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【求助】計算結(jié)構(gòu)大小 已有1人參與
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| 我想問一下怎么用gromacs分析聚集結(jié)構(gòu)的大小，也就是如果我想用gromacs算一下我的表面活性劑聚集后每一簇所含的單體數(shù)目，這樣的話怎么辦呢 |
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itismineok
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雪狼乖乖(金幣+3):謝謝 希望能完整化 2010-07-28 21:08:00
雪狼乖乖(金幣+3):謝謝 希望能完整化 2010-07-28 21:08:00
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解決這個問題分兩步： 1. 首先使用top2psf.pl將gromacs的 .top file（或者） .tpr file轉(zhuǎn)換成.psf文件 詳細(xì)見http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Programming_Guide/VMD 2. 然后將gromacs的.trr File(或者.trj File)和轉(zhuǎn)換成的.psf文件輸入到VMD中 編寫tcl文件分析，舉個例子： set psf your.psf set dcd your.dcd mol load psf $psf dcd $dcd set outfile [open cluster.dat w]; set nf [molinfo top get numframes] # Select cluster. #set sel [atomselect top "resname polar"] # polar 表面活性劑的殘基名 for {set i 1 } {$i < $nf } { incr i } { # Select cluster number. set cluster [atomselect top "resname polar and name only" frame $i] set crd [$cluster get {x y z}] #set clusters {}{} foreach a $crd b $crd { set diffr [veclength [vecsub $a $b]] #在這里根據(jù)表面活性劑分子之間的距離，生成clusters } puts $outfile "$clusters" #set cluster_num {} foreach a $clusters { #在這里統(tǒng)計每個cluster中分子的數(shù)量, } puts $outfile "$cluster_num" } close $outfile mol delete top [ Last edited by itismineok on 2010-7-29 at 09:17 ] |
2樓2010-07-28 17:07:52
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