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【求助】build layer合并兩個界面時的小問題 已有4人參與
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我想算兩種物質(zhì)之間的結(jié)合能，就是把切割后的兩個面拼接到一起。目前問題如下： 1。cleave后，我看help中說要進行Re-orient，方向改來改去也沒看出個所以然，好像沒什么區(qū)別，這步到底有什么作用，謝謝？ 2。關(guān)鍵問題是：用build layer合并切割面時，如何讓這兩個切割面相對，或者說是接觸（即中間真空設(shè)為0時），我這老是下層切割面連著上層的周期結(jié)構(gòu)，再上去才是上層的切割面，我的意思是想把上層反個頭。這樣才是中間接觸，界面兩邊是兩種物質(zhì)的周期性結(jié)構(gòu)，這才是我想要的結(jié)構(gòu)。 3。按理說，cleave后的面應(yīng)該幾何優(yōu)化后再去build layer，我想算兩種物質(zhì)之間的結(jié)合能是不是不用先優(yōu)化面哦，直接用切后的面build layer？因為優(yōu)化后都帶著真空層，最后build layer后還要想法去掉真空層吧，此外我還發(fā)現(xiàn)優(yōu)化后，原子之間會成健，rebuild后雖然鍵消失，但真空層外端卻多出現(xiàn)數(shù)個原子，然后再用這時的結(jié)構(gòu)去build layer，最后的結(jié)構(gòu)也多出現(xiàn)些原子，是不是“rebuild后雖然鍵消失，但真空層外端卻多出現(xiàn)數(shù)個原子，”這步就更沒有必要哦？ |
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8240668(金幣+2):謝謝參與
zzy870720z(金幣+3):謝謝指導(dǎo)，期待您更好的表現(xiàn) 2010-06-08 21:27:18
xiaohunhun(金幣+1):xiexie 2010-06-08 23:32:09
8240668(金幣+20):太謝謝你的回復(fù)了！之前是不怎么會貼圖，我馬上上圖，強烈期待著你再來指導(dǎo)！ 2010-06-09 16:36:51
8240668(金幣+2):謝謝參與
zzy870720z(金幣+3):謝謝指導(dǎo)，期待您更好的表現(xiàn) 2010-06-08 21:27:18
xiaohunhun(金幣+1):xiexie 2010-06-08 23:32:09
8240668(金幣+20):太謝謝你的回復(fù)了！之前是不怎么會貼圖，我馬上上圖，強烈期待著你再來指導(dǎo)！ 2010-06-09 16:36:51
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這位兄弟還是截幾個圖吧，這種問題僅僅靠語言描述太難以說清楚了。 1。關(guān)于Re-orient，我知道建立表面或其他超胞的時候有個選項是用來設(shè)置晶體坐標系a、b、c和空間坐標系x、y、z的關(guān)系，諸如另c與z方向一致之類的。不知道樓主說的是否是這個地方的設(shè)置，這并不影響你的計算。如果不是這個設(shè)置，那最好貼個圖出來。 2。這個問題沒太看懂，尤其是“下層切割面連接著上面的周期結(jié)構(gòu)”，最好貼個圖。不過提醒你的是最后建立的模型中肯定是兩個界面的，即整個模型實際上描述的是兩個slab層交替出現(xiàn)的周期排列(|AB|=...ABABABABAB...，而仔細想一下你會發(fā)現(xiàn)，你的超胞|AB|中是有兩個界面的)，不可能出現(xiàn)你說的一個界面，兩側(cè)是純周期結(jié)構(gòu)的情況。 3。如果你建立的是界面模型，那么沒有必要優(yōu)化表面，除非你強調(diào)的是“發(fā)生表面重構(gòu)之后，才進一步形成的界面”。 另外后面說的“真空層外端卻多出現(xiàn)數(shù)個原子”，這個實在難以抽象出來是什么樣子的，最好截圖。 “兩種物質(zhì)之間的結(jié)合能”，這個說法比較怪異，最好確定一下，你是不是想分析界面能，或界面形成能之類的。 |
2樓2010-06-08 20:31:46
這是Ag（110）切割面 這是CuO（100）切割面  我想算的是這兩個面之間的結(jié)合情況，或者說CuO（100）在Ag（110）上的生長吧，因此覺得Ag（110）應(yīng)該接著CuO（100），中間不加真空。 但是在build layer中有build layer structure as a crycal和 build layer structure as a surface，只是知道 crycal建出來是周期結(jié)構(gòu)，surface好像不是周期，目前還不大明白要解決我的問題該選哪個。 目前感覺最像我想要的結(jié)構(gòu)就是，直接用兩個切割后的面build layer，選 as a crycal，效果如下：  但這樣兩個切面并不是面對面的，注意看CuO中那個單獨的紅色的原子，它并不在CuO（100）的切割面上，而是內(nèi)部的，看上面對應(yīng)的CuO（100）切割面圖就知道了。這樣最后的結(jié)構(gòu)就是一層Ag再接著一層CuO，按ABABABABAB……這樣下去，這不是我想要的。我想要的就是中間是Ag（110）面連著CuO（100）面（或者說平行吧），Ag（110）面一側(cè)始終是Ag的周期機構(gòu)，CuO（100）面一側(cè)也始終是CuO的周期結(jié)構(gòu)了。這個意思MS能辦到嗎？難道我從想法就錯了？？？ 如果選as a surface，也直接用兩個切割后的面build layer，如下圖  這樣倒是沒有Ag和CuO按ABABABA這樣的周期性了，但上下兩塊之間并沒有白色的box圍著，感覺跟一般文獻中的圖都不一樣。而且Ag（110）面也并沒有對著CuO（100）面，也不是我想要的。 看資料都說切后的面要加真空，然后再作下一步操作 加了真空后，真空層外多出些原子，這個是怎么回事，有什么影響嗎？如下：  這是CuO的  這時不管是按crycal還是surface，比起前面的圖，也就是多了真空層，以及多出來的原子，如圖 這是按crycal合并的，上下都有多的原子，倒是反映周期性了  這是按surfac合并的，也差不多  不知各位達人看明白沒有？我覺得我還是應(yīng)該用surfac來合并吧，關(guān)鍵是怎么讓兩邊切面對切面，難道我的想法和操作都錯了，誠望指教，雖散盡金子亦必謝！�。� [ Last edited by 8240668 on 2010-6-9 at 19:19 ] |
3樓2010-06-09 19:05:15
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4樓2010-06-09 20:30:58
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突然覺得自己頓悟了，只要平行于以上圖中的白色四邊形的面都是同一晶面，因此根本就不用考慮什么切后掉轉(zhuǎn)方向，非得要讓兩個四邊形表示的面來相接才覺得是切面對著切面了。呵呵，可笑，就在這個點上死活糾纏幾天了，還是對晶體結(jié)構(gòu)認識不深，恨啊…… 那最后的問題：這樣用build layer structure as a surface建立的界面結(jié)構(gòu)并沒有像其他周期性結(jié)構(gòu)一樣有個白色的邊框圍著，這個有沒有什么關(guān)系啊，感覺文獻中的圖都是有邊框圍著的？還是我這建模根本就不該用build layer structure as a surface這步方法��？我想算的是這兩個面之間的結(jié)合情況，或者說CuO（100）在Ag（110）上的結(jié)合能吧 想來想去感覺還是應(yīng)該用build layer structure as a crystal，建成ABABAB這樣的周期機構(gòu)，MS算的就是這個小邊框內(nèi)的總能，然后再去套公式，就可以求出界面結(jié)合能之類想要的東西了，應(yīng)該是這樣吧？翻了help文件但對這個問題還是模模糊糊的，急需指導(dǎo)一下 [ Last edited by 8240668 on 2010-6-10 at 10:05 ] |
5樓2010-06-09 22:43:22
acridine
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8樓2012-04-22 20:52:06
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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想請問下， 我想把Cr(1 1 0) 和Ge （1 1 1）兩個界面build layer 但是建立完以后，每個原子都被束縛在白色邊框是，這樣Cr 和Ge原子結(jié)構(gòu)都變化了；單原子Cr 之間的間距是2.498； Ge是 4.000， 建立完以后都是3.249 而不是保持原本的結(jié)構(gòu)。 想請教下，你是怎么建立的？ 你那Ag （110） 和 Cu （1 0 0） 并沒有被束縛在白色邊框上。 我應(yīng)該如何來建立？ 謝啦 Cr 1 1 0.png Ge 1 1 1.png Gr-Ge.png |
9樓2013-01-25 16:11:35
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10樓2013-03-03 15:38:58
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