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amo11000金蟲 (小有名氣)
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【求助】如果要檢驗(yàn)金屬離子鉛是否與某蛋白質(zhì)有較好的結(jié)合能力，用哪個分子對接軟件比 已有1人參與
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| 如果要檢驗(yàn)金屬離子鉛是否與某蛋白質(zhì)有較好的結(jié)合能力，用哪個分子對接軟件比較好？ |
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
lei0736(金幣+6):謝謝 2010-05-04 12:26
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分子對接主要是將小分子配體對接到受體的活性位點(diǎn)，并搜尋其合理的取向和構(gòu)象，使得配體與受體的形狀和相互作用的匹配最佳。 分子對接由于從整體上考慮配體與受體的結(jié)合效果，所以能較好地避免其他方法中容易出現(xiàn)的局部作用較好，整體結(jié)合欠佳的情況。目前具代表性的分子對接軟件主要有 DOCK、F1exX和GOLD。 蛋白質(zhì)與小分子對接算法中,大都將目標(biāo)蛋白簡化處理為剛性分子,顯然這種剛性簡化過程可能會造成預(yù)測結(jié)果的很大偏差，這時候就與你的計算機(jī)能力有關(guān)了。 DOCK是用得最普遍的方法，而F1exX是一種快速、精確的柔性對接算法，近幾年發(fā)展很快，你可以試試后者。 它在對接時考慮了配體分子的許多構(gòu)象。F1exX首先在配體分子中選擇一個核心部分，并將其對接到受體的活性部位，然后再通過樹搜尋方法連接其余片斷。F1exX的評價函數(shù)采用改進(jìn)的Bhöm結(jié)合自由能函數(shù)。F1exX的對接算法建立在逐步構(gòu)造策略的基礎(chǔ)之上，分以下三步：第一步是選擇配體的一個連接基團(tuán)，稱為核心基團(tuán)；第二步將核心基團(tuán)放置于活性部位，此時不考慮配體的其他部分；最后一步稱為構(gòu)造，通過在已放置好的核心基團(tuán)上逐步增加其他基團(tuán)，構(gòu)造出完整的配體分子。F1exX對接一個典型的藥物分子大約需要3分鐘，表明它可用于中等規(guī)模的三維數(shù)據(jù)庫搜尋；此外，由于其采用了經(jīng)驗(yàn)結(jié)合自由能函數(shù)進(jìn)行評價，結(jié)果可能要優(yōu)于以相互作用能為評價函數(shù)的分子對接方法。 |
2樓2010-05-04 12:10:05
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