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liuxianlv金蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】請(qǐng)教MS分子力學(xué)模擬 已有2人參與
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本人初學(xué)MS，本實(shí)驗(yàn)室我是第一個(gè)搞這個(gè)的，純粹是摸索前進(jìn)，對(duì)文獻(xiàn)上的很多不懂特請(qǐng)教各位大哥大姐，謝謝各位。 .（文獻(xiàn)來(lái)源《1-(2-羥乙基)-2-烷基-咪唑啉緩蝕劑緩蝕機(jī)理的理論研究》化 學(xué) 學(xué) 報(bào)2008 年第66 卷，張 軍） 分子力學(xué) 吸附表面選取Fe 晶體(001)晶面. 假定緩蝕劑分子在金屬表面已達(dá)飽和吸附, 由于空間位阻效應(yīng)的存在,每個(gè)緩蝕劑分子所占面積約為0.64 nm2[2]. 建模過(guò)程中首先構(gòu)造一個(gè)尺寸為0.80 nm×0.80 nm×6.43 nm 的表面體系, 在此表面上垂直放置一個(gè)緩蝕劑分子(頭部靠近表面, 尾部背離表面); 以此原胞為基礎(chǔ), 構(gòu)造一個(gè)4×4 的超晶胞, 表面體系大小為3.20 nm×3.20 nm×6.43 nm, 表面上共放置16 個(gè)緩蝕劑分子. 模擬過(guò)程中選擇Materials Studio4.0 軟件包中COMPASS力場(chǎng), 運(yùn)用Smart Minimizer 方法對(duì)體系進(jìn)行優(yōu)化, 收斂精度取medium, 迭代步數(shù)為20000 步. 緩蝕劑自組裝單層膜的穩(wěn)定性通過(guò)膜的內(nèi)聚能來(lái)分析. 內(nèi)聚能越大,  模擬過(guò)程是不是第一步先用Discover的Setup的 COMPASS力場(chǎng)  其它設(shè)置（ ）不管直接點(diǎn)calculation.第二步以compass calculation的結(jié)構(gòu)打開(kāi)選擇Discover的minimizer再選擇Smart Minimizer 如圖收斂精度取medium迭代步數(shù)怎么選�。浚ㄊ諗烤热edium時(shí)Maximum iterations是5000，如果改Maximum iterations的值medium會(huì)自動(dòng)變?yōu)閏ustomized，迭代步數(shù)為20000 步怎么設(shè)？） |
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liuxianlv
金蟲 (正式寫手)
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2樓2010-06-02 22:33:24
043114076
木蟲 (正式寫手)
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liuxianlv(金幣+5): 2010-07-03 17:35:17
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首先建議樓主點(diǎn)一下那個(gè)help按鈕。 MS中收斂標(biāo)準(zhǔn)和迭代次數(shù)貌似是對(duì)應(yīng)的，Medium對(duì)應(yīng)的迭代次數(shù)最大是5000。建議可以這樣，樓主先運(yùn)行5000次看看是否收斂，不收斂再運(yùn)行5000次，反復(fù)運(yùn)行直到收斂為止，未必需要運(yùn)行20000次。是否收斂out文件中會(huì)給出信息。 另外，可能是文章中的筆誤，Ultrafine對(duì)應(yīng)的迭代數(shù)為20000，樓主也可以試一下 [ Last edited by 043114076 on 2010-6-3 at 09:38 ] |
3樓2010-06-03 09:32:15
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