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pwzhou

鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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[交流] 【分享】轉(zhuǎn)換Gaussian 09的output為Gaussian 03的格式

眾所周知，Gaussian 09的輸出格式和03格式有些不同，因此，原來(lái)能夠正確讀取03的output的可視化軟件在讀取09的output是會(huì)出現(xiàn)問(wèn)題，下面這個(gè)腳本可以將09的格式轉(zhuǎn)化為03的格式，從而能夠被可視化軟件正確讀取。

#!/bin/bash
if [ "$#" -eq 0 ]; then echo -e "2010 by Lorenz Blum\nMakes gaussian09 output readable by molekel5.4\nUsage: $0 input output";exit;fi

#Gaussian 03: Otherwise it guesses it a Gaussian 94 outputfile, Density Matrix: To recognize the density matrix, Eigenvalues: To visualize the MOs, Atom AN: To see spectra
cat $1 | sed "s/Gaussian 09/Gaussian 03/" | sed "s/Eigenvalues -- /EIGENVALUES -- /" | sed "s/Density Matrix:/DENSITY MATRIX./" | sed "s/ Atom AN/Atom AN/" > $

這個(gè)腳本可以在Molekel的主頁(yè)上下載：http://molekel.cscs.ch/wiki/pmwiki.php/Main/DownloadBinary

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1樓 2010-03-24 21:58:10

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abbott

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我當(dāng)時(shí)也直迷糊，
讀不了怎么辦？
看了以下molden的說(shuō)明
發(fā)現(xiàn)4.8版本，只要你編譯的對(duì) 就可以讀取結(jié)果。。。。

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Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!

2樓2010-03-24 23:03:04

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lihb734

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高手們，能否根據(jù)這個(gè)腳本解釋一下G09和G03結(jié)果文件的差異子在哪了？
我們不會(huì)編程啊。
謝謝！

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前途光明，出路難覓！

3樓2010-03-25 07:53:48

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pwzhou

鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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其實(shí)上面這個(gè)腳本很簡(jiǎn)單的，就是用sed進(jìn)行簡(jiǎn)單的查找替換而已，Gaussian 09和03的差別在于：
   Gaussian 09          Gaussian 03
1. “Gaussian 09”          “Gaussian 03”
2. “Eigenvalues -- ”    “EIGENVALUES -- ”
3. “Density Matrix:”    “DENSITY MATRIX.”
4. “ Atom  AN”             “Atom AN”

可以看出，除了第一點(diǎn)不同之外，其他的其實(shí)完全沒(méi)必要更改。

引用回帖:

Originally posted by lihb734 at 2010-03-25 07:53:48:
高手們，能否根據(jù)這個(gè)腳本解釋一下G09和G03結(jié)果文件的差異子在哪了？
我們不會(huì)編程啊。
謝謝！

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4樓2010-03-25 08:43:55

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zhangmt

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yjcmwgk(金幣+2):我也是這么干滴！ 2010-03-25 21:20

錯(cuò)，重點(diǎn)在第四點(diǎn)：
03版本是“Atom AN”，而09版本是“Atom AN”，仔細(xì)看，03版本中間是一個(gè)空格，09版本中間是兩個(gè)空格。其他的不改也能看，這個(gè)必須改。

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一群自以為正義凜然的年輕人將一切不能以科學(xué)解釋的事情定性為封建迷信并大刀闊斧地進(jìn)行消滅，其實(shí)這是修養(yǎng)不足學(xué)識(shí)淺薄的一種體現(xiàn)，也是可惡的偏執(zhí)和愚蠢的自以

5樓2010-03-25 10:09:34

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狼外婆

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同意樓上的！

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6樓2010-03-25 18:06:20

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哎，我把自己的意思寫(xiě)錯(cuò)了，所以才造成了這樣的誤會(huì)。我本來(lái)的意思是Gaussian公司根本沒(méi)必要更改后面四項(xiàng)。

引用回帖:

Originally posted by zhangmt at 2010-03-25 10:09:34:
錯(cuò)，重點(diǎn)在第四點(diǎn)：
03版本是“Atom AN”，而09版本是“Atom AN”，仔細(xì)看，03版本中間是一個(gè)空格，09版本中間是兩個(gè)空格。其他的不改也能看，這個(gè)必須改。

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7樓2010-03-25 18:44:30

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zhangmt

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誤會(huì)誤會(huì)。呵呵。

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8樓2010-03-25 23:30:37

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