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faqianliu銀蟲 (小有名氣)
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【求助】關(guān)于adv mater 08年一篇論文中tddft計算的一些疑問，請高手指正 已有5人參與
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關(guān)于adv mater 2008年一篇金屬配合物td-dft計算的一些疑問 該論文下載地址如下： http://www.brsbox.com/filebox/do ... 31e39a77b744bb53cbf 輔助材料信息下載地址如下： http://www.brsbox.com/filebox/do ... 9674c91972a7f2c24d3 配合物1的cif文件下載地址： http://www.brsbox.com/filebox/do ... 6ade2ec0968bcca8922 如不想麻煩下載，請參照后面的圖形 此論文作者采用TD-DFT/PCM方式計算了三個3D金屬簇合物的吸收光譜，并借此來解釋其三階非線性的差異，我只上載了配合物1的cif文件，我所關(guān)心的問題是： 1、配合物中cif的結(jié)構(gòu)和計算模型并不相同，原始晶體信息如下圖所示：  而論文中采用的模型為：  此處，模型和CIF文件明顯不同，其中【W(wǎng)OS3Cu3】為+1價，也就是說，模型中的配合物電荷也不為0，計算無影響？ 2、按照上圖的模型，此處的自旋多重度應(yīng)該為多少？從文獻輔助材料提到的計算結(jié)構(gòu)看，是按閉殼層計算的： Results of Time-Dependent DFT Calculations: Cluster1-B3LYP-LanL2DZ TD-PCM (20states) in DMF (dielectric constant=36.7) Excitation energies and oscillator strengths: Excited State 1: Singlet-A 2.5930 eV 478.15 nm f=0.0004 101 ->106 -0.23472 102 ->106 -0.27424 103 ->104 0.57035 103 ->105 -0.13601 This state for optimization and/or second-order correction. Total Energy, E(RPA) = -1616.83190592 Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density. Excited State 2: Singlet-A 2.6426 eV 469.18 nm f=0.0001 101 ->104 -0.16893 102 ->104 -0.37668 103 ->106 0.53940 Excited State 3: Singlet-A 2.7224 eV 455.42 nm f=0.0072 101 ->104 0.20670 102 ->104 0.47922 102 ->105 -0.10689 103 ->106 0.42014 Excited State 4: Singlet-A 2.7438 eV 451.87 nm f=0.0096 100 ->106 -0.21888 101 ->106 0.49112 102 ->106 0.26780 103 ->104 0.31098 Excited State 5: Singlet-A 2.7544 eV 450.14 nm f=0.0010 98 ->104 0.15400 98 ->105 0.62515 99 ->107 -0.15805 100 ->107 0.14758 輔助材料中配合物1給了20個態(tài)，我只列了前5個，顯示均為單線態(tài)，可是我按照模型搭建的分子，按自旋多重度為1計算，根本無法計算，高斯出錯： The combination of multiplicity 1 and 207 electrons is impossible. 如果按開殼層計算的話，Excited State 1: Singlet-A 2.5930 eV 478.15 nm f=0.0004 計算結(jié)果中的singlet應(yīng)該為？，也就是程序無法判斷單線態(tài)或三線態(tài)，按作者提供的應(yīng)該是閉殼層計算，且從文章的圖形中也均以homo lumo來命名軌道，如下圖：  也就是說，論文中采用的應(yīng)該為閉殼層計算，作者是如何做到的？ 以上2疑問，請指正 [ Last edited by yjcmwgk on 2010-3-25 at 09:55 ] |
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作者在原文中已經(jīng)明確說，他計算的是cluster。如果你看看這個cif文件的packing格式的話，您就會發(fā)現(xiàn)，每個分子都通過N=C鍵與3個分子相互連接。作者為了研究這種分子組建的cluster，所以取出了兩個分子組建而成的Cluster。如下圖： 當然這張圖中顯示了5個空的N=C鍵。這是通向其他晶胞的橋梁。 因此說，作者的計算模型不但是正確的，而且是準確的。如果作者僅僅考慮一個分子，才是滑天下之大稽。當然，如果作者有心，可以計算三個分子的cluster、四個分子cluster……等。下圖顯示了一種可能的cluster生長方式（沿c軸生長，綠色標記）。  當然如果沿著a軸生長或者沿著b軸生長的cluster，就不是這樣的，您自己生長一下看看吧。不過，無論哪種生長方式，作者的二聯(lián)cluster總是它們的一種基本結(jié)構(gòu)，是這三種生長方式得到的大型cluster的共有的基本結(jié)構(gòu)，因此我很佩服作者的cluster抽取能力。 第二個問題：如果兩個分子已經(jīng)橋聯(lián)了，那么自然會形成閉殼層體系。 [ Last edited by yjcmwgk on 2010-3-25 at 11:26 ] |
3樓2010-03-25 10:11:56
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呵，首先感謝小卒耐心解答！ 其實剛才也是心里有些郁悶，還是那句話，如果懂的話誰愿意在這發(fā)帖子提問，不懂的話提問又沒人解答，只能發(fā)發(fā)牢騷了，其實有些問題對你們來說很簡單，可對我們來說，如果有人稍微指點一下，就能想通很多事情  接觸高斯也有一段時間了，軟件是網(wǎng)上搜索的，資料也是從網(wǎng)上搜索的，中間有很多人熱心人幫助，但是再幫助，一個TD-DFT計算熒光，我就糾結(jié)了很長很長時間，到現(xiàn)在結(jié)果還不太明白，為什么呢？因為從寫gif就是自學(xué)，看結(jié)果自學(xué)，什么都是自學(xué)，如果我們有一個工作團隊，師兄師弟都可以幫忙，那肯定是沒問題，有問題問問，周圍有懂的也行，問問，也沒有。。。 我們現(xiàn)在看資料，有不懂的首先也是去搜索，去找答案，可是網(wǎng)絡(luò)不是萬能的，不可能我們需要的資料網(wǎng)上就能一搜就找到的，所以就可能浪費很多時間，我們提的問題在你們學(xué)的好的人來說非常簡單，甚至非�？尚�，為什么會問這種問題呢？ 還有g(shù)aussian 03手冊，看過啊，有事先翻翻，但是沒基礎(chǔ)的話能看懂多少？ 所以我們還是在慢慢摸索著前行吧，只能一點一點的積累知識，然后再等自己某天突然豁然開朗，噢，原來如此。。。 說這么多，心里話，還是非常感謝樓上的指點！ |
4樓2010-03-25 11:22:48
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yzcluster(金幣+5):再次拜讀某人大作。：） 2010-04-07 12:52
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唉，如果劉老師有心，您看看這個帖子吧，好嗎？ 點擊鏈接http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1405684 首先要學(xué)習的就是一本高斯入門書。我發(fā)現(xiàn)了，很多人連高斯入門書都沒看過就要用高斯計算自己的體系。這里我個人推薦郭勇的《高斯使用指南》，很簡單的一本書，完全就是為那些一點高斯基礎(chǔ)都沒有的人準備的。其實，如果你的英文還行（過了6級的人肯定沒問題），那就看看高斯公司自己出版的高斯教材《Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods》，也是為那些完全沒有一點高斯基礎(chǔ)的人準備的。 此外，一定要學(xué)學(xué)群論。我個人推薦科頓的《群論在化學(xué)中的應(yīng)用》一書，完全就是為那些一點群論基礎(chǔ)都沒有的人準備的。當然，您很可能要補一點數(shù)學(xué)知識，主要是線性代數(shù)。原書是英文版，但是超星上有中譯本。其實，如果您的英語已經(jīng)過了6級，直接看英文版，問題也不是太大（這時，你遇到的主要問題是專業(yè)術(shù)語問題而已，查查就懂了） 量子化學(xué)的入門書一定要讀一本。徐光憲的《量子化學(xué) : 基本原理和從頭計算法》就是極好的。 高斯公司出版的《高斯說明書》才是用高斯軟件的終極教程——您想，誰又能比高斯軟件開發(fā)公司更了解高斯軟件本身呢？讀完了郭勇的《高斯使用指南》，再讀《高斯說明書》。 建議學(xué)習順序： 1徐老的《量子化學(xué) : 基本原理和從頭計算法》 2科頓的《群論在化學(xué)中的應(yīng)用》 3《高斯說明書》 此外，《Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods》要在看《高斯說明書》之前看，但是不規(guī)定它和1號、2號書的次序 注意，《Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods》有一本南開中譯本。首先承認這本中譯本很好，為量化事業(yè)做出了很大貢獻，我們十分敬仰這位譯者。但是，該本嚴重不全。（300+頁的英文書，被譯成了60多頁的中文書，翻譯過程中，內(nèi)容損失太大了）劉老師既然是老師，就應(yīng)該直接看英文啦，給我們小輩們做表率嘛 [ Last edited by yjcmwgk on 2010-4-6 at 11:46 ] |
9樓2010-04-06 11:42:06
faqianliu
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yzcluster(金幣+1):小卒同學(xué)還是非常熱情的。另外，磁性的計算高斯可以進行。而且某些情況比MS要準 2010-04-07 12:53
yzcluster(金幣+1):小卒同學(xué)還是非常熱情的。另外，磁性的計算高斯可以進行。而且某些情況比MS要準 2010-04-07 12:53
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呵呵，我們在高斯方面還只是小學(xué)生，沒辦法和你們比~~ 那本書看過，平時工作太忙，這些都是晚上看的，有時候好幾天才有時間看看，你說的很對，是應(yīng)該從頭學(xué)起，不過，我們不是搞量子化學(xué)的，高斯畢竟只是一個工具，也不可能把全部的精力拿來學(xué)習一個軟件，夠用就行了，我現(xiàn)在正在學(xué)習磁性，也許下次我就需要去看MS，是不~~ 由于windows有16G限制，今天剛把win7/linux雙系統(tǒng)安裝好，64位系統(tǒng)還要安裝32位虛擬機 ，linux下發(fā)現(xiàn)高斯不運行 ，可能你第一次linux下安裝gauss，有師兄指點，10分鐘就OK了，我們自己來，需要折騰一天...總之大家都不容易，誰也不可能掌握各個領(lǐng)域的知識，可能你一句話，能幫我們省2天的時間，能幫就幫吧，呵呵，對不~~ 還有，如果大家站在不同的平臺上去看同一本書的話，可能很多內(nèi)容不能領(lǐng)會，其實書看過了，但是有些不理解，所以才會出來問的~~ 上次通過QQ向你請教的結(jié)果就是，回頭繼續(xù)看書，繼續(xù)自己研究~~ 授之以魚不如授之以漁，這個道理都懂，你已經(jīng)占到這個領(lǐng)域的高點上了，當然可以一覽眾山小，悠悠的要求不懂的人多看書，但是過度強度漁的話是不是有時就有點過猶不及了 呵呵，一家之言，昨晚又看了一遍faq，說實話對小卒版主我十分佩服，希望這個版越來越紅火~~ |
10樓2010-04-06 17:31:27
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