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鐵桿木蟲 (著名寫手)

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謝謝，正迷糊呢，學(xué)習(xí)了。

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11樓2010-07-21 08:00:10

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zzjust

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我也不知道如何分析電荷密度圖和電荷密度差分圖
跟著學(xué)習(xí)

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12樓2010-09-02 09:03:03

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meimeidyh

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zzy870720z(金幣+3):謝謝指導(dǎo) 2010-09-02 11:14:26

利用電荷密度圖和電荷密度差分圖，再加上電荷布居就可以區(qū)分離子鍵和共價(jià)鍵了。電荷密度分析論壇上有，你自己找找。這里給你談?wù)劜季址治觯D(zhuǎn)貼：例如       Bond                   Population    Length (A)
==================================================
  Mg 001 -- S 002             -3.75       1.97300
  Mg 002 -- S 001             -3.75       1.97300
  Mg 001 -- S 001             -2.00       1.99160
  Mg 002 -- S 002             -2.00       1.99160
S 001 -- S 002             -1.45       3.20833
  Mg 001 -- Mg 002             -1.35       3.20833
==================================================
對(duì)于一個(gè)研究體系里面存在怎么樣的化學(xué)鍵在計(jì)算之前就應(yīng)該判斷好，比如現(xiàn)在計(jì)算的MgS，從簡(jiǎn)單的電負(fù)性（Pauling電負(fù)性）上考慮，從Mg和S的電子結(jié)構(gòu)考慮，就能得到MgS是一個(gè)比較典型的離子鍵體系，電子轉(zhuǎn)移在Mg和S之間會(huì)比較的明顯，對(duì)于離子鍵體系，陰離子和陽(yáng)離子之間波函數(shù)主要是排斥作用，或者說是反相位的組合，這樣計(jì)算得到的Overlap一定是小于0的，當(dāng)然正如你說的，可以通過負(fù)值大小粗略的判斷離子鍵強(qiáng)弱，此外在布局計(jì)算結(jié)果里面有不同原子的名義電荷，看看這個(gè)電荷和理想的離子鍵Mg2＋，S2－相比差別多大，一般而言Mg－S肯定存在共價(jià)鍵的成分，這樣計(jì)算得到的名義電荷不可能就是2，比如MG可能是1。5。S也是-1.5，因此這個(gè)名義電荷數(shù)值越接近理想離子晶體電荷，那么Mg－S鍵離子性就越強(qiáng)。
對(duì)于S－S和Mg－Mg，由于形成這個(gè)鍵的兩個(gè)原子都是同種電荷的離子，主要是Coulomb排斥作用。

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13樓2010-09-02 09:30:44

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enola

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Originally posted by meimeidyh at 2010-09-02 09:30:44:
利用電荷密度圖和電荷密度差分圖，再加上電荷布居就可以區(qū)分離子鍵和共價(jià)鍵了。電荷密度分析論壇上有，你自己找找。這里給你談?wù)劜季址治�，轉(zhuǎn)貼：例如 Bond Population Length ( ...

感謝你的詳細(xì)分析呢。。。。

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timeflies..

14樓2010-09-02 11:33:08

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s20080718

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15樓2010-09-04 10:02:17

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學(xué)習(xí)了看完還是有點(diǎn)迷糊我要好好的思考一下關(guān)于畫電荷密度圖分布圖的具體步驟哪位大俠能詳細(xì)說下嘛小弟感激不盡！
本文來自: 小木蟲論壇 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2233390&pid=2196817&page=2#pid2196817

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16樓2010-09-04 10:02:35

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meimeidyh

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zzy870720z(金幣+3):謝謝轉(zhuǎn)載，最好注明出處，再次感謝 2010-09-05 15:25:02

電荷密度圖MS里面就可以得到，計(jì)算時(shí)選擇電荷密度和差分電荷密度，計(jì)算完后分析就可以得到，然后用截圖軟件截下來就可以了。
如用Origin作圖，轉(zhuǎn)發(fā)一個(gè)給你：

【MS電荷密度在Origin中作圖方法

很早就想把這個(gè)給大家分享，因?yàn)榭吹揭恍┫x子還在為此發(fā)愁。我也用過matlab，但結(jié)果不甚理想，所以就想如何在origin中快速實(shí)現(xiàn)。
1、Total density map
現(xiàn)在MS中save為文件，當(dāng)然你需要將你的隱藏文件和擴(kuò)展名都能顯示，在結(jié)果文件夾中找到*.chrgm(好像是).
從origin中導(dǎo)入這個(gè)文件,得到4列數(shù)據(jù),分別為a, b, c, 和charge.
一般的排序是先將a=1,對(duì)應(yīng)的b,c不同,然后才是a=2的,以此類推.
如果你想做(100)面, 將b, c, charge列分別設(shè)為x, y, z軸，那么就只選中a=1對(duì)應(yīng)的所有的b, c, charge數(shù)據(jù)，然后直接可以做出(100)面得電荷密度等高線圖，通過調(diào)節(jié)，可以得到很好的圖片。
（？？？？怎么插圖片啊？？？）
如果想得到（010）面的，將原來的數(shù)據(jù)的b列推至首列，然后選中首列，右鍵單擊選擇sort worksheet，這樣就會(huì)對(duì)b列的數(shù)據(jù)按從小到大的順序排列，而與之對(duì)應(yīng)的a，c，charge隨之改變。
按同樣的方法可得到（010）面得電荷密度。

2、差分電荷密度
MS中只能給出顯示，存為文件后卻無法打開。昨天在一個(gè)會(huì)上問M C Payne這個(gè)問題，他解釋說不是他的錯(cuò)，是公司的問題。（具一個(gè)牛人說，可用命令行運(yùn)行后，可得到數(shù)據(jù)文件。還沒試）。如果就現(xiàn)在的差分密度圖片如何在Origin中做出來呢？
你需要做的也很簡(jiǎn)單。將MS的差分密度圖片顯示后，隱藏其它（包括原子），存為.bmp文件。然后在origin中新建一個(gè)空matrix表格。從File的import中選擇image，按照默認(rèn)方式導(dǎo)入剛才的.bmp文件。然后選擇你需要的區(qū)域，點(diǎn)擊右鍵形成新的Matrix表（其實(shí)現(xiàn)實(shí)的還是圖片）。
再到view中的view mode選擇數(shù)據(jù)，你會(huì)得到一個(gè)很奇怪的matrix表，別管他，直接對(duì)這個(gè)matrix做contour圖，你會(huì)得到差分密度圖了，要想獲得好的效果，需要很仔細(xì)地調(diào)節(jié)。具體辦法，實(shí)在太難寫出來，等以后再說吧

MS電荷密度和差分密度用Origin作圖的補(bǔ)充說明
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zdhlover(金幣+5,VIP+0):辛苦了 11-3 18:42
yjmaxpayne(金幣+3,VIP+0):多謝你的分享。 11-7 10:09

aylayl08 問：是否就以origin自動(dòng)insert值就可以了呢？我估計(jì)他問的是一個(gè)普遍問題，所以在此發(fā)表一個(gè)帖子，對(duì)原先帖子進(jìn)行補(bǔ)充。

這個(gè)問題我可以很肯定地說，不行�。�！

你必須要自己去insert數(shù)據(jù)。而且最好能等差插入。一般來說，用import image的方法導(dǎo)入origin后，再用data mode顯示數(shù)據(jù)時(shí)，你會(huì)發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)都很大，完全不像MS中差分密度的負(fù)幾到正幾。至于原因我原來說過了。你需要在正負(fù)分界（也就是所謂差分密度為0）的地方，用粗實(shí)線來表示。得到電子（對(duì)應(yīng)MS中為正值）的區(qū)域用細(xì)實(shí)線，在失去電子（對(duì)應(yīng)MS中為負(fù)值）的區(qū)域用dot線。

如何判定origin作出的圖中哪些區(qū)域是得或失電子呢？
我建議大家同時(shí)打開MS中的原圖（差分密度），用Red-white-blue的64band模式顯示。這樣，你就會(huì)發(fā)現(xiàn)紅色代表失去電子（負(fù)值）、藍(lán)色代表得到電子（正值），而且在紅-藍(lán)之間一定有白色的區(qū)域（或許很細(xì)很窄），這就是差分密度為0的區(qū)域了。那么，你就可以以此為參照，來確定Origin中的得失電子區(qū)域和差分密度為0的分界線了。

同時(shí)，我后來發(fā)現(xiàn)，在MS中用white-black顯示后，還是將band設(shè)為64為好，這樣導(dǎo)入Origin后能反映出更細(xì)微的變化。特此說明，希望對(duì)大家有幫助�！�

matlab做等電荷密度高線圖，也轉(zhuǎn)發(fā)一個(gè)給你：

【電荷密度圖等高線的作法
★ ★ ★
spur(金幣+3,VIP+0):感謝幫助！歡迎常來！

這是我?guī)熜志幍腗ATLAB程序用來處理MS電荷密度的等高線做法，分四步：
1.找到電荷密度圖的存儲(chǔ)文件，一般是在自己所建的計(jì)算project中，隱藏的，castep模塊是.charg_frm格式的，可以用txt打開后另存為txt格式。
2.讀取數(shù)據(jù)，在matlab命令里輸入以下命令：
[path,fn]=uigetfile('*.txt','Open');
fp=fopen([fn,path],'r');
head=fscanf(fp,'%s',4);
data=fscanf(fp,'%f',[4,18*18*144]);
fclose(fp);
這是讀取剛才保存的txt數(shù)據(jù)的，其中18*18*144是可以改的，分別對(duì)應(yīng)a,b,c的重復(fù)單元。
3.作矩陣。
a=reshape(data(1, ,[18,18,144]);
b=reshape(data(2, ,[18,18,144]);
c=reshape(data(3, ,[18,18,144]);
d=reshape(data(4, ,[18,18,144]);
其中18*18*144是可以改的，分別對(duì)應(yīng)a,b,c的重復(fù)單元，即長(zhǎng)寬高的值。
4.作等高線圖
layer=1;
contour(reshape(a(:,layer, ,[18,144]),reshape(c(:,layer, ,[18,144]),reshape(d(:,layer, ,[18,144]),8);
layer=1（2，3，4....）可以修改作圖的層數(shù)，分別是從前面到后面。最后的8表示顯示線條數(shù)目，可以自己修改成9，10或其它。
hold on 表示累積作圖，hold off表示清空前面的作圖
舉例；做表面層和第九層的等高線圖
>> layer=9;
contour(reshape(a(:,layer, ,[18,144]),reshape(c(:,layer, ,[18,144]),reshape(d(:,layer, ,[18,144]),8);
>> hold on
>> layer=1;
contour(reshape(a(:,layer, ,[18,144]),reshape(c(:,layer, ,[18,144]),reshape(d(:,layer, ,[18,144]),8);

這是沿側(cè)面做等高線（即xz平面），其它方向作圖類似。只要修改其中的參數(shù)就可以了，如把a(bǔ)(:,layer, ,[18,144]),reshape(c(:,layer, ,[18,144]),reshape(d(:,layer, ,[18,144]),8);
改為a(layer,:, ,[18,144]),reshape(c(layer,l:, ,[18,144]),reshape(d(layer,:, ,[18,144]),8);
歡迎大家指點(diǎn)。上傳附件為樣本數(shù)據(jù)和上述作圖txt文檔。

特別感謝師兄Mr.Tang.】

[ Last edited by meimeidyh on 2010-9-4 at 16:21 ]

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17樓2010-09-04 16:18:58

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引用回帖:

Originally posted by s20080718 at 2010-09-04 10:02:17:
學(xué)習(xí)了看完還是有點(diǎn)迷糊我要好好的思考一下關(guān)于畫電荷密度圖分布圖的具體步驟哪位大俠能詳細(xì)說下嘛小弟感激不盡！

請(qǐng)參考樓上詳解！

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18樓2010-09-04 16:20:06

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