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[交流]
【求助】使用MATLAB怎么實現(xiàn)擬合力場參數(shù)的程序？【已解決】 已有6人參與
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可以將根據(jù)VDW公式計算出的E_VDW_total視為各個原子間距離r（r是向量）以及原子VDW參數(shù){sigma}、{epsilon}變量集的函數(shù)。r (i)代表第i個掃描點的原子間距離向量，定義誤差函數(shù)ErrF=∑(r(i)下量化計算的能量-r(i)下的E_VDW_total)^2，然后對ErrF對{sigma}和{epsilon}變量集中的每個變量求導得0，如果寫出來是線性形式可以用矩陣方程來解，如果不是的話可以用非線性優(yōu)化方法解，解出{sigma}、{epsilon}，用這樣參數(shù)計算的VDW作用可以對所有掃描的點的能量都能較好描述。可能說得比較抽象，這與擬合ESP電荷的方法比較像，可看相關文獻。 [ Last edited by nono2009 on 2010-12-1 at 08:20 ] |
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2樓2010-05-31 19:05:46
lijinfeng042
木蟲 (小有名氣)
Matlab
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3樓2010-05-31 20:01:07
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我是在問問題，這個是我寫的程序，其實跟最小二乘法有關： function [a1,b1,a2,b2]=forcefieldfitting(r,e) %使用DFT計算的數(shù)據(jù)擬合力場參數(shù),e是使用量化計算出現(xiàn)的相互作用能，r是兩個分子片段之間的距離 %LJ-12-06公式中的EPSILON(C):a1 %LJ-12-06公式中的SIGMA(C):b1 %LJ-12-06公式中的EPSILON(O):a2 %LJ-12-06公式中的SIGMA(O):b2 %單個的CO2的能量可以認為是兩個O的能量和一個C的能量的加和 if(length(e)==length(r)) n=length(e); else disp('e和r的維數(shù)不相等！'); return; end %維數(shù)檢查 A=zeros(4,3) B=zeros(4,2); for i=1:n A(1,1)=A(1,1)+(384*a1^2*b1^23)/r(i)^24; A(1,2)=A(1,2)+(192*a1^2*b1^11)/r(i)^12; A(1,3)=A(1,3)+(48*a1*e*b1^5)/r(i)^6; A(2,1)=A(2,1)+(32*a1*b1^24)/r(i)^24; A(2,2)=A(2,2)+(32*a1*b1^12)/r(i)^12 A(2,3)=A(2,3)+(8*e(i)*b1^6)/r(i)^6; A(3,1)=A(3,1)+(1536*a2^2*b2^23)/r(i)^24; A(3,2)=A(3,2)+(768*a2^2*b2^23)/r(i)^12; A(3,3)=A(3,3)+(96*a2*e(i)*b2^5)/r(i)^6; A(4,1)=A(4,1)+(128*a2*b2^24)/r(i)^24; A(4,2)=A(4,2)+(128*a2*b2^12)/r(i)^12; A(4,3)=A(4,3)+(16*e(i)*b2^6)/r(i)^6; B(1,1)=B(1,1)+(576*a1^2*b1^17)/r(i)^18; B(1,2)=B(1,2)+(96*a1*e(i)*b1^11)/r(i)^12; B(2,1)=B(2,1)+(64*a1*b1^18)/r(i)^18; B(2,2)=B(2,2)+(8*e(i)*a1^12)/r(i)^12; B(3,1)=B(3,1)+(2304*a2^2*b2^17)/r(i)^18; B(3,2)=B(3,2)+(192*a2*e(i)*b2^11)/r(i)^12; B(4,1)=B(4,1)+(256*a2*b2^18)/r(i)^18; B(4,3)=B(4,3)+(16*e(i)*b2^12)/r(i)^12; end s=A\B; a1=s(1); b1=s(2); a2=s(3); b2=s(4); |
4樓2010-05-31 22:50:07
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zzuwangshilei(金幣+1):鼓勵深入討論自己的帖子 2010-06-01 14:21:17
zzuwangshilei(金幣+1):鼓勵深入討論自己的帖子 2010-06-01 14:21:17
| 但是就是運行不出來，我是先用量子化學計算相互作用能，我要計算的是CO2的LJ參數(shù)勢，計算出來的能量使用E=4*EPSILON(C)((SIGMA(C)**12/R**12-(SIGMA(C)**6/R**6)+2*EPSILON(O)((SIGMA(O)**12/R**12-(SIGMA(O)**6/R**6)然后把此式分別對EPSILON(C),SIGMA(C),EPSILON(O),SIGMA(O)求導，然后命令這些導數(shù)等于0，然后利用矩陣的左除，不知道這么做算法對不對？ |
5樓2010-05-31 22:53:50
6樓2010-06-01 15:00:55
7樓2010-06-01 15:01:36
onesupeng
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8樓2010-06-02 06:56:19
9樓2010-06-02 08:19:23
10樓2010-06-02 16:36:13
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