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yfw7210金蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】分子動(dòng)力學(xué)的溶劑化分析 已有2人參與
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大家好！ 我在做蛋白質(zhì)溶劑化的分子動(dòng)力學(xué)，最初目的是考察不同溶劑對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的影響及它們之間的相互作用。只是不知道在Amber中，要轉(zhuǎn)化成什么樣的輸出參數(shù)去考察，現(xiàn)在我只是分析了溫度、動(dòng)能、勢(shì)能、RMSD等簡(jiǎn)單的參數(shù)，然后再分析氫鍵是將整個(gè)體系進(jìn)行分析，出錯(cuò)，報(bào)錯(cuò)內(nèi)存不夠，請(qǐng)教大俠，由于計(jì)算機(jī)硬件暫時(shí)無法改變，只能靠減小體系來計(jì)算，有哪位大俠知道如何改動(dòng)嗎？有做過蛋白質(zhì)溶劑化的研究的嗎？一般都應(yīng)分析哪些參數(shù)呢？或者大家誰看到過比較類似的文獻(xiàn)呢？請(qǐng)大家不吝賜教！感激不盡！（因快畢業(yè)，問大家了一些比較籠統(tǒng)、依賴性的問題，還望包涵，不吝賜教） |
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superdirac
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2樓2010-04-19 16:12:04
yfw7210
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3樓2010-04-20 17:37:34
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4樓2010-04-26 21:12:26
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