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valenhou001

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zzy870720z(金幣+2):謝謝交流 2010-06-01 11:05:56
huazhorg(金幣+2):謝謝交流！ 2010-06-01 14:46:18

這個可能與你測試的這個體系很有關(guān)系COH2。
你進行下面的測試：
vibrations of hcho
&inputph
  nat_todo=3,
tr2_ph=4.0d-10,
  prefix='HCHO',
  outdir='./tmp/',
  amass(1)=12.d0,
  amass(2)=16.d0,
  amass(3)=1.d0,
  fildyn='hcho.dyn',
  asr=.true.,
  epsil=.false.,
  trans=.true.,
  lraman=.false.,
  elop=.false.,
  fildrho='H2O.drho',
  nogg=.true.,
/
0.0 0.0 0.0
1 2 3

這是我測試SiH4分子的例子：
&control
calculation='scf'
restart_mode='from_scratch',
pseudo_dir = './',
outdir='./tmp/'
title='Test Silane SiH4 gamma only'
prefix='sih4'
/
&system
ibrav=2, celldm(1) =12.0, nat=5, ntyp= 2,
ecutwfc =16.0
/
  &electrons
mixing_mode='plain'
mixing_beta = 0.7,
conv_thr =  1.0d-8
/
ATOMIC_SPECIES
Si 28.086 Si.pz-vbc.UPF
  H  1.008  H.pz-vbc.UPF
ATOMIC_POSITIONS (alat)
Si 0.000000000 0.000000000 0.000000000
  H 0.128530744 0.128530744 0.128530744
  H  -0.128530744  -0.128530744 0.128530744
  H  -0.128530744 0.128530744  -0.128530744
  H 0.128530744  -0.128530744  -0.128530744
K_POINTS {automatic}
1 1 1 1 1 1

-------------ph.x---
normal modes for sih4
&inputph
  tr2_ph=1.0d-14,
  prefix='sih4',
  amass(1)=28.086,
  amass(2)=1.008,
  outdir='./tmp/',
  epsil=.false.,
  trans=.true.,
  lraman=.false.
  fildyn='sih4.dyn'
  fildrho='sih4.drho',
  nat_todo=1
/
0.0 0.0 0.0
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11樓2010-06-01 10:50:06

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xiaohunhun(金幣+2):xiexie 2010-06-01 22:59:32

經(jīng)過我的測試，上面的那個hcho的例子，計算里有聲子，但是是全部聲子，12個振動模式，運算量并沒有減少，好像nat_todo=3完全不起作用了。如果固定兩個原子或以上，就又不行了。在實際計算中，肯定不只是固定一個原子。
測試你下面給出的例子，輸出文件還是沒有振動頻率的結(jié)果。

[ Last edited by huazhorg on 2010-6-1 at 14:54 ]

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12樓2010-06-01 14:52:43

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meng303

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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流

問一下樓主，這個問題最終怎樣解決的啊

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13樓2010-12-10 10:00:52

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sunyang1988(金幣+1):謝謝交流 2010-12-11 11:34:07

最終的辦法是，對所有的原子全部計算。不過結(jié)果里有些虛頻，結(jié)構(gòu)是優(yōu)化好的，難道是贗勢的原因？不知大家是怎么解決虛頻問題的？

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14樓2010-12-11 11:01:31

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引用回帖:

229582樓: Originally posted by valenhou001 at 2010-05-31 12:52:42
請貼出你的ph.x的輸入文件。

侯老師，我按照你寫例子用ph.x計算超導臨界轉(zhuǎn)變溫度，請問對輸入文件的名稱有什么具體要求么？我是直接建立ph.in,然后./ph.xph.out,提示出錯，如下：
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 0.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
請問是什么問題呢？pw.x可以正常運行，并行和串行均可，這個問題困擾兩天了，求助！

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凌云

15樓2012-11-19 23:54:55

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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖

引用回帖:

1184427樓: Originally posted by weiyongkai at 2012-11-19 23:54:55
侯老師，我按照你寫例子用ph.x計算超導臨界轉(zhuǎn)變溫度，請問對輸入文件的名稱有什么具體要求么？我是直接建立ph.in,然后./ph.x<ph.in>ph.out,提示出錯，如下：
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communica ...

另外我的QE是裝在虛擬機里的，安裝有openmpi，我懷疑是不是openmpi將進程終止了，請問必須要安裝mpi么？如果不安裝mpi,直接用openmpi怎么調(diào)試？謝謝：）

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凌云

16樓2012-11-20 00:47:40

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