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psichologist銅蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【求助】關(guān)于Steepest Descent 已有2人參與
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請(qǐng)教各位分子動(dòng)力學(xué)中什么是Steepest Descent ？ 有哪些程序可以實(shí)現(xiàn)模擬Steepest Descent ？哪些簡(jiǎn)單易學(xué)？ 希望大家不吝賜教, 非常感謝�。� |
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雪狼乖乖 
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 模擬EPI: 1
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- 注冊(cè): 2008-03-25
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
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小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
lei0736(金幣+15):呵呵 很強(qiáng)大 2010-07-18 21:42:38
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
lei0736(金幣+15):呵呵 很強(qiáng)大 2010-07-18 21:42:38
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就是梯度計(jì)算 白話點(diǎn) 就是按照優(yōu)化下降最厲害的方向?yàn)樗阉鞣较?是非常經(jīng)典的算法 量化計(jì)算里 拉普拉斯算符應(yīng)該是典型的梯度計(jì)算 （二階導(dǎo)） Discovery studio 可以用于該類計(jì)算。 Discovery studio2.1 分子動(dòng)力學(xué)基本步驟 先加溶劑分子，記住要加抗衡離子。Cell shape選擇加水子最少的也許好點(diǎn)，記住最好把Minimum Distance From Boundary設(shè)置大一點(diǎn)，如12。不過(guò)計(jì)算會(huì)變慢。 然后把多肽進(jìn)行Steepest Descent，即最陡下降法進(jìn)行minimization，先限制多肽，用tools中的simulation中的constraints中的 create fix atom constraints處理，其中把模建最好的結(jié)果用CHARMm，作為input typed molecular的分子，max steps選擇6000，electrostatics選擇particle mesh ewald，algorithm為Steepest Descent，number of processors選擇2，使RMS Gradient為0.1，用最陡下降法優(yōu)化水分子6000步。 然后把結(jié)果用Conjugate Gradient即共軛梯度法優(yōu)化6000步，限制為fix，rms gradient設(shè)為0.001，electrostatics選擇particle mesh ewald，number of processors選擇2，其它參數(shù)默認(rèn)。 然后把fix刪除。即在hierarchy中用delete刪除。 然后，進(jìn)行Steepest Descent，即最陡下降法進(jìn)行minimization， max steps選擇6000，electrostatics選擇particle mesh ewald，number of processors選擇2，使RMS Gradient為0.1，用最陡下降法優(yōu)化6000步。做完之后，用tools中的protein modeling中的protein health中的check structure處理，看看結(jié)構(gòu)變好沒(méi)有。有時(shí)候結(jié)果會(huì)很壞，那么就希望在以后的優(yōu)化中，結(jié)果會(huì)越來(lái)越好。主要是把時(shí)間設(shè)置長(zhǎng)一點(diǎn)。 然后用共軛梯度法優(yōu)化6000步，rms gradient設(shè)為0.001（看實(shí)驗(yàn)而定），electrostatics選擇particle mesh ewald，number of processors選擇2，其它參數(shù)默認(rèn)。做完之后，用protein model中的check structure處理，看看結(jié)構(gòu)變好沒(méi)有。有時(shí)候結(jié)果會(huì)很壞，那么就希望在以后的優(yōu)化中，結(jié)果會(huì)越來(lái)越好。 然后進(jìn)行dynamics(heating or cooling),其中input typed molecular為上步conjugate gradient法得到的outputfile（包含水分子和離子），steps設(shè)置為100000，save results frequency為1000，electrostatics為particle mesh ewald，heating save restart file為true，number of processors選擇2，沒(méi)有限制常數(shù)，其它參數(shù)默認(rèn)。溫度當(dāng)然要看你的試驗(yàn)情況了。做完之后，用protein model中的check structure處理最后一個(gè)構(gòu)象（需要把最后構(gòu)象復(fù)制到新窗口，即選中最后一列數(shù)字，然后在hierarchy中點(diǎn)擊右鍵選擇copy，然后選擇 file-new-3d windows，然后paste），看看結(jié)構(gòu)變好沒(méi)有。 然后進(jìn)行dynamics(equilibration)，其中input typed molecular為上步dynamics(heating or cooling) 中的output中結(jié)果（要包括水分子和離子，不用復(fù)制最后構(gòu)象到新窗口，只要打開(kāi)含有全部構(gòu)象的文件就行），記住把最后一個(gè)構(gòu)象變?yōu)閍ctive（即選中最后一列數(shù)字），溫度當(dāng)然要看你的試驗(yàn)情況了,steps設(shè)置為500000，save results frequency為1000，constant pressure為true（根據(jù)實(shí)驗(yàn)而定），electrostatics為particle mesh ewald，equilibration save restart file為true，其中equilibration restart file為上步得到的output中的rst文件，number of processors選擇2，其它參數(shù)默認(rèn)。 然后進(jìn)行dynamics（production），其中的input type molecular為上步dynamics(equilibration)中output中的結(jié)果（要包括水分子和離子，不用復(fù)制最后構(gòu)象到新窗口，只要打開(kāi)含有全部構(gòu)象的文件就行），記住要把最后一個(gè)構(gòu)象選中（即選中最后一列數(shù)字），使其變?yōu)閍ctive，溫度當(dāng)然要看你的試驗(yàn)情況了，steps設(shè)置為 1000000，save results frequency為1000，production type為NPT（根據(jù)你實(shí)驗(yàn)情況而定），electrostatics為particle mesh ewald，production restartfile為上步得到的output中的rst文件，production save restart file為true，number of processors選擇2，其它參數(shù)默認(rèn)。用protein model中的check structure處理最后一個(gè)構(gòu)象（需要把最后構(gòu)象復(fù)制到新窗口），看看結(jié)構(gòu)變好沒(méi)有。時(shí)間可以設(shè)置更長(zhǎng)，現(xiàn)在好象要求越來(lái)越長(zhǎng)了。不過(guò)，我一般開(kāi)始先跑500ps，然后才1ns。主要怕出錯(cuò)。 這是我的基本步驟，主要處理蛋白質(zhì)的，并且加了水分子和離子，不知道有什么不足。對(duì)于小分子，可能沒(méi)有這么麻煩，可以用最簡(jiǎn)單的方法進(jìn)行優(yōu)化（即進(jìn)行minimization時(shí)，algorithm選擇smart minimizer處理，其中implicit solvent model選擇GBSW，max steps選擇5000，其它默認(rèn) ）。對(duì)于蛋白質(zhì)用隱形模型處理的話，Implicit Solvent Model最好選擇GBSW, Electrostatics最好為Spherical Cutoff。綜上，也許有不對(duì)之處請(qǐng)指出。謝謝！ 說(shuō)句題外話，分區(qū)格式最好為NTFS，因?yàn)镕AT32最大支持文件為4G。 這是我的基本步驟，主要處理蛋白質(zhì)的，不知道有什么不足。對(duì)于小分子，可以沒(méi)有這么麻煩，可以用最簡(jiǎn)單的方法進(jìn)行優(yōu)化（即進(jìn)行minimization 時(shí)，algorithm選擇smart minimizer處理，其中implicit solvent model選擇GBSW，max steps選擇5000，其它默認(rèn) ），也許有不對(duì)之處請(qǐng)指出。 [ Last edited by 雪狼乖乖 on 2010-7-18 at 20:46 ] |
3樓2010-07-18 20:44:55
2樓2010-07-17 14:07:27
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