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redskywei木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[交流]
【求助】transiesta關(guān)閉后可以接著原來(lái)的迭代繼續(xù)算么 已有4人參與
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用transiesta計(jì)算時(shí)，由于掛載程序過(guò)多而內(nèi)存不足退出，都已經(jīng)計(jì)算到transiesta自洽迭代了： From SIESTA: Efermi= -4.805 qc0 : 0.000 qcn0 : 456.635 nou,NGL,NGR: 3731 832 832 TranSiesta: Qsol,Qtot: 483.480 957.000 1.000 transiesta: TSiscf Eharris(eV) E_KS(eV) FreeEng(eV) dDmax Ef(eV) transiesta: 1 -25796.9060 -25694.0764 -25694.0764 85.4730 -4.8048 timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF 44 118292.741 80.25 elaps: Routine,Calls,Wall,% = IterSCF 44 59371.237 80.29 timer: Routine,Calls,Time,% = TS 1 28704.656 19.47 elaps: Routine,Calls,Wall,% = TS 1 14364.325 19.43 TranSiesta: Qsol,Qtot: 534.939 957.000 1.000 transiesta: 2 -88127.8734 12349.9694 12349.9694228.7030 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 488.859 957.000 1.000 transiesta: 3 -56270.7540 -21245.4598 -21245.4598 99.3472 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 488.432 957.000 1.000 transiesta: 4 -55294.0759 -21317.6327 -21317.6327 55.5982 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 479.158 957.000 1.000 transiesta: 5 -53117.3585 -21539.4531 -21539.4531 41.3231 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 470.471 957.000 1.000 transiesta: 6 -52472.9078 -21585.8679 -21585.8679 46.3186 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 515.301 957.000 1.000 transiesta: 7 -55305.2639 -18966.4175 -18966.4175 84.6345 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 463.658 957.000 1.000 transiesta: 8 -47134.7254 -21236.5423 -21236.5423 51.2251 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 456.971 957.000 1.000 transiesta: 9 -44427.7347 -21318.3401 -21318.3401 46.8924 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 444.560 957.000 1.000 transiesta: 10 -43802.3646 -21233.9120 -21233.9120166.2342 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 459.526 957.000 1.000 transiesta: 11 -43144.4210 -21205.0722 -21205.0722 40.8517 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 438.813 957.000 1.000 transiesta: 12 -41201.9274 -20950.2247 -20950.2247 56.0684 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 436.696 957.000 1.000 transiesta: 13 -37944.0731 -21239.0155 -21239.0155 87.3010 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 441.258 957.000 1.000 transiesta: 14 -36116.9398 -21165.2910 -21165.2910 55.2350 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 449.885 957.000 1.000 transiesta: 15 -33992.3977 -21101.5238 -21101.5238 85.3353 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 458.481 957.000 1.000 transiesta: 16 -33016.1655 -21078.3628 -21078.3628104.3443 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 468.988 957.000 1.000 transiesta: 17 -32348.3750 -21035.2013 -21035.2013101.3979 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 482.396 957.000 1.000 transiesta: 18 -30486.7028 -21057.5577 -21057.5577 59.6814 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 482.013 957.000 1.000 transiesta: 19 -29276.6606 -21011.9338 -21011.9338 67.5077 -4.8048 TranSiesta: Qsol,Qtot: 510.079 957.000 1.000 transiesta: 20 -26873.0004 -20920.4854 -20920.4854 59.2618 -4.8048 另外有個(gè)小問(wèn)題想問(wèn)，哪個(gè)Qsol對(duì)應(yīng)的電荷數(shù)是哪部分的電荷，我的這里是個(gè)分?jǐn)?shù)，是電子轉(zhuǎn)移到過(guò)渡層了么？ 還有一個(gè)關(guān)于電極原胞尺度問(wèn)題： 我給的電極基矢為： 16.198320 0.000000 0.000000 0.000000 16.198320 0.000000 0.000000 0.000000 4.049580 但是不知道怎么到計(jì)算散射區(qū)時(shí)，這里卻有個(gè)原胞尺度為： Begin LEFT unit cell: 30.6104 0.0000 0.0000 0.0000 30.6104 0.0000 0.0000 0.0000 7.6526 Size: 692224 Efermi: 0.0000000000000000 GF: Spin number -> 1 Got LEFT Electrode GF Done Begin RIGHT unit cell: 30.6104 0.0000 0.0000 0.0000 30.6104 0.0000 0.0000 0.0000 7.6526 Size: 692224 Efermi: -0.0000000000000000 系統(tǒng)也沒(méi)報(bào)錯(cuò)，奇怪。 |
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redskywei
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3樓2010-05-19 14:54:10
zhangguangping
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zzy870720z(金幣+2):謝謝交流 2010-05-19 12:13:25
redskywei(金幣+8): 2010-05-19 14:52:09
zzy870720z(金幣+2):謝謝交流 2010-05-19 12:13:25
redskywei(金幣+8): 2010-05-19 14:52:09
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可以接著自洽迭代啊！直接設(shè)置DM.UseSaveDM T就可以直接接著算，讀取上次的*.TSDE密度矩陣，（這個(gè)是transiesta的密度矩陣），如果已經(jīng)算出*.GF來(lái)了，重新計(jì)算的時(shí)候不想在計(jì)算這個(gè)了，因?yàn)檫@個(gè)花不少的時(shí)間。對(duì)同一個(gè)體系的話，沒(méi)必要再計(jì)算一次了。這個(gè)時(shí)候就設(shè)置一下TS.CalcGF F,這個(gè)時(shí)候就不會(huì)再計(jì)算了。你的第二個(gè)問(wèn)題，可能是你對(duì)這個(gè)還不是很熟悉，或者以前沒(méi)有注意過(guò)。siesta和transiesta內(nèi)部執(zhí)行的時(shí)候總是用的原子單位。所以那是以原子單位輸出的原胞矢量。你是用的Ang做的單位吧。對(duì)于電荷的問(wèn)題，我以前沒(méi)有關(guān)注過(guò)，你可以到mail-list里去問(wèn)一下。你要是知道了，記得告訴我?jiàn)W。呵呵呵，以后多交流！ [ Last edited by zhangguangping on 2010-5-19 at 04:37 ] |
2樓2010-05-19 11:35:55
4樓2010-05-19 18:34:19
bumubutai
新蟲(chóng) (初入文壇)
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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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嗨 您好~~~ 看了這個(gè)貼我還有個(gè)問(wèn)題。 我的output和他有點(diǎn)像。 qsol 和qtol 的值相差很大。 我不知道是什么原因 也不知道該怎樣改。 我查maillist 上說(shuō) 這兩個(gè)值應(yīng)該比較接近的。 求指點(diǎn)。 多謝了。 我做的是一個(gè)nano電容的計(jì)算。 我把input貼在這里 供參考。 # SPECIES AND BASIS # Number of species NumberOfSpecies 3 %block ChemicalSpeciesLabel 1 12 Mg_LDA 2 8 O_LDA 3 79 Au_LDA %endblock ChemicalSpeciesLabel %block PAO.BasisSizes Mg_LDA SZP O_LDA SZP Au_LDA SZP %endblock PAO.BasisSizes PAO.BasisType split ================================================== ================================================== # K-points %block kgrid_Monkhorst_Pack ================================================== ================================================== # UNIT CELL LatticeConstant 4.31132 Ang %block LatticeVectors < lat_AuMgOAu.dat # Atomic coordinates NumberOfAtoms 36 AtomicCoordinatesFormat Fractional %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies < coords_AuMgOAu.dat ================================================== ================================================== # General variables ElectronicTemperature 300 K OccupationFunction MP MeshCutoff 250. Ry xc.functional GGA # Exchange-correlation functional xc.authors PBE SpinPolarized .false. ================================================== ================================================== SolutionMethod Transiesta ================================================== ================================================== # SCF variables DM.MixingWeight 0.01 DM.NumberPulay 5 MaxSCFIterations 300 # Maximum number of SCF iter DM.Tolerance 1.d-4 # Tolerance in maximum difference DM.UseSaveDM true # to use continuation files Diag.DivideAndConquer no ================================================== ================================================== # MD variables MD.FinalTimeStep 1 MD.TypeOfRun CG MD.NumCGsteps 000 MD.UseSaveXV .true. ================================================= ================================================= # Output variables WriteMullikenPop 1 WriteBands .false. SaveRho .true. SaveDeltaRho .true. SaveHS .false. SaveElectrostaticPotential .true. SaveIonicCharge .true. SaveTotalCharge .true. WriteCoorXmol .true. WriteMDXmol .true. #animation created WriteMDhistory .false. WriteEigenvalues yes ================================================== ================================================== # Parallel variables Diag.ParallelOverK .true. ProcessorY 1 ================================================== ================================================== # Transiesta information # GF OPTIONS TS.ComplexContour.Emin -30.0 eV TS.ComplexContour.NPoles 06 TS.ComplexContour.NCircle 30 TS.ComplexContour.NLine 10 # BIAS OPTIONS TS.biasContour.NumPoints 15 TS.UpdateDMCROnly .false. # TS OPTIONS TS.Voltage 0.000000 eV #Write hamiltonian TS.SaveHS .true. # LEFE ELECTRODE TS.HSFileLeft 'elec.TSHS' TS.NumUsedAtomsLeft 4 # RIGHT ELECTROD TS.HSFileRight 'elec.TSHS' TS.NumUsedAtomsRight 4 不勝感激 不勝感激~~~ |
5樓2012-10-01 23:12:09
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