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[交流]
【求助】配體分子中的氨基酸在DS軟件中無相匹配怎么辦？ 已有2人參與
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對(duì)于discovery studio2.1是初學(xué)，因此想請(qǐng)教大家一個(gè)問題： 在進(jìn)行RDOCK時(shí)，jobs那一欄總是顯示Unknow atom type in ligand.Aborting! 怎么辦！可能是由于配體分子中含有g(shù)amma-glutamate，應(yīng)該怎么處理呢，麻煩大家能指于我有效的解決方法，謝謝  |
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zhangdagou5858
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zhangdagou5858
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-06-13 12:49:05
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-06-13 12:49:05
| 哎，你用charmm的polar H立場(chǎng)肯定不行的了，這個(gè)是閹割了的力場(chǎng)，你試試那個(gè)charmm或者charmm27力場(chǎng)，建議你去charmm主頁上面好好研究一下charmm力場(chǎng)版本的區(qū)別，對(duì)于那種在力場(chǎng)文件中找不到的氨基酸殘基，最好是去找找amber力場(chǎng)，或者是在DS中自定義一個(gè)，具體你要查看Ds的幫助文檔 |
6樓2010-06-13 12:28:12
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