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[交流]
【求助/交流】16s進(jìn)化樹+細(xì)菌鑒定 達(dá)人 請(qǐng)進(jìn)~~~ 已有5人參與
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小弟有兩株細(xì)菌A和B，外表形態(tài)相似，但是還是有差別的，還有就是分離地點(diǎn)不一樣。 16s全長測序后，發(fā)現(xiàn)僅有一個(gè)堿基差別，見圖 測序圖譜 A,7個(gè)C  B,8個(gè)C  NCBI比對(duì)，都是正確的，而且都是屬于一個(gè)屬  A  B  進(jìn)化樹劃出來是這樣的，  請(qǐng)問，這倆能算兩種菌么？還有其他的方法區(qū)分么 謝謝指教~~~ [ Last edited by 未曾走過的路 on 2010-6-20 at 13:12 ] |
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2樓2010-06-20 14:18:34
zemin_fang
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3樓2010-06-20 14:54:02
★ ★
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未曾走過的路(金幣+2):謝謝~~~ 2010-06-20 18:07:47
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未曾走過的路(金幣+2):謝謝~~~ 2010-06-20 18:07:47
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判斷菌株A和B 是否是同一株菌株，你可以先比對(duì)16S rRNA基因序列的相識(shí)性，如果其相似性高于97%，就有必要作菌株之間的DNA-DNA 雜交試驗(yàn)來確定著2株菌株是否為同一柱菌株。 依據(jù)樓主所言，你的菌株A和B 的16S rRNA基因序列的相識(shí)性應(yīng)該是高于97%之一標(biāo)準(zhǔn)了，所以必須做DNA-DNA 雜交試驗(yàn)來確定是否為同一株菌株。（雜交值如高于70%則是同一株菌株，如低于70%則是不同的菌株）。 另外建議樓主可以參考IJSEM上的文章。 |
4樓2010-06-20 15:51:10
leonn
鐵桿木蟲 (小有名氣)
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5樓2010-06-20 16:52:01
6樓2010-06-20 18:10:57
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