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tsh8167木蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】算分子能譜的時候結(jié)果全都為負(fù)數(shù)，是問題引起的？ 已有4人參與
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我在計(jì)算雙探針體系中的分子能譜的時候，得出的數(shù)據(jù)是從-9942.9到-5474.78，這是我加入一個硝基后出現(xiàn)的錯誤。 但是加另一種氨基和沒加側(cè)基團(tuán)所計(jì)算的結(jié)果都是正常的。這三種體系都是用同一種方法構(gòu)建，都用SZP基組進(jìn)行了優(yōu)化。 請問，我的計(jì)算是什么地方發(fā)生了錯誤？有哪些原因可以導(dǎo)致上述的錯誤發(fā)生？？ 期待高手指教。 [ Last edited by tsh8167 on 2010-6-28 at 11:29 ] |
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tsh8167
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out文件： # Electrodes 0 and 1 # ----------------------------------------------------------------------------- # Index Element x (Ang) y (Ang) z (Ang) 0 Au 0.00 0.00 0.00 1 Au 0.00 1.66 2.35 2 Au 1.44 0.83 4.71 # ----------------------------------------------------------------------------- # Supercell Vectors # ----------------------------------------------------------------------------- # Vector number x (Ang) y (Ang) z (Ang) 0 2.88 0.00 0.00 1 -1.44 2.50 0.00 2 0.00 0.00 7.06 # ----------------------------------------------------------------------------- # Two Probe Method # ----------------------------------------------------------------------------- # ----------------------------------------------------------------------------- # Basis Set Parameters # ----------------------------------------------------------------------------- Type = SZP Radial Sampling dr = 0.001 Bohr Energy Shift = 0.01 Rydberg Delta R(inner) = 0.8 v0 = 40 Rydberg Charge = 0 Split Norm = 0.15 Element = All # ----------------------------------------------------------------------------- # Exchange Correlation # ----------------------------------------------------------------------------- Exchange Correlation Type = LDA.PZ # ----------------------------------------------------------------------------- # ElectronDensityParameters # ----------------------------------------------------------------------------- Mesh Cutoff = 150.00 Rydberg # ----------------------------------------------------------------------------- # Two Center Integral Parameters # ----------------------------------------------------------------------------- Cutoff = 2500.0 Rydberg Number Of Points = 1024 # ----------------------------------------------------------------------------- # Iteration Mixing Parameters # ----------------------------------------------------------------------------- Algorithm = Pulay Diagonal Mixing Parameter = 0.1 Quantity = Hamiltonian History Steps = 6 # ----------------------------------------------------------------------------- # Iteration Control Parameters # ----------------------------------------------------------------------------- Tolerance = 1e-005 Criterion = TotalEnergy Max. Steps = 100 # ----------------------------------------------------------------------------- # Energy Contour Integral Parameters # ----------------------------------------------------------------------------- Circle Points = 30 Integral Lower Bound = 3 Rydberg Fermi Function Poles = 4 Real Axis Infinitesimal = 0.01 eV Real Axis Point Density = 0.02 eV # ----------------------------------------------------------------------------- # Electrode Voltages # ----------------------------------------------------------------------------- Voltage at Electrode 0 = 0.00 V Voltage at Electrode 1 = 0.00 V # ----------------------------------------------------------------------------- # TwoProbe Algorithm Parameters # ----------------------------------------------------------------------------- Electrode Constraint = ElectrodeConstraints.Off Initial Density Type = InitialDensityType.EquivalentBulk # sc 0 : q = -0.00341 e # sc 1 : q = -0.00341 e dRho = 4.2404E-009 # sc 2 : q = -0.00341 e Etot = 171607.35005 Ry dRho = 4.1350E-011 # sc 3 : q = -0.00341 e Etot = 171607.35006 Ry dRho = 3.9736E-010 dEtot = 5.6953E-006 Ry # ----------------------------------------------------------------------------- # Energy Spectrum # ----------------------------------------------------------------------------- # Energy (eV) -9942.95 -9932.08 -9930.06 -9923.08 -9923.03 -9917.18 -9914.21 -9911.05 -9908.87 -9908.56 -9905.48 -9903.00 -9902.30 -9899.47 -9897.87 -9896.94 -9896.45 -9895.84 -9894.46 **中間部分省略**** -6235.33 -6235.28 -6235.25 -6234.25 -6234.24 -6234.16 -5942.77 -5942.37 -5936.24 -5936.10 -5936.04 -5935.39 -5935.31 -5934.71 -5919.22 -5919.20 -5919.17 -5918.54 -5918.48 -5918.31 -5918.04 -5918.03 -5911.29 -5911.12 -5507.89 -5485.27 -5485.24 -5485.07 -5484.65 -5484.57 -5484.55 -5474.77 -5474.77 # ----------------------------------------------------------------------------- # Transmission Spectrum # ----------------------------------------------------------------------------- # Energy (eV) Coefficient -2.00 0.0000 -1.98 0.0000 -1.96 0.0000 -1.94 0.0000 -1.92 0.0000 -1.90 0.0000 -1.88 0.0000 -1.86 0.0000 -1.84 0.0000 -1.82 0.0000 -1.80 0.0000 -1.78 0.0000 -1.76 0.0000 -1.74 0.0000 -1.72 0.0000 -1.70 0.0000 -1.68 0.0000 -1.66 0.0000 -1.64 0.0000 -1.62 0.0000 -1.60 0.0000 -1.58 0.0000 -1.56 0.0000 -1.54 0.0000 -1.52 0.0000 -1.50 0.0000 -1.48 0.0000 -1.46 0.0000 -1.44 0.0000 -1.42 0.0000 -1.40 0.0000 -1.38 0.0000 -1.36 0.0000 -1.34 0.0000 -1.32 0.0000 -1.30 0.0000 -1.28 0.0000 -1.26 0.0000 -1.24 0.0000 -1.22 0.0000 -1.20 0.0000 -1.18 0.0000 -1.16 0.0000 -1.14 0.0000 -1.12 0.0000 -1.10 0.0000 -1.08 0.0000 -1.06 0.0000 -1.04 0.0000 -1.02 0.0000 -1.00 0.0000 -0.98 0.0000 -0.96 0.0000 -0.94 0.0000 -0.92 0.0000 -0.90 0.0000 -0.88 0.0000 -0.86 0.0000 -0.84 0.0000 -0.82 0.0000 -0.80 0.0000 -0.78 0.0000 -0.76 0.0000 -0.74 0.0000 -0.72 0.0000 -0.70 0.0000 -0.68 0.0000 -0.66 0.0000 -0.64 0.0000 -0.62 0.0000 -0.60 0.0000 -0.58 0.0000 -0.56 0.0000 -0.54 0.0000 -0.52 0.0000 -0.50 0.0000 -0.48 0.0000 -0.46 0.0000 -0.44 0.0000 -0.42 0.0000 -0.40 0.0000 -0.38 0.0000 -0.36 0.0000 -0.34 0.0000 -0.32 0.0000 -0.30 0.0000 -0.28 0.0000 -0.26 0.0000 -0.24 0.0000 -0.22 0.0000 -0.20 0.0000 -0.18 0.0000 -0.16 0.0000 -0.14 0.0000 -0.12 0.0000 -0.10 0.0000 -0.08 0.0000 -0.06 0.0000 -0.04 0.0000 -0.02 0.0000 0.00 0.0000 0.02 0.0000 0.04 0.0000 0.06 0.0000 0.08 0.0000 0.10 0.0000 0.12 0.0000 0.14 0.0000 0.16 0.0000 0.18 0.0000 0.20 0.0000 0.22 0.0000 0.24 0.0000 0.26 0.0000 0.28 0.0000 0.30 0.0000 0.32 0.0000 0.34 0.0000 0.36 0.0000 0.38 0.0000 0.40 0.0000 0.42 0.0000 0.44 0.0000 0.46 0.0000 0.48 0.0000 0.50 0.0000 0.52 0.0000 0.54 0.0000 0.56 0.0000 0.58 0.0000 0.60 0.0000 0.62 0.0000 0.64 0.0000 0.66 0.0000 0.68 0.0000 0.70 0.0000 0.72 0.0000 0.74 0.0000 0.76 0.0000 0.78 0.0000 0.80 0.0000 0.82 0.0000 0.84 0.0000 0.86 0.0000 0.88 0.0000 0.90 0.0000 0.92 0.0000 0.94 0.0000 0.96 0.0000 0.98 0.0000 1.00 0.0000 1.02 0.0000 1.04 0.0000 1.06 0.0000 1.08 0.0000 1.10 0.0000 1.12 0.0000 1.14 0.0000 1.16 0.0000 1.18 0.0000 1.20 0.0000 1.22 0.0000 1.24 0.0000 1.26 0.0000 1.28 0.0000 1.30 0.0000 1.32 0.0000 1.34 0.0000 1.36 0.0000 1.38 0.0000 1.40 0.0000 1.42 0.0000 1.44 0.0000 1.46 0.0000 1.48 0.0000 1.50 0.0000 1.52 0.0000 1.54 0.0000 1.56 0.0000 1.58 0.0000 1.60 0.0000 1.62 0.0000 1.64 0.0000 1.66 0.0000 1.68 0.0000 1.70 0.0000 1.72 0.0000 1.74 0.0000 1.76 0.0000 1.78 0.0000 1.80 0.0000 1.82 0.0000 1.84 0.0000 1.86 0.0000 1.88 0.0000 1.90 0.0000 1.92 0.0000 1.94 0.0000 1.96 0.0000 1.98 0.0000 2.00 0.0000 |
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