻煩您能不能說(shuō)詳細(xì)點(diǎn)，非常感謝！ 11-6 13:20
| 關(guān)于停電的事情，直接讀取文件的最后一個(gè)結(jié)構(gòu)計(jì)算啊。 |
2樓2009-11-06 11:52:17
wuy069
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★ ★ ★ ★ ★
xtdut(金幣+5,VIP+0):非常感謝您的回復(fù)！ 11-6 13:11
xtdut(金幣+5,VIP+0):非常感謝您的回復(fù)！ 11-6 13:11
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首先你的3個(gè)步驟都是正確的。 第二步計(jì)算td，gaussian默認(rèn)三個(gè)態(tài)，如果是對(duì)稱(chēng)性高的分子建議用 Largest Abelian subgroup 后的Nop 個(gè)數(shù)。為什么計(jì)算一個(gè)態(tài)需要用3個(gè)態(tài)或更多的態(tài)呢，那是因?yàn)榍蠼膺@個(gè)態(tài)，需要用其它的態(tài)來(lái)對(duì)它就解。第2步，自旋多重度還是寫(xiě)1，因?yàn)榇怪奔ぐl(fā)是基于基態(tài)的構(gòu)型，所以電荷和自旋多重度都是基態(tài)的。 第3步，優(yōu)化激發(fā)態(tài)的構(gòu)型，電荷和自旋多重度當(dāng)然需要激發(fā)態(tài)的，所以電荷和自旋多重度為0 3. 要想計(jì)算有機(jī)小分子的三重態(tài)能級(jí)（T1-S0），即是算激發(fā)態(tài)的發(fā)射，但是gaussian中沒(méi)這么直接的，我們可以轉(zhuǎn)換一下思路：要算發(fā)射，基于F-C原理，這時(shí)用優(yōu)化好的激發(fā)態(tài)的構(gòu)型，但是電荷和自旋多重度寫(xiě)0 1，那這時(shí)的構(gòu)型相當(dāng)于垂直時(shí)的基態(tài)構(gòu)型，這時(shí)再做td，從輸出文件中找到Excited State 1: Triplet-A 2.6936 eV 460.28 nm f=0.0000 |
3樓2009-11-06 12:06:19
xtdut
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謝謝回復(fù)，金幣已送出！
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太感謝您了，還是有點(diǎn)不太明白，麻煩您耐心給指導(dǎo)一下： 也就是說(shuō)第四步應(yīng)該這樣寫(xiě)： # td=(singlets,nstates=3,root=1) b3lyp/6-31+g(d) 0 1 還是應(yīng)該這樣寫(xiě)： # td=(triplets,nstates=3,root=1) b3lyp/6-31+g(d) 0 1 不太明白此時(shí)該計(jì)算單重態(tài)的發(fā)射還是三重態(tài)的發(fā)射？另外還想請(qǐng)教您一下，我在第三步優(yōu)化時(shí)優(yōu)化了三個(gè)三重態(tài)，還是只優(yōu)化了第一個(gè)三重態(tài)（也即T1態(tài)），如果我想知道第二或第三個(gè)三重態(tài)的能級(jí)（也即T2或者T3時(shí)），是不是只需要在第四步中將root改為等于2或者3即可呢（當(dāng)然nstates的值也應(yīng)該相應(yīng)地改大點(diǎn)）？ |
4樓2009-11-06 13:10:44
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