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qzhaosdu金蟲 (著名寫手)
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[交流]
【轉(zhuǎn)載】VC上的小游戲：在線蛋白質(zhì)折迭 簡介及安裝包 已有2人參與
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Foldit是一個(gè)實(shí)驗(yàn)性的蛋白質(zhì)折迭電子游戲，由華盛頓大學(xué)的計(jì)算機(jī)科學(xué)和工程學(xué)系和生物化學(xué)學(xué)系（同一批人中，很多人也參與創(chuàng)建Rosetta@home）聯(lián)合共同開發(fā)。第一個(gè)beta公開測試版在2008年5月釋出。 Foldit讓全世界的玩家比賽設(shè)計(jì)蛋白質(zhì)，而科學(xué)家們則可以研究玩家設(shè)計(jì)的蛋白質(zhì)，看看是否能運(yùn)用到新藥中。 該程序讓用戶在工具輔助解謎，就能夠得出實(shí)際的蛋白質(zhì)模型。每當(dāng)結(jié)構(gòu)被變動，一個(gè)"分?jǐn)?shù)"會根據(jù)折迭的完善程度給出。Foldit用戶可以創(chuàng)立加入小組，分享各自的方案。也有小組高分榜。 生物制造主要蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的方式（蛋白質(zhì)生物合成）在理性上已經(jīng)為人類所了解，此即蛋白質(zhì)DNA 測序的方法。決定蛋白質(zhì)主要結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)化為功能性三圍結(jié)構(gòu)（蛋白質(zhì)分子如何“折迭”）是更為困難的；雖然大致的程序已經(jīng)為人所知，但蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測還是需要大量的計(jì)算。 Foldit嘗試?yán)萌四X天生的三維pattern matching能力。目前該程序出的謎題都是基于已被人們清楚了解的蛋白質(zhì)；通過分析人類在解這些謎題時(shí)的直覺思考途徑，研究者希望能改進(jìn)現(xiàn)有蛋白質(zhì)折迭軟件所用的算法。 開發(fā)者Popovic說，“我們的目標(biāo)是讓任何人都能操作，即使他們根本不了解生物化學(xué)或蛋白質(zhì)折迭”。 目前，這個(gè)游戲只能使用那些三維結(jié)構(gòu)已被研究人員解決的蛋白質(zhì)。 但Popovic說，“不久之后會引入我們還不知道解決之法的蛋白質(zhì)”。 Foldit是結(jié)合眾包與分布式計(jì)算所得的成果。  下載地址： ed2k://|file|%5B%E5%9C%A8%E7%BA%BF%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B4%A8%E6%8A%98%E5%8F%A0%E6%B8%B8%E6%88%8F%5D.Foldit.exe|22184484|f60c62f20712ca146a3c7897eecc1d01|h=lqbch646ippmdbmcsujtxu276snm36yv|/ |
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2樓2010-04-29 22:19:45
yalefield
金蟲 (文壇精英)
老漢一枚
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- 管轄: 計(jì)算模擬
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
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網(wǎng)格計(jì)算為科學(xué)研究提供了一種新的環(huán)境和平臺，能夠讓科研用戶在更深層次、更大范圍共享信息、進(jìn)行研究和開發(fā)。很多國家都開設(shè)了基于網(wǎng)格計(jì)算的e-Science項(xiàng)目。美國自然科學(xué)基金會與能源部、航天局等共同設(shè)立的科學(xué)數(shù)據(jù)全面開放訪問（Full and Open Access）項(xiàng)目使其在科研信息化方面處于領(lǐng)先的位置。例如： 美國Indiana大學(xué)和Argonne國家實(shí)驗(yàn)室（Argonne National Laboratory，ANL）合作的XPort項(xiàng)目是一個(gè)圍繞生物大分子X射線衍射結(jié)構(gòu)分析而建立的網(wǎng)格系統(tǒng)，提供遠(yuǎn)程儀器使用規(guī)劃、儀器操作、數(shù)據(jù)獲取、篩選和分析等功能，用戶可以遠(yuǎn)程提交任務(wù)，交互式控制任務(wù)執(zhí)行，接收和分析初步運(yùn)行結(jié)果以確定任務(wù)的正確性，還可以與其他用戶即時(shí)交流。 歐洲的網(wǎng)格系統(tǒng)也有很多，如： 歐盟的EUDataGrid、EUROGRID、 意大利的INFN-Grid、 荷蘭的DutchGrid、 北歐的NorduGrid 英國的e-Science。 網(wǎng)格也使得跨國、跨地區(qū)合作，商業(yè)公司與學(xué)術(shù)研究機(jī)構(gòu)合作也越來越多。例如， 美國Accelrys公司、IBM公司與英國Cambridge大學(xué)等合作的MaterialsGrid系統(tǒng)，采用量子力學(xué)模擬計(jì)算材料物性，如彈性勁度、介電常數(shù)和光學(xué)性質(zhì)等。該網(wǎng)格能自動搜索已有數(shù)據(jù)、計(jì)算缺失數(shù)據(jù)，構(gòu)成一個(gè)巨大的動態(tài)信息共享網(wǎng)格。 又如， 德國Jülich研究中心、愛沙尼亞Tartu大學(xué)、英國Ulster大學(xué)、意大利Mario Negri藥學(xué)研究院和匈牙利ComGenex公司共同維護(hù)的OpenMolGRID系統(tǒng)，為藥物設(shè)計(jì)提供了從化學(xué)數(shù)據(jù)管理、分子結(jié)構(gòu)優(yōu)化、描述參數(shù)計(jì)算到構(gòu)效關(guān)系建模的自動化無縫處理方案。 一些與科學(xué)計(jì)算相關(guān)的網(wǎng)格分布式計(jì)算項(xiàng)目 [ Last edited by yalefield on 2010-4-30 at 05:42 ] |
3樓2010-04-30 05:41:43
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