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rainbow001木蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【求助】關(guān)于Autodock中Grid中的問(wèn)題 已有4人參與
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| 請(qǐng)問(wèn)各位大俠Autodock的Grid中怎樣才能得到gpf格式的文件？操作這步之前必須要打開(kāi)這個(gè)文件嗎？另外Docking操作之前一定要打開(kāi)dpf文件嗎？怎么才能得到呢？先謝謝各位大俠了 |
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9樓2012-04-03 20:01:17
★ ★ ★
rainbow001(金幣+1):謝謝參與
ghcacj(金幣+2):謝謝 2010-03-15 16:46
rainbow001(金幣+1): 2010-03-15 21:12
rainbow001(金幣+1):謝謝參與
ghcacj(金幣+2):謝謝 2010-03-15 16:46
rainbow001(金幣+1): 2010-03-15 21:12
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gpf文件是通過(guò)GRID操作就可以獲得的，先要編輯蛋白質(zhì)的PDBQT文件，選擇配體，設(shè)定Gridbox的大小，設(shè)定原子類(lèi)型等等，最后保存就可以了。 dock之前一定要寫(xiě)DPF文件，這個(gè)利用MGLtools很容易就能完成，主要包括大分子的選擇，算法的選擇等等，如果是柔性對(duì)接還需要選擇柔性的殘基等等，最后保存成Dpf文件就可以了。 |
2樓2010-03-15 16:38:47
rainbow001
木蟲(chóng) (小有名氣)
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3樓2010-03-16 15:53:47
4樓2010-03-24 17:11:31
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