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huazhorg鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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【求助】ph.x計(jì)算振動(dòng)頻率的問(wèn)題 已有5人參與
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| 我想計(jì)算一個(gè)吸附在硅表面上的水分子的振動(dòng)頻率。所有的原子都計(jì)算的話，我試過(guò)，太慢了，由于我只想計(jì)算水分子的振動(dòng)頻率，就把表面硅原子全部固定。方法是在ph.x的輸入文件里加上這樣一項(xiàng)：nat_todo=3，并給出水分子三個(gè)原子的原子系數(shù)。能跑起來(lái)，但是算完后，在out文件里卻沒(méi)有任何振動(dòng)頻率的結(jié)果。反復(fù)試了幾次都是如此，還以為是bug,換用最新的QE4.2版本算也是同樣的結(jié)果。問(wèn)題出在哪里？請(qǐng)高人指點(diǎn)迷津... |
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valenhou001
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huazhorg(金幣+2): 2010-05-31 22:09:04
gavinliu7390(金幣+2):謝謝交流！ 2010-06-01 10:48:04
huazhorg(金幣+2): 2010-05-31 22:09:04
gavinliu7390(金幣+2):謝謝交流！ 2010-06-01 10:48:04
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可以的話，把你pw.x和ph.x的輸入文件發(fā)到valenhou@gmail.com.我再幫你看看。 |
9樓2010-05-31 21:33:43
valenhou001
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2樓2010-05-31 12:52:42
huazhorg
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ph.x 的輸入是這樣的： vibrations of H2O &inputph nat_todo=3, tr2_ph=4.0d-17, prefix='H2O', outdir='～/tmp', amass(1)=28.d0, amass(2)=16.d0, amass(3)=1.d0, fildyn='H2O.dyn', asr=.true., zue=.true., epsil=.true., trans=.true., / 0.0 0.0 0.0 25 26 27 最下面的三個(gè)數(shù)，即是水的三個(gè)原子在超胞中的系號(hào).（即1-24號(hào)原子都是硅原子) 其中輸出文件最后的部分內(nèi)容為： ………………………………………… iter # 10 total cpu time : 54288.4 secs av.it.: 21.0 thresh= 0.256E-07 alpha_mix = 0.700 |ddv_scf|^2 = 0.362E-13 iter # 11 total cpu time : 54509.6 secs av.it.: 21.0 thresh= 0.190E-07 alpha_mix = 0.700 |ddv_scf|^2 = 0.429E-14 End of self-consistent calculation Convergence has been achieved Stopping because representation 1 is not done PHONON : 15h 8m CPU time, 15h11m wall time INITIALIZATION: phq_setup : 1.27s CPU phq_init : 6207.15s CPU phq_init : 6207.15s CPU ……………………………………………………………… 可以看出，循環(huán)結(jié)束后，按照常規(guī)，本應(yīng)該給出聲子結(jié)果的，卻沒(méi)有，而是直接結(jié)束了，沒(méi)有給出任何聲子的數(shù)據(jù)。 （補(bǔ)充：asr=.true., zue=.true., epsil=.true., trans=.true. 這幾項(xiàng)可以不要，但結(jié)果也是一樣的：沒(méi)有聲子。） [ Last edited by huazhorg on 2010-5-31 at 14:40 ] |
3樓2010-05-31 14:38:00
valenhou001
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huazhorg(金幣+2): 2010-05-31 18:40:35
qasd(金幣+2):謝謝 2010-05-31 20:42:24
huazhorg(金幣+2): 2010-05-31 18:40:35
qasd(金幣+2):謝謝 2010-05-31 20:42:24
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為計(jì)算出頻率的原因，可能是你的tr2_ph的收斂精度設(shè)置太高，而未收斂，適當(dāng)降低它。 在做ph.x之前進(jìn)行的pw.x中，使用多個(gè)點(diǎn)。比如下面的： K_POINTS {automatic} 6 6 1 1 1 1 將ph.x的輸入文件中下面的： vibrations of H2O &inputph tr2_ph=4.0d-14, prefix='H2O', outdir='～/tmp', amass(1)=28.d0, amass(2)=16.d0, amass(3)=1.d0, asr=.true., epsil=.false., trans=.true., lraman=.false., elop=.false., fildyn='H2O.dyn', fildrho='H2O.drho', nat_todo=3, / 0.0 0.0 0.0 25 26 27 上面的調(diào)整是針對(duì)4.1.2版本的。試試看。 [ Last edited by valenhou001 on 2010-5-31 at 17:00 ] |
4樓2010-05-31 16:57:58
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