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lan626銀蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】tinker 已有3人參與
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| 求助高手，我最近在學(xué)習(xí)模擬軟件tinker，請問tinker有什么基本的功能？怎么計算自由能？我看到大多數(shù)人都在用gromacs，gromacs和tinker那個更好用，對于初學(xué)者來說。謝謝 |
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lan626
銀蟲 (正式寫手)
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- 專業(yè): 理論與計算
2樓2010-07-30 08:26:23
cnlics
木蟲 (小有名氣)
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3樓2010-07-30 08:46:14
truewz
至尊木蟲 (文壇精英)
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- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和
★
lan626(金幣+1):謝謝參與
lan626(金幣+1):謝謝參與
| TINKER包含多種算法：較通常方法快的新型距離-結(jié)構(gòu)度量化方法，Elber的反應(yīng)路徑方法，用于全局優(yōu)化的幾種勢能曲面平滑和尋找(PSS)方法，高效的勢能曲面掃描程序，基于原子多極的靜電偶極極化率，用幾種不同的廣義Born (GB/SA)模型進行連續(xù)的溶劑處理，高效簡化的Newton (TNCG)定位優(yōu)化程序，表面面積和體積，簡單的自由能微擾工具，簡正模式分析，直角坐標最小值，扭轉(zhuǎn)或剛體空間，速率Verlet隨機動力學(xué)，改善的球面能量截斷方法，用于部分電荷的粒子網(wǎng)格Ewald總和，用于極化多極矩的常規(guī)Ewald總和，最新的長程靜電反應(yīng)場處理方法，模擬退火，構(gòu)像尋找，MD的Andersen隨機碰撞恒溫，等等。 |
4樓2010-07-30 23:54:26
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