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xp198766鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[交流]
【求助/交流】請(qǐng)問，有沒有誰(shuí)知道，如何從NCBI上批量下載一類gene的核苷酸序列？ 已有7人參與
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如題，我在NCBI上面搜索一個(gè)gene，得到一千多個(gè)結(jié)果，我想把這些結(jié)果的序列下載下來，可是，有些序列的ID號(hào)里面是基因組的ID號(hào)，就是說，我下載下來的是基因組序列，而我只想要里面相應(yīng)基因的序列，NCBI里面搜索結(jié)果里，有對(duì)相關(guān)基因的定位，說是從哪個(gè)位點(diǎn)到哪個(gè)位點(diǎn)，有什么軟件可以達(dá)到我的要求呢！ 請(qǐng)了解相關(guān)知識(shí)的高手解答下，不勝感激！ |
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xp198766
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scelab(金幣+5):good 2010-07-20 23:46:52
scelab(金幣+5):good 2010-07-20 23:46:52
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可以啊，你在NCBI里面有一個(gè)下拉列表框，里面可以選基因的，還可以用關(guān)鍵詞搜基因呢，例如，用nitrogen搜索gene，可以找到與氮相關(guān)的基因，等等 例如這個(gè)是脂肪酶相關(guān)的基因 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=Lipase [ Last edited by xp198766 on 2010-7-20 at 21:07 ] |
7樓2010-07-20 21:05:52
reasonspare
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看天(金幣+3):不會(huì)是斑竹自己寫的吧？呵呵... 2010-07-21 09:09:21
xp198766(金幣+10):謝謝您給我這么多的信息！謝謝，對(duì)我?guī)椭艽�，謝謝！我會(huì)認(rèn)真看的 2010-07-23 15:52:53
看天(金幣+3):不會(huì)是斑竹自己寫的吧？呵呵... 2010-07-21 09:09:21
xp198766(金幣+10):謝謝您給我這么多的信息！謝謝，對(duì)我?guī)椭艽�，謝謝！我會(huì)認(rèn)真看的 2010-07-23 15:52:53
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上面這個(gè)兩個(gè)問題，如果大家稍微分析一下，其實(shí)很簡(jiǎn)單，就是批量下載， 哈哈，我經(jīng)常批量下個(gè)大數(shù)據(jù)庫(kù)的海量數(shù)據(jù)，也就是3-10G 左右，關(guān)鍵是如何確定你要的信息。 笨方法：ＭＥＧＡ 軟件，你可以直接將你的基因通過該軟件進(jìn)行blast，然后手工選擇下載每一個(gè)基因。 如果你稍微懂一點(diǎn)perl, 那么就非常容易了：下面一個(gè)關(guān)于蛋白序列批量下載的例子： 已經(jīng)批量下載了帶有注釋的Genbank文件，大概有500M，每條信息中的內(nèi)容既包含蛋白序列也包含核酸序列，使用SeqVerter 等軟件只能導(dǎo)出核酸序列的的fasta文件。 現(xiàn)在想把其中的氨基酸序列也批量導(dǎo)出來，園子里倒是查到有高手編的perl模塊可以實(shí)現(xiàn)這樣的功能，但是我對(duì)編程語(yǔ)言一竅不通，linux也不會(huì)用，不知有什么現(xiàn)成的windows軟件可以直接導(dǎo)出蛋白序列的fasta文件。以前寫的，試試，在windows的doc下應(yīng)該也差不多， #! /usr/local/bin/perl # name: gb2pep.pl # genbank input to pep sequences. # Vi.n. #usage: cat yourfile|perl gb2pep.pl # 2006-5-16. use strict; use warnings; my $pep_tag = 0; my $pep = ''; my $name = ''; my $name_tag = 0; while ( $name = $1 if /^LOCUS\s+(\S+)\s+/; $name_tag = 1 && $name.= $1 if /^DEFINITION(.*)/; $name_tag = 0 if /^ACCESSION\s+/; $name.= " $1" if /^\s{12}(.*)/ && $name_tag; $pep_tag = 1 && $pep = $1 if /^\s{21}\/translation="(\w+)/; $pep.=$1 if /^\s{21}(\w+)/ && $pep_tag; if (/^\s{21}\w+"$/ && $pep_tag) { print ">$name\n"; for (my $i = 0; $i*60 <= length $pep; $i++) { print substr($pep, $i*60, 60), "\n"; } $pep_tag = 0; } } 能編譯成在windows下使用的程序嗎?得益于高手“等天光的硬幣”指點(diǎn)，實(shí)現(xiàn)在windows下從genbank數(shù)據(jù)包中輕松導(dǎo)出fasta格式的蛋白序列，非常感謝“等天光的硬幣”的熱心幫助！ 寫下這一過程與新手共享。（呵呵，未經(jīng)“等天光的硬幣”允許，不知會(huì)不會(huì)侵犯知識(shí)產(chǎn)權(quán)......） 開始： 1. 安裝ActivePerl（perl for windows版本） http://downloads.activestate.com ... in32-x86-287188.msi 2. 把以下橫線之間的字符粘貼到記事本中，“另存為”并選擇保存類型為“所有文件”，命名為gb2pep.pl，放到一個(gè)目錄下（比如C:\） ______________________________________________________________________ # 2006-5-16. use strict; use warnings; my $pep_tag = 0; my $pep = ''; my $name = ''; my $name_tag = 0; open(IN,$ARGV[0]); while ( $name = $1 if /^LOCUS\s+(\S+)\s+/; $name_tag = 1 && $name.= $1 if /^DEFINITION(.*)/; $name_tag = 0 if /^ACCESSION\s+/; $name.= " $1" if /^\s{12}(.*)/ && $name_tag; $pep_tag = 1 && $pep = $1 if /^\s{21}\/translation="(\w+)/; $pep.=$1 if /^\s{21}(\w+)/ && $pep_tag; if (/^\s{21}\w+"$/ && $pep_tag) { print ">$name\n"; for (my $i = 0; $i*60 <= length $pep; $i++) { print substr($pep, $i*60, 60), "\n"; } $pep_tag = 0; } } ______________________________________________________________________ 3. 將genbank文件（比如demo-genbank.gb）也拷貝到和gb2pep.pl相同的文件夾，比如C:\ 4. 點(diǎn)擊windows桌面工具欄“開始”——“運(yùn)行”——“cmd”進(jìn)入dos命令窗口，此時(shí)文件夾位置一般處于C:\Documents and Settings\當(dāng)前用戶名> 5. 鍵入"cd\" 回到C盤根目錄。輸入命令行：perl gb2pep.pl demo-genbank.gb >demo_out.fasta 回車。 6.等一會(huì)兒就會(huì)在C盤根目錄下出現(xiàn)名為 demo_out.fasta的文件，這就是我們處理得到的結(jié)果。 使用perl模塊處理文本文件十分高效，我下載的一個(gè)genbank文件包有五百多兆，使用這個(gè)perl模塊處理，只要幾分鐘的時(shí)間就得到了fasta格式的序列了，而且?guī)缀醪徽际裁聪到y(tǒng)資源。謝謝啦~上面的都不好。 用emboss包，基本的seqret操作： seqret -sequence a.gb -outseq a.fasta -osformat fasta 融合序列可以用cat指令： cat *.gb >a.gb 詳情請(qǐng)google EMBOSS如果用perl腳本，最好用bioperl直接搞。 use strict; use Bio::SeqIO; my $file_in = shift; my $file_out = shift; my $IN = Bio::SeqIO->new(-file=>$file_in); my $OUT = Bio::SeqIO->new(-file=>">$file_out",-format=>'fasta'); while (my $obj = $IN->next_seq) { $OUT->write_seq($obj); } $IN->close; $OUT->close; |
9樓2010-07-21 04:58:58
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