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zhangying09銅蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【求助】求助ATK計(jì)算分子各分離軌道的腳本 已有1人參與
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各位前輩，我想求助一下ATK計(jì)算散射區(qū)分子分離軌道的腳本 ATK manuual 提供的腳本如下： from ATK.TwoProbe import * # Restore calculation scf = restoreSelfConsistentCalculation('lih2li-scf.nc') # Reopen old two-probe configuration vnl_file=VNLFile("lih2li.vnl"  atomic_configuration = vnl_file.readAtomicConfigurations()["lih2li"] # Calculate HOMO and LUMO eigenstates for the H atoms in the two-probe system eigenstates = calculateProjectedHamiltonianEigenstates( scf, projection_atoms = [3,4], quantum_numbers = [0,1] ) # Store results in VNL files vnl_file = VNLFile("lih2li-mpsh.vnl" vnl_file.addToSample(atomic_configuration,'lih2li_mpsh') for eigenstate in eigenstates: vnl_file.addToSample(eigenstate, 'lih2li_mpsh') 我想問(wèn)一下計(jì)算分子軌道的話，應(yīng)不應(yīng)該包括散射區(qū)中點(diǎn)極的部分，還有怎樣改變腳本可以計(jì)算不同電壓下分子軌道 |
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xiaohunhun(金幣+1):謝謝 2010-06-29 15:16:38
| 我是這么認(rèn)為的：在計(jì)算分子軌道的時(shí)候 atk是連著遮蔽層一起算進(jìn)去的，也就是說(shuō)是一部分電極和分子，你在選擇投影的時(shí)候，就是那個(gè)MPSH，就是你的那個(gè)projection_atoms = [3,4], 計(jì)算一下 應(yīng)該投影到哪個(gè)原子上就行了，第一個(gè)原子的標(biāo)號(hào)是0，就是那個(gè)遮蔽層的第一個(gè)原子， 你可以算一下后面的是多少，然后軌道就是計(jì)算一下啦，以C為例，一個(gè)能級(jí)上占據(jù)兩個(gè)電子，C考慮最外面的四個(gè)電子就行了，看看你這個(gè)體系有多少個(gè)C ，然后就是C的數(shù)目乘以4再除以2，在左右取一些，有可能會(huì)出現(xiàn)能級(jí)兼并 所以左右取一些就行了 最后在計(jì)算出來(lái)的數(shù)一下是第幾個(gè)就可以了。我也是新手 請(qǐng)高手指正 謝謝 |
2樓2010-06-29 09:41:58
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