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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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huazhorg

鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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專(zhuān)業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

[交流] 【求助】ph.x計(jì)算振動(dòng)頻率的問(wèn)題已有5人參與

我想計(jì)算一個(gè)吸附在硅表面上的水分子的振動(dòng)頻率。所有的原子都計(jì)算的話，我試過(guò)，太慢了，由于我只想計(jì)算水分子的振動(dòng)頻率，就把表面硅原子全部固定。方法是在ph.x的輸入文件里加上這樣一項(xiàng)：nat_todo=3，并給出水分子三個(gè)原子的原子系數(shù)。能跑起來(lái)，但是算完后，在out文件里卻沒(méi)有任何振動(dòng)頻率的結(jié)果。反復(fù)試了幾次都是如此，還以為是bug,換用最新的QE4.2版本算也是同樣的結(jié)果。問(wèn)題出在哪里？請(qǐng)高人指點(diǎn)迷津...

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1樓 2010-05-31 11:22:18

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★ ★
huazhorg(金幣+1):謝謝參與
gavinliu7390(金幣+1):謝謝交流！ 2010-05-31 14:15:52

請(qǐng)貼出你的ph.x的輸入文件。

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2樓2010-05-31 12:52:42

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ph.x 的輸入是這樣的：
vibrations of H2O
&inputph
  nat_todo=3,
  tr2_ph=4.0d-17,
  prefix='H2O',
  outdir='～/tmp',
  amass(1)=28.d0,
  amass(2)=16.d0,
  amass(3)=1.d0,
  fildyn='H2O.dyn',
  asr=.true.,
  zue=.true.,
  epsil=.true.,
  trans=.true.,
/
0.0 0.0 0.0
25 26  27

最下面的三個(gè)數(shù)，即是水的三個(gè)原子在超胞中的系號(hào).（即1-24號(hào)原子都是硅原子)

其中輸出文件最后的部分內(nèi)容為：
   …………………………………………
   iter #  10 total cpu time : 54288.4 secs av.it.:  21.0
   thresh= 0.256E-07 alpha_mix =  0.700 |ddv_scf|^2 =  0.362E-13

   iter #  11 total cpu time : 54509.6 secs av.it.:  21.0
   thresh= 0.190E-07 alpha_mix =  0.700 |ddv_scf|^2 =  0.429E-14

   End of self-consistent calculation

   Convergence has been achieved

   Stopping because representation 1 is not done

   PHONON    : 15h 8m CPU time,    15h11m wall time

   INITIALIZATION:
   phq_setup :    1.27s CPU
   phq_init    :  6207.15s CPU

   phq_init    :  6207.15s CPU
………………………………………………………………

可以看出，循環(huán)結(jié)束后，按照常規(guī)，本應(yīng)該給出聲子結(jié)果的，卻沒(méi)有，而是直接結(jié)束了，沒(méi)有給出任何聲子的數(shù)據(jù)。
（補(bǔ)充：asr=.true., zue=.true., epsil=.true., trans=.true. 這幾項(xiàng)可以不要，但結(jié)果也是一樣的：沒(méi)有聲子。）

[ Last edited by huazhorg on 2010-5-31 at 14:40 ]

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3樓2010-05-31 14:38:00

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★ ★
huazhorg(金幣+2): 2010-05-31 18:40:35
qasd(金幣+2):謝謝 2010-05-31 20:42:24

為計(jì)算出頻率的原因，可能是你的tr2_ph的收斂精度設(shè)置太高，而未收斂，適當(dāng)降低它。

在做ph.x之前進(jìn)行的pw.x中，使用多個(gè)點(diǎn)。比如下面的：
K_POINTS {automatic}
6 6 1 1 1 1

將ph.x的輸入文件中下面的：
vibrations of H2O
&inputph
  tr2_ph=4.0d-14,
  prefix='H2O',
  outdir='～/tmp',
  amass(1)=28.d0,
  amass(2)=16.d0,
  amass(3)=1.d0,
  asr=.true.,
  epsil=.false.,
  trans=.true.,
  lraman=.false.,
  elop=.false.,
fildyn='H2O.dyn',
fildrho='H2O.drho',
  nat_todo=3,
/
0.0 0.0 0.0
25 26  27

上面的調(diào)整是針對(duì)4.1.2版本的。試試看。

[ Last edited by valenhou001 on 2010-5-31 at 17:00 ]

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4樓2010-05-31 16:57:58

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等待的心

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★
huazhorg(金幣+1):謝謝參與

我想請(qǐng)教下樓主，固定原子能省大概多少時(shí)間？
謝謝！
我現(xiàn)在也很困惑，我計(jì)算頻率也很花費(fèi)時(shí)間

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waitingisbeautiful!

5樓2010-05-31 18:40:17

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★
qasd(金幣+1):謝謝 2010-05-31 20:42:31

引用回帖:

Originally posted by 等待的心 at 2010-05-31 18:40:17:
我想請(qǐng)教下樓主，固定原子能省大概多少時(shí)間？
謝謝！
我現(xiàn)在也很困惑，我計(jì)算頻率也很花費(fèi)時(shí)間

如果你的體系很多原子，只需要關(guān)注局部的振動(dòng)情況（比如吸附體系），可以把其他部分都固定，這樣可以節(jié)省絕大部分時(shí)間。如果不固定，N個(gè)原子的體系一般需要3N步循環(huán)，如果如果只想讓其中的X個(gè)振動(dòng)，其他的固定，就只需要3X步循環(huán)就夠了。因此固定原子是很有實(shí)用意義的。但是現(xiàn)在的問(wèn)題是，固定原子的問(wèn)題還沒(méi)有解決。

[ Last edited by huazhorg on 2010-5-31 at 18:56 ]

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6樓2010-05-31 18:44:55

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引用回帖:

Originally posted by valenhou001 at 2010-05-31 16:57:58:
為計(jì)算出頻率的原因，可能是你的tr2_ph的收斂精度設(shè)置太高，而未收斂，適當(dāng)降低它。

在做ph.x之前進(jìn)行的pw.x中，使用多個(gè)點(diǎn)。比如下面的：
K_POINTS {automatic}
6 6 1 1 1 1

將ph.x的輸入文件中下面的 ...

我試過(guò)了，降低了精度，按照你說(shuō)的辦法調(diào)整了參數(shù)，也還不行。另外，做SCF運(yùn)算時(shí)，K點(diǎn)只能取在GAMMA點(diǎn)，其他點(diǎn)會(huì)出錯(cuò)的。
嘗試了很多次，現(xiàn)在這個(gè)問(wèn)題好棘手啊……

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7樓2010-05-31 18:48:03

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如果有人能幫我在pwscf forum 上問(wèn)問(wèn)也行，我上不了該論壇。（我注冊(cè)了，但是發(fā)現(xiàn)上去很麻煩，不知道怎么上去發(fā)貼）。Thanks all !

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8樓2010-05-31 19:34:52

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引用回帖:

Originally posted by huazhorg at 2010-05-31 19:34:52:
如果有人能幫我在pwscf forum 上問(wèn)問(wèn)也行，我上不了該論壇。（我注冊(cè)了，但是發(fā)現(xiàn)上去很麻煩，不知道怎么上去發(fā)貼）。Thanks all !

可以的話，把你pw.x和ph.x的輸入文件發(fā)到valenhou@gmail.com.我再幫你看看。

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9樓2010-05-31 21:33:43

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Originally posted by valenhou001 at 2010-05-31 21:33:43:

可以的話，把你pw.x和ph.x的輸入文件發(fā)到valenhou@gmail.com.我再幫你看看。

pw.x和ph.x的輸入輸出文件我已經(jīng)發(fā)送到你的郵箱你了，謝謝。

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10樓2010-05-31 22:24:50

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