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gytjyb新蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】寫了個(gè)MOE的動力學(xué)的過程，希望大家批評幾句! 已有3人參與
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因?yàn)槲沂浅鯇W(xué)分子模擬，正好我我們學(xué)校有MOE的版權(quán)。 所以我試著用MOE為我的同源模型，跑了一個(gè)分子動力學(xué)的優(yōu)化。請各位高手看看一下過程，我也不知道該怎么用moe，我想這是通常一般情況下的過程，懇請各位師兄姐，評價(jià)一下我有哪些做得不對。可能我有很多不對的地方，也有許多不懂得地方，請?zhí)岢鰜�。謝謝您了！ 我是想構(gòu)建了120個(gè)氨基酸的蛋白模型，想對它做動力學(xué)優(yōu)化。我不知道對不對，有好多我都不太明白。 首先，我給蛋白用AMBER99力場加氫，修正電荷。然后又給蛋白加了一圓形層的水，最大原子到邊界的厚度為7，是在ph7的時(shí)候加的。（我不知道怎么加離子，也還不會判斷是否電中性） 然后我用500的力量固定蛋白，先優(yōu)化外面的水到系統(tǒng)為RMS=1，然后整個(gè)放開系統(tǒng)優(yōu)化到能量最小化，為RMS=0.05。 然后我再開始跑動力學(xué)，因?yàn)槲蚁氲絼恿W(xué)先要吧外面的水跑好吧。所以，我先從50K升溫度到310K，用了50ps，選用NVT algorithrm用NPA(什么意思）。這時(shí)候在動力學(xué)選項(xiàng)里我選擇constrait all bond（這個(gè)選項(xiàng)默認(rèn)的意思除水以外都限制，有l(wèi)ights bond,all bond,none三種情況，我不知道這么做對不對，為什么這樣做），有關(guān)水的那項(xiàng)，我選擇用rigid（不知道什么意思），然后用50PS跑跑升溫的過程。 升溫完成以后，我繼續(xù)上次的模擬，我用1個(gè)NS，這時(shí)我想應(yīng)該是否選擇constrait none 什么都不限制了（為什么,這樣對嗎）,維持300K, 其它都保持不變，一直到整個(gè)過程完，取最后200PS的平均構(gòu)像。 ( 然后我發(fā)現(xiàn)一個(gè)問題，不知道怎樣去看整個(gè)過程RMSD的變化。) 我就想用MOE做個(gè)模型優(yōu)化，我不知道可否這樣做！MOE的內(nèi)容很多，但是沒有動力學(xué)的列子！ 謝謝大家，祝大家好運(yùn)！ |
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gytjyb
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7樓2010-08-31 16:43:07
dragontj
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2樓2010-07-02 15:01:20
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3樓2010-08-31 14:36:24
ghcacj:請不要復(fù)制別人的回帖和LZ發(fā)帖內(nèi)容。 2010-08-31 15:49:59
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為我是初學(xué)分子模擬，正好我我們學(xué)校有MOE的版權(quán)。 所以我試著用MOE為我的同源模型，跑了一個(gè)分子動力學(xué)的優(yōu)化。請各位高手看看一下過程，我也不知道該怎么用moe，我想這是通常一般情況下的過程，懇請各位師兄姐，評價(jià)一下我有哪些做得不對�？赡芪矣泻芏嗖粚Φ牡胤�，也有許多不懂得地方，請?zhí)岢鰜�。謝謝您了！ 我是想構(gòu)建了120個(gè)氨基酸的蛋白模型，想對它做動力學(xué)優(yōu)化。我不知道對不對，有好多我都不太明白。 首先，我給蛋白用AMBER99力場加氫，修正電荷。然后又給蛋白加了一圓形層的水，最大原子到邊界的厚度為7，是在ph7的時(shí)候加的。（我不知道怎么加離子，也還不會判斷是否電中性） 然后我用500的力量固定蛋白，先優(yōu)化外面的水到系統(tǒng)為RMS=1，然后整個(gè)放開系統(tǒng)優(yōu)化到能量最小化，為RMS=0.05。 然后我再開始跑動力學(xué)，因?yàn)槲蚁氲絼恿W(xué)先要吧外面的水跑好吧。所以，我先從50K升溫度到310K，用了50ps，選用NVT algorithrm用NPA(什么意思）。這時(shí)候在動力學(xué)選項(xiàng)里我選擇constrait all bond（這個(gè)選項(xiàng)默認(rèn)的意思除水以外都限制，有l(wèi)ights bond,all bond,none三種情況，我不知道這么做對不對，為什么這樣做），有關(guān)水的那項(xiàng)，我選擇用rigid（不知道什么意思），然后用50PS跑跑升溫的過程。 升溫完成以后，我繼續(xù)上次的模擬，我用1個(gè)NS，這時(shí)我想應(yīng)該是否選擇constrait none 什么都不限制了（為什么,這樣對嗎）,維持300K, 其它都保持不變，一直到整個(gè)過程完，取最后200PS的平均構(gòu)像。 ( 然后我發(fā)現(xiàn)一個(gè)問題，不知道怎樣去看整個(gè)過程RMSD的變化。) 我就想用MOE做個(gè)模型優(yōu)化，我不知道可否這樣做！MOE的內(nèi)容很多，但是沒有動力學(xué)的列子！ 謝謝大家，祝大家好運(yùn)！ 本文來自: 小木蟲論壇 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1880455&fpage=1 |
4樓2010-08-31 15:14:45
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