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yalefield金蟲(chóng) (文壇精英)
老漢一枚
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[交流]
化學(xué)信息學(xué)釋疑()
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一、化學(xué)信息學(xué)與文獻(xiàn)檢索的區(qū)別 目前，對(duì)于化學(xué)信息學(xué)（Chemoinformatics）的定義雖然還有爭(zhēng)議，但是把情報(bào)、文獻(xiàn)管理也歸入化學(xué)信息學(xué)，是不正確的；建議把文獻(xiàn)方面的專業(yè)叫做“化學(xué)情報(bào)學(xué)”，是把每篇文獻(xiàn)作為一個(gè)個(gè)體，這個(gè)個(gè)體有其屬性，如題目、作者、關(guān)鍵字、正文、參考文獻(xiàn)等；這些個(gè)體之間有一定的關(guān)系，如誰(shuí)引用了誰(shuí)，文獻(xiàn)的被引用次數(shù)隨時(shí)間推移而變化的情況等。 例如：ISI的SCI因子就是這類研究。 二、化學(xué)信息學(xué)與化學(xué)計(jì)量學(xué)的區(qū)別 化學(xué)信息學(xué)主要是面向藥物/農(nóng)藥/材料分子設(shè)計(jì)的、有機(jī)分子結(jié)構(gòu)（二維、三維）與其性能（生物活性、毒性等）的關(guān)系研究，包括分子結(jié)構(gòu)參數(shù)設(shè)計(jì)、結(jié)構(gòu)-性能關(guān)系（用到線性、非線性統(tǒng)計(jì)和模式識(shí)別）、組合化學(xué)、分子差異與相似性算法、分子拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)匹配等。 如果是譜圖本身的處理，如過(guò)濾、插值、微分、積分、擬合、變換（傅立葉變化、小波變換）等、應(yīng)該叫化學(xué)計(jì)量學(xué)（Chemometrics）；但如果把譜圖（譜線/譜峰/指紋）也作為有機(jī)分子結(jié)構(gòu)的一類表征方法，即“分子結(jié)構(gòu)參數(shù)(Descriptor)”，那么也就是化學(xué)信息學(xué)了。 三、化學(xué)信息學(xué)與化學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)的區(qū)別 從歷史發(fā)展角度來(lái)看，化學(xué)數(shù)據(jù)一直缺乏系統(tǒng)的統(tǒng)計(jì)學(xué)研究。隨著計(jì)算機(jī)的發(fā)展，化學(xué)數(shù)據(jù)越來(lái)越多，“產(chǎn)生數(shù)據(jù)的時(shí)間遠(yuǎn)遠(yuǎn)小于處理數(shù)據(jù)的時(shí)間”，因此，需要統(tǒng)計(jì)學(xué)在化學(xué)中的應(yīng)用，形成了化學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)。包括誤差理論、概率、回歸、統(tǒng)計(jì)推斷、建模與檢驗(yàn)、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、Monte Carlo法、人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)、遺傳算法等。 容易理解，信息學(xué)研究離不開(kāi)統(tǒng)計(jì)方法的應(yīng)用。但是化學(xué)信息學(xué)只是運(yùn)用統(tǒng)計(jì)學(xué)方法找出有機(jī)分子結(jié)構(gòu)與其性能的關(guān)系，而不是發(fā)現(xiàn)新的統(tǒng)計(jì)規(guī)律。 四、化學(xué)信息學(xué)與計(jì)算化學(xué)、分子模擬的區(qū)別 計(jì)算化學(xué)較多是指在量子化學(xué)、分子力學(xué)、分子動(dòng)力學(xué)、分子動(dòng)理學(xué)等理論指導(dǎo)下進(jìn)行計(jì)算。用這類計(jì)算結(jié)果來(lái)展示分子體系的運(yùn)動(dòng)、能量規(guī)律即分子模擬。 計(jì)算化學(xué)與分子模擬一般研究的是一個(gè)固定的或一組相似的分子結(jié)構(gòu)（1個(gè)到幾十個(gè)）。而化學(xué)信息學(xué)往往處理的是大量的分子結(jié)構(gòu)（幾十、幾百甚至幾億個(gè)）。前者算是戰(zhàn)術(shù)手段而后者屬于戰(zhàn)略手段。后者長(zhǎng)于發(fā)現(xiàn)、前者長(zhǎng)于攻堅(jiān)。 從數(shù)據(jù)管理角度看，計(jì)算化學(xué)不需要特別的數(shù)據(jù)管理，而化學(xué)信息學(xué)則離不開(kāi)數(shù)據(jù)庫(kù)技術(shù)的幫助。 從硬件需求看，一個(gè)明顯的區(qū)別是：計(jì)算化學(xué)的計(jì)算是高強(qiáng)度、長(zhǎng)時(shí)間，要求每個(gè)計(jì)算點(diǎn)有很大的內(nèi)存；化學(xué)信息學(xué)的計(jì)算是海量、短時(shí)間，要求計(jì)算點(diǎn)多，而對(duì)每個(gè)計(jì)算點(diǎn)的要求不高。 五、化學(xué)信息學(xué)與化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù) 化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)更多的是研究高效率的存儲(chǔ)、檢索技術(shù)。存儲(chǔ)的對(duì)象可以是譜圖、分子結(jié)構(gòu)或者其他多種類型的數(shù)據(jù)。 化學(xué)信息學(xué)是把化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)作為信息管理的工具，目標(biāo)是尋找、設(shè)計(jì)更好的分子。 六、化學(xué)信息學(xué)與生物信息學(xué)的區(qū)別 生物信息學(xué)主要處理基因、蛋白質(zhì)等；化學(xué)信息學(xué)主要處理有機(jī)小分子（也包括功能分子）。 |
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