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bbslover金蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】計(jì)算手性描述符一定要用化合物的三維結(jié)構(gòu)嗎？ 已有3人參與
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如題， 還有是不是要用3D結(jié)構(gòu)的話還要對描述符優(yōu)化。 那么計(jì)算二維描述符的時(shí)候是不是畫出結(jié)構(gòu)就行了，不用優(yōu)化了？ 謝謝 |
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2樓2010-04-28 16:56:33
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3樓2010-04-28 18:53:21
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ghcacj(金幣+2):謝謝 2010-04-29 10:07
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SMILES里面，那種@和@@，就是代表R/S的意思。 SD格式，其實(shí)就是MOL的“數(shù)組”。那么，MOL每個原子都有坐標(biāo)，x,y,z，如果三維都有效，那么，就可以用它來判斷。如果有某一維都是0，那就是二維。此時(shí)，要看元素符號后的第3、5個數(shù)字，它們代表著該原子的立體信息。詳細(xì)情況，看看MDL CTFile Format。 實(shí)際上，要研究手性，建議用3D-QSAR，如CoMFA/CoMSIA等，靠著2D描述子做QSAR，很難解釋。 [ Last edited by yalefield on 2010-4-28 at 22:49 ] |
4樓2010-04-28 22:48:17
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5樓2010-04-29 12:55:04
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6樓2010-04-29 22:15:32
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