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amo11000金蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助/交流】有誰有查找蛋白質(zhì)序列的氨基酸重復(fù)的軟件或能幫忙設(shè)計一個這樣的軟件？ 已有2人參與
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有三條FASTA格式的蛋白質(zhì)序列， >sp|Q8JIV9|AGGA1_AGKAC Agglucetin subunit alpha-1 OS=Agkistrodon acutus PE=1 SV=1 MGRFIFVSFGLLLLLLVVFLSLSGTGADVDCLPGWSAYDQSCYRVFKLLKTWDDAEKFCTERPK GGHLVSIESAGERDFVAQLVSENKQTDNVWLGLKIQSKGQQCSTEWTDGSSVSYENFSEY QSKKCFVLEKNTGFRTWLNLNCGSEYAFVCKSPPRTRTRTRTRT >sp|Q8AYA5|AGGA2_AGKAC Agglucetin subunit alpha-2 OS=Agkistrodon acutus PE=1 SV=1 MGRFIFVSFGLLVVFLSLSGTGADFNCPPGWSAYDQYCYQVIKEPKNWDDAERFCTEQAD GGHLVSIESKGERDFVAQLVSQNIESVEDHVWTGLRVQNKEKQCSTEWSDGSSVSYENLL ELYMRKCGALERETGFHKWINLGCIQLNPFVCKFPPQCPPQCPPQCPPQC >sp|Q9I841|AGGA_AGKRH Rhodocytin subunit alpha OS=Agkistrodon rhodostoma PE=1 SV=1 GLEDCDFGWSPYDQHCYQGLEGLEGLEGLEAFNEQKTWDEAEKFCRAQENGAHLASIESNGEADFVSWLISQKDELADEDYVWIGLRAQNKEQQCSSEWSDGSSVSYENLIDLHTKKCGALEKLTGFRKWVN YYCEQMHAFVCKLLPY 現(xiàn)想查找其中氨基酸重復(fù)，例如LLLLLL, LVCLVCLVC，一共有20種氨基酸，所有這一類的串聯(lián)的重復(fù)都要被找到，請問誰能幫忙設(shè)計一個這樣的軟件。 |
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2樓2010-06-21 11:53:52
amo11000
金蟲 (小有名氣)
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3樓2010-06-24 09:34:17
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