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wjqhp

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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[交流] 【已解決】Boehmite 晶體結(jié)構(gòu)怎么畫(huà)呢已有3人參與

大家好，有個(gè)問(wèn)題請(qǐng)教一下大家。（ Materials Studio 4.4）
我想畫(huà)出boehmite的結(jié)構(gòu)，但是其中的氫原子，是50%占位的。盡管我在occupancy里面寫(xiě)成0.5，但最后的結(jié)構(gòu)圖上依然是所有氫原子都顯示，這樣晶胞中就多余了4個(gè)氫，無(wú)法去掉。而且，氫原子應(yīng)該和氧原子形成氫鍵的。
有空的網(wǎng)友幫看一下吧，謝謝了。

The problem may be in the occupancy of hydrogen. I have already changed the occupancy of hydrogen to 0.5 during building the crystal. However, all the hydrogen atoms always displayed in the unit cell. It looks like a wrong structure. How can I make the hydrogen atoms just show 1/2?

晶胞參數(shù)：
Space group: 63-amam,a=3.693,b=12.22,c=2.865;
Atom positions: Al (0.25,-0.3178,0),O1( 0.25,0.2897,0),O2(0.25, 0.0809,0),1/2 H (0.396,0.038,0).
Structure refs: Clays and clay Minerals, 1981, 29(6):435-445.

Thank you very much.

Leo

[ Last edited by wjqhp on 2010-6-26 at 23:51 ]

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1樓 2010-06-23 06:56:53

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wjqhp

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The question has been tetatively solved by the following way:

Change the unit cell to super cell for changing the symmetry of unit cell;
Remove the extraneous H atoms manually;
Find symmetry again and impose it to the new structure.
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3樓2010-06-26 23:50:36

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s20080718

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2樓2010-06-23 08:37:49

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cenwanglai

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zzy870720z(金幣+1):謝謝討論 2010-06-27 16:55:33

引用回帖:

Originally posted by wjqhp at 2010-06-26 23:50:36:
The question has been tetatively solved by the following way:

Change the unit cell to super cell for changing the symmetry of unit cell;
Remove the extraneous H atoms manually;
Find symmetry a ...

0.5占位的話是做兩個(gè)原胞的supercell ,然后去掉其中一個(gè)原胞中的H?

0.25占位的話是做四個(gè)原胞的supercell,然后去掉其中三個(gè)原胞中的H?

那這樣是不是沒(méi)有必要設(shè)置occupancy了?直接根據(jù)occupancy做supercell就好了?

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4樓2010-06-27 08:49:46

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aylayl08(金幣+1):對(duì)于占據(jù)非1的情況，目前也只能這么做。謝謝交流 2010-06-27 09:31:50

引用回帖:

Originally posted by cenwanglai at 2010-06-27 08:49:46:

0.5占位的話是做兩個(gè)原胞的supercell ,然后去掉其中一個(gè)原胞中的H?

0.25占位的話是做四個(gè)原胞的supercell,然后去掉其中三個(gè)原胞中的H?

那這樣是不是沒(méi)有必要設(shè)置occupancy了?直接根據(jù)occupancy做superc ...

occupancy直接設(shè)置為1，然后把原胞改成supercell,,去掉其中多余原子，然后重新find symmetry, impose...
我沒(méi)有別的辦法，就這么干了.

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5樓2010-06-27 09:05:25

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