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yucheng9255木蟲 (著名寫手)
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【分享】生物信息學(xué)與功能基因組學(xué) 已有12人參與
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內(nèi)容簡介 翻開《生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)》，您將會情不自禁地沉浸于其中……《生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)》內(nèi)容全面，很好地將生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)的理論和實踐應(yīng)用結(jié)合起來，非常重視生物信息學(xué)的具體應(yīng)用技巧。另外，《生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)》還具有如下特色：作者權(quán)威。《生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)》作者是霍普金斯醫(yī)學(xué)院教授，在國際上有很高的聲譽(yù)和權(quán)威性。實踐性強(qiáng)。每一章都有問題集、與生物信息學(xué)有關(guān)的web操作訓(xùn)練以及相應(yīng)的web鏈接，還列出了可以免費獲取的生物信息學(xué)軟件和作者推薦的讀物。范例典型。 目錄 第1篇 數(shù)據(jù)庫中的DNA、RNA和蛋白質(zhì)序列的分析 第1章 緒言 1.1本書的結(jié)構(gòu) 1.2生物信息學(xué)：藍(lán)圖 1.3一個貫穿本書的例子：視黃醇結(jié)合蛋白 1.4章節(jié)的組織 1.5對學(xué)生和教師的建議：Web練習(xí)和找基因 1.6重要的生物信息學(xué)網(wǎng)址 1.7推薦讀物 參考文獻(xiàn) 第2章 獲取序列數(shù)據(jù)和文獻(xiàn)信息 2.1生物學(xué)數(shù)據(jù)庫介紹 2.2GenBank：收錄幾乎所有已知的核酸和蛋白質(zhì)序列的數(shù)據(jù)庫 2.2.1序列數(shù)據(jù)的總量 2.2.2GenBank中的物種數(shù) 2.2.3GenBank存儲的數(shù)據(jù)類型 2.2.4表達(dá)序列標(biāo)簽 (ESTs) 2.2.5序列標(biāo)簽位點 (STS) 2.2.6基因組測序序列 (GSSs) 2.2.7高通量基因組序列 (HTGS) 2.3美國國家生物技術(shù)信息中心 (NCBI) 2.3.1NCBI的介紹：NCBI的主頁 2.3.2索引號碼：識別序列的標(biāo)簽 2.3.3五種獲取DNA和蛋白質(zhì)序列的方法 2.3.4如何進(jìn)入序列數(shù)據(jù)的例子：HIV pol 2.3.5獲取生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn) 2.4展望 2.5常見問題 2.6網(wǎng)絡(luò)資源 2.7討論題 2.8習(xí)題 2.9自測題 2.10推薦讀物 參考文獻(xiàn) 第3章 雙序列比對 3.1引言 3.1.1蛋白質(zhì)比對：通常比DNA比對具有更豐富的信息 3.1.2同源性、相似性、一致性的概念 3.1.3間隙 3.1.4雙序列比對、同源和生命的進(jìn)化 3.2Dayhoff模型：可接受點突變 3.2.1PAM1矩陣 3.2.2PAM250和其他PAM矩陣 3.2.3從突變概率矩陣到對數(shù)比值打分矩陣 3.2.4雙序列比對中PAM矩陣的實際有用性 3.2.5PAM矩陣的重要替代者：BLOSUM打分矩陣 3.2.6雙序列比對和檢測限度 3.3比對算法：全局和局部 3.3.1全局序列比對：NeedlemanWunsch算法 3.3.2局部序列比對：SmithWaterman算法 3.3.3SmithWaterman算法的快速、啟發(fā)式版本：FASTA和BLAST 3.3.4局部比對搜索工具 (BLAST) 3.4雙序列比對的顯著性：一致性百分比 3.4.1雙序列比對統(tǒng)計顯著性檢驗 3.4.2全局比對的統(tǒng)計顯著性 3.4.3局部比對的統(tǒng)計顯著性 3.5展望 3.6常見問題 3.7網(wǎng)絡(luò)資源 3.8問題討論 3.9問題 3.10自測題 3.11推薦讀物 參考文獻(xiàn) 第4章 局部比對搜索基本工具BLAST 4.1引言 4.2BLAST搜索步驟 4.2.1步驟1：選定感興趣的序列 4.2.2步驟2：選擇BLAST程序 4.2.3步驟3：選擇數(shù)據(jù)庫 4.2.4步驟4：選擇參數(shù) 4.3BLAST算法使用局部比對搜索的策略 4.3.1BLAST算法組成部分：列表、掃描、延伸 4.3.2BLAST算法：局部比對搜索的統(tǒng)計學(xué)和 E值 4.3.3用比特分?jǐn)?shù)來說明原始分?jǐn)?shù)的意義 4.3.4BLAST算法：E值與 P值間的關(guān)系 4.3.5BLAST中的空位比對 4.3.6將BLAST搜索進(jìn)行到底 4.4BLAST搜索的一些策略 4.4.1一般性概念 4.4.2BLAST搜索的原則 4.5多結(jié)構(gòu)域蛋白 (HIV1 pol) 的BLAST檢索 4.6BLAST檢索脂質(zhì)運載蛋白：改變打分矩陣的作用 4.7展望 4.8常見問題 4.9網(wǎng)絡(luò)資源 4.10討論題 4.11問題 4.12自測題 4.13推薦讀物 參考文獻(xiàn) 第5章 高級比對搜索 5.1引言 5.2專門的Blast比對網(wǎng)站 5.2.1基于某些具體生物的比對網(wǎng)站 5.2.2特定分子的比對搜索站點 5.2.3專門的比對搜索服務(wù)器以及比對相關(guān)的算法 5.3運用比對相似的工具快速地搜索基因組DNA序列 5.4尋找遠(yuǎn)緣相關(guān)的蛋白質(zhì)：位點特異性反復(fù)比對 (PSIBLAST) 5.4.1位點特異性反復(fù)比對的結(jié)果評估 5.4.2位點特異性反復(fù)比對的錯誤：破壞的問題 5.5模式識別BLAST (PHIBLAST) 5.6用BLAST來發(fā)現(xiàn)新基因 5.7展望 5.8常見問題 5.9網(wǎng)絡(luò)資源 5.10問題討論 5.11問題 5.12自測題 5.13推薦讀物 參考文獻(xiàn) 第2篇 RNA和蛋白質(zhì)的基因組層次上的分析 第6章 基因表達(dá)的生物信息學(xué)方法 6.1引言 6.2mRNA：基因表達(dá)的研究對象 6.3cDNA文庫的基因表達(dá)分析 6.3.1用cDNA文庫解釋表達(dá)數(shù)據(jù)的注意事項 6.3.2TIGR基因索引 6.4基因表達(dá)系列分析 6.5微陣列：基因表達(dá)的全基因組測量 6.5.1第一階段：微陣列的實驗設(shè)計 6.5.2第二階段：RNA的制備與探針制備 6.5.3第三階段：將標(biāo)記后的樣本和DNA微陣列雜交 6.5.4第四階段：圖像分析 6.5.5第五階段：數(shù)據(jù)分析 6.5.6第六階段：生物學(xué)證實 6.5.7第七階段：微陣列數(shù)據(jù)庫 6.5.8第八階段：深入分析 6.6展望 6.7常見問題 6.8網(wǎng)絡(luò)資源 6.9問題討論 6.10習(xí)題 6.11自測題 6.12推薦讀物 參考文獻(xiàn) 第7章 基因表達(dá)：芯片數(shù)據(jù)分析 7.1引言 7.2芯片數(shù)據(jù)分析：預(yù)處理 7.2.1全局歸一化 7.2.2散點分析 7.2.3數(shù)據(jù)全局歸一化中的局部歸一化 7.3芯片數(shù)據(jù)分析：推測統(tǒng)計學(xué)方法 7.4芯片數(shù)據(jù)分析：記述統(tǒng)計學(xué)方法 7.4.1芯片數(shù)據(jù)的層級聚類分析 7.4.2分離方法用于聚類：k均值聚類 7.4.3聚類策略：自組織圖 7.4.4主成分分析算法：芯片數(shù)據(jù)的觀察算法 7.4.5監(jiān)督算法對芯片實驗中基因或樣本數(shù)據(jù)的分類 7.4.6芯片數(shù)據(jù)注釋 7.5展望 7.6常見問題 7.7網(wǎng)絡(luò)資源 7.8問題討論 7.9問題 7.10自測題 7.11推薦讀物 參考文獻(xiàn) 第8章 蛋白質(zhì)分析和蛋白質(zhì)組學(xué) 8.1引言 8.2如何認(rèn)識蛋白質(zhì)：從四個視角看蛋白質(zhì) 8.2.1視角1.結(jié)構(gòu)域和模體：蛋白質(zhì)的模塊性質(zhì) 8.2.2多結(jié)構(gòu)域蛋白的復(fù)雜性 8.2.3蛋白質(zhì)模式：模體或蛋白質(zhì)的指紋特征 8.2.4視角2.蛋白質(zhì)的物理性質(zhì) 8.2.5視角3和視角4的介紹：Gene Ontology協(xié)會 8.2.6視角3.蛋白質(zhì)定位 8.2.7視角4.蛋白質(zhì)的功能 8.3蛋白質(zhì)組學(xué)：對高通量蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析的生物信息學(xué)工具和方法 8.3.1二維凝膠電泳 8.3.2親和層析和質(zhì)譜 8.3.3酵母雙雜交系統(tǒng) 8.3.4Rosetta Stone方法 8.4分析細(xì)胞通路的生物信息學(xué)方法 8.5展望 8.6常見問題 8.7網(wǎng)絡(luò)資源 8.8問題討論 8.9問題 8.10自測題 8.11推薦讀物 參考文獻(xiàn) 第9章 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) 9.1蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與結(jié)構(gòu)基因組學(xué)概要 9.1.1蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，同源和功能基因組學(xué) 9.1.2結(jié)構(gòu)基因組學(xué)提出的問題：載脂蛋白家族 9.1.3蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的基本原理：從一級結(jié)構(gòu)到二級結(jié)構(gòu) 9.1.4蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)：蛋白質(zhì)折疊問題 9.1.5獲得蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的實驗手段 9.1.6選擇目標(biāo)與獲得蛋白質(zhì)的三維構(gòu)象 9.2PDB數(shù)據(jù)庫 9.2.1在NCBI訪問PDB記錄 9.2.2蛋白折疊類型概況 9.3用于結(jié)構(gòu)研究的計算生物學(xué)方法 9.3.1同源 (比較) 模建 9.3.2從頭預(yù)測 9.4蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測和蛋白質(zhì)折疊空間的界限 9.5蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與疾病 9.6展望 9.7常見問題 9.8網(wǎng)絡(luò)資源 9.9問題討論 9.10問題 9.11自測題 9.12推薦讀物 參考文獻(xiàn) 第10 章多序列比對 10.1引言 10.1.1多序列比對的定義 10.1.2多序列比對的典型應(yīng)用和實際策略 10.1.3Feng和Doolittle的漸進(jìn)比對方法 10.1.4從多序列比對到隱馬模型 10.2兩種多序列比對的程序 10.2.1多序列比對的數(shù)據(jù)庫 10.2.2由用戶產(chǎn)生的多序列比對 10.2.3其他多序列比對軟件 10.2.4多重比對算法的評估 10.3展望 10.4常見問題 10.5網(wǎng)絡(luò)資源 10.6問題討論 10.7問題 10.8自測題 10.9推薦讀物 參考文獻(xiàn) 第11章 分子水平的系統(tǒng)發(fā)生和進(jìn)化 11.1分子水平的進(jìn)化介紹 11.1.1歷史背景 11.1.2分子時鐘假說 11.1.3分子進(jìn)化中的“不確定性理論” 11.1.4分子系統(tǒng)演化的目標(biāo) 11.2分子系統(tǒng)發(fā)生：系統(tǒng)發(fā)生樹相關(guān)專用名詞 11.2.1樹根 11.2.2枚舉樹 11.2.3物種樹和基因/蛋白質(zhì)樹 11.3系統(tǒng)發(fā)生分析的4個步驟 11.3.1第一步：利用DNA、RNA或蛋白質(zhì)序列來進(jìn)行分子系統(tǒng)發(fā)生分析 11.3.2第二步：多重序列比對 11.3.3第三步：構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹的方法 11.3.4第四步：用隨機(jī)測試和引導(dǎo)檢測的方法評估進(jìn)化樹 11.4展望 11.5常見問題 11.6網(wǎng)絡(luò)資源 11.7問題討論 11.8問題 11.9自測題 11.10推薦讀物 參考文獻(xiàn) 第3篇 基因組分析 第12章 全基因組和系統(tǒng)發(fā)生樹 12.1引言 12.2系統(tǒng)分類學(xué)簡史 12.3地球上生命形式的生物發(fā)展史 12.4系統(tǒng)發(fā)生樹的分子序列基礎(chǔ) 12.5生物信息學(xué)在系統(tǒng)分類學(xué)中的角色 12.6基因組測序計劃 12.7基因組測序計劃的簡要年表 12.7.1總覽：1977年～現(xiàn)在 12.7.2第一個病毒基因組 (1977年) 12.7.3第一個真核細(xì)胞器基因組 (1981年) 12.7.4第一個葉綠體基因組 (1986年) 12.7.5第一個真核染色體 (1992年) 12.7.6獨立生存的生物體的全基因組 (1995年) 12.7.7第一個真核基因組 (1996年) 12.7.8更多的細(xì)菌和古細(xì)菌 (1997年) 12.7.9第一個多細(xì)胞生物的基因組 (1998年) 12.7.10人類染色體 (1999年) 12.7.11蠅、植物和人類21號染色體 (2000年) 12.7.12人類基因組序列的草圖 (2001年) 12.7.13基因組測序的不斷完成 (2002年) 12.8基因組分析總覽 12.8.1選擇用于測序的基因組 12.8.2應(yīng)當(dāng)對物種的一個、幾個還是多個個體測序 12.8.3基因組究竟有多大 12.8.4基因組測序中心 12.8.5基因組測序：策略 12.8.6基因組序列數(shù)據(jù)：從未完成到完成 12.8.7一個基因組什么時候測序完畢？ 12.8.8基因組序列的數(shù)據(jù)倉庫 12.8.9基因組注解：基因組DNA的特征 12.8.10給細(xì)菌基因組做注釋 12.8.11真核基因的注釋 12.8.12總結(jié)：基因組測序計劃中存在的問題 12.9展望 12.10常見問題 12.11問題討論 12.12問題 12.13自測題 參考文獻(xiàn) 第13章 已完成測序的基因組：病毒基因組 13.1引言 13.2病毒的分類 13.3運用生物信息學(xué)方法研究病毒學(xué)問題 13.3.1多樣性和病毒的進(jìn)化 13.3.2從系統(tǒng)發(fā)生到基因表達(dá)：運用生物信息學(xué)方法研究皰疹病毒 13.3.3運用生物信息學(xué)方法研究人類免疫缺陷病毒 13.3.4運用生物信息學(xué)方法研究HIV1 13.3.5針對麻疹病毒的生物信息學(xué)分析 13.3.6其他生物信息學(xué)資源 13.4展望 13.5常見問題 13.6網(wǎng)絡(luò)資源 13.7問題討論 13.8問題 13.9自測題 13.10推薦讀物 參考文獻(xiàn) 第14章 已完成測序的基因組：細(xì)菌和古細(xì)菌基因組 14.1引言 14.2根據(jù)形態(tài)學(xué)標(biāo)準(zhǔn)的細(xì)菌分類 14.3基于基因組大小和排列的細(xì)菌和古細(xì)菌分類 14.4基于生活方式的細(xì)菌和古細(xì)菌分類 14.5基于與人類疾病相關(guān)的細(xì)菌分類 14.6基于核糖體RNA序列的細(xì)菌和古細(xì)菌分類 14.7基于其他分子序列的細(xì)菌和古細(xì)菌分類 14.8原核基因組分析 14.8.1核苷酸組成 14.8.2尋找基因 14.8.3水平基因轉(zhuǎn)移 14.8.4注釋和比較 14.9原核生物基因組的比較 14.9.1COG 14.9.2TaxPlot 14.9.3MUMmer 14.10展望 14.11常見問題 14.12網(wǎng)絡(luò)資源 14.13問題討論 14.14問題 14.15自測題 14.16推薦讀物 參考文獻(xiàn) 第15章 真核基因組：真菌基因組 15.1引言 15.2出芽酵母介紹 15.2.1啤酒酵母 15.2.2酵母基因組測序 15.2.3出芽酵母基因組的特征 15.2.4探索典型的酵母染色體 15.2.5新基因的產(chǎn)生：啤酒酵母基因組的復(fù)制 15.3功能基因組學(xué)計劃 15.3.1用轉(zhuǎn)座子進(jìn)行基因印跡 15.3.2開發(fā)外源轉(zhuǎn)座子 15.3.3根據(jù)分子條形碼進(jìn)行全基因組范圍的刪除 15.4真菌基因組分析 15.4.1煙曲霉 15.4.2白念珠菌 15.4.3典型的真菌：小孢子寄生蟲 15.4.4脈孢菌 15.4.5第一個擔(dān)子菌：白腐真菌 15.4.6裂殖酵母 15.5展望 15.6常見問題 15.7網(wǎng)絡(luò)資源 15.8問題討論 15.9問題 15.10自測題 15.11推薦讀物 參考文獻(xiàn) 第16章 真核基因組：從寄生生物到靈長類 16.1引言 16.2真核生物的普遍特性 16.2.1真核生物與原核生物的主要不同 16.2.2C值矛盾：為什么真核基因組大小差異如此之大 16.2.3許多真核基因組包含非編碼和重復(fù)的DNA序列 16.2.4檢測重復(fù)性DNA的軟件：RepeatMasker和Censor 16.2.5基因的定義 16.2.6在真核基因組中尋找基因 16.2.7真核生物中的蛋白質(zhì)編碼基因：新的悖論 16.2.8轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫和其他基因組DNA數(shù)據(jù)庫 16.2.9真核基因組以染色體的形式組織起來 16.2.10真核生物DNA比較：PipMaker和VISTA 16.3真核生物基因組個例 16.3.1引言 16.3.2位于樹底層的原生生物 16.3.3單細(xì)胞病原體的基因組：錐體蟲和利什曼蟲 16.3.4瘧疾致病體——瘧原蟲 16.3.5植物基因組 16.3.6后生生物的最底層：黏菌 16.3.7后生生物簡介 16.3.8簡單動物的分析：秀麗隱桿線蟲 16.3.9第一個昆蟲基因組：黑腹果蠅基因組 16.3.10第二個昆蟲基因組：岡比亞瘧蚊基因組 16.3.11通向脊椎動物之路：海鞘 16.3.12魚的基因組：河豚 16.3.13分析哺乳動物基因組：小鼠基因組 16.3.14靈長類動物基因組 16.4展望 16.5常見問題 16.6網(wǎng)絡(luò)資源 16.7問題討論 16.8問題 16.9自測題 16.10推薦讀物 參考文獻(xiàn) 第17章 人類基因組 17.1引言 17.2人類基因組計劃的主要結(jié)論 17.3通過三個門戶網(wǎng)站可獲得人類基因組數(shù)據(jù) 17.3.1NCBI 17.3.2Ensembl 17.3.3UCSC人類基因組瀏覽器 17.4人類基因組計劃 17.4.1人類基因組計劃的背景 17.4.2測序戰(zhàn)略：用分級鳥槍法得到序列草圖 17.4.3測序的一些特點 17.4.4人類基因組概貌 17.4.5人類基因組重復(fù)序列的含量 17.4.6人類基因組基因含量 17.5展望 17.6常見問題 17.7網(wǎng)絡(luò)資源 17.8問題討論 17.9問題 17.10自測題 17.11推薦讀物 參考文獻(xiàn) 第18章 人類疾病 18.1人類遺傳疾�。篋NA變異的結(jié)果 18.2人類疾病的生物信息學(xué)展望 18.3Garrod對疾病的觀點 18.4疾病的種類 18.5疾病的分類 18.6單基因疾病 18.6.1OMIM：有關(guān)人類疾病的重要生物信息學(xué)資源 18.6.2其他重要的人類疾病數(shù)據(jù)庫 18.6.3突變數(shù)據(jù)庫 18.6.4單核苷酸多態(tài)性(SNPs)與疾病 18.7復(fù)雜疾病 18.8疾病中染色體異常性分析 18.9在模式生物中研究和尋找人類疾病基因 18.10人類疾病研究組織 18.11疾病基因的功能分類 18.12展望 18.13常見問題 18.14網(wǎng)絡(luò)資源 18.15問題討論 18.16問題 18.17自測題 18.18推薦讀物 參考文獻(xiàn) 后記 參考文獻(xiàn) 附錄GCG軟件包：用于蛋白和DNA分析 術(shù)語表 自測題答案 …… http://www.163pan.com/files/80z000101.html 文件名稱: 生物信息學(xué) 基因組學(xué)和功能基因組學(xué).pdf 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木蟲 (正式寫手)
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9樓2010-02-17 02:07:51
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