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wujiangjie木蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】請(qǐng)問這種金屬和水的混合體系在MS中如何建立？ 已有5人參與
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如圖，這種體系怎么建立的呢？我用Amorphous Cell模塊，可是感覺好像不可以，請(qǐng)高人指點(diǎn)，謝謝！ |
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wujiangjie
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2樓2010-06-02 08:29:02
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ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-06-02 10:01:31
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ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-06-02 10:01:31
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這種組合較復(fù)雜的體系，用packmol建立很好： http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/ 使用非常簡單，只要分別建立好上邊各類分子的一個(gè)分子的pdb或xyz文件，然后按packmol的算法進(jìn)行你想要的組合即可。 下面是用packmol建的體系： 這個(gè)和你的很像：   [ Last edited by hongyesies on 2010-6-2 at 09:18 ] |
3樓2010-06-02 09:15:17
wujiangjie
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4樓2010-06-02 16:04:22
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5樓2010-06-02 16:10:00
qasd
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6樓2010-06-02 21:25:58
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7樓2010-06-02 21:29:19
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lei0736(金幣+4):謝謝 歡迎常來 2010-06-03 09:58:25
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lei0736(金幣+4):謝謝 歡迎常來 2010-06-03 09:58:25
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我現(xiàn)在是用開源的軟件，編程主要是用在后處理。有一本不錯(cuò)的書： Understanding Molecular Simulation (Frenkel,Smit, Academic Press, 2002)，該書還配有習(xí)題和代碼，對(duì)自編程模擬的人很有用。 該書有本中文翻譯的：分子模擬-從算法到應(yīng)用(2002) http://www.box.net/shared/xfppz5r1nl 歡迎加入分子模擬自編程群參與討論： 62085776 82453911 |
8樓2010-06-03 09:04:18
wujiangjie
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9樓2010-06-03 15:50:20
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10樓2010-06-03 18:10:14
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