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li41728501銀蟲(chóng) (初入文壇)
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[交流]
【求助/交流】關(guān)于序列的MAF和BED格式 已有1人參與
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我在網(wǎng)上提交比對(duì)序列，但要求必須是MAF或BED格式的，然后看了一下英文說(shuō)明書，不是很明白其中參數(shù)的含義，有沒(méi)有人有中文說(shuō)明書，或者給我解釋一下參數(shù)的含義，謝謝。以下是示例： BED格式： Example: Here's an example of an annotation track that uses a complete BED definition: track name=pairedReads description="Clone Paired Reads" useScore=1 chr22 1000 5000 cloneA 960 + 1000 5000 0 2 567,488, 0,3512 chr22 2000 6000 cloneB 900 - 2000 6000 0 2 433,399, 0,3601 MAF格式： track name=euArc visibility=pack ##maf version=1 scoring=tba.v8 # tba.v8 (((human chimp) baboon) (mouse rat)) a score=23262.0 s hg18.chr7 27578828 38 + 158545518 AAA-GGGAATGTTAACCAAATGA---ATTGTCTCTTACGGTG s panTro1.chr6 28741140 38 + 161576975 AAA-GGGAATGTTAACCAAATGA---ATTGTCTCTTACGGTG s baboon 116834 38 + 4622798 AAA-GGGAATGTTAACCAAATGA---GTTGTCTCTTATGGTG s mm4.chr6 53215344 38 + 151104725 -AATGGGAATGTTAAGCAAACGA---ATTGTCTCTCAGTGTG s rn3.chr4 81344243 40 + 187371129 -AA-GGGGATGCTAAGCCAATGAGTTGTTGTCTCTCAATGTG 詳細(xì)參數(shù)說(shuō)明見(jiàn)鏈接 http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat |
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2樓2010-08-02 17:43:52
mosike
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3樓2010-08-27 19:59:37
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BED chr22 1000 5000 cloneA 960 + 1000 5000 0 2 567,488, 0,3512 染色體；基因起始位置（TSS）；終止位置（Ter）;名稱;明暗值（用于custom trace）；所在+-鏈；CDS區(qū)起始；終止；RGB顏色；exon個(gè)數(shù)；每個(gè)exon的length（以“，”隔開(kāi)）；每個(gè)exon相對(duì)TSS的起始位置； 目前最新版本的Refgene里面最后一個(gè)參數(shù)為了方便使用改為絕對(duì)位置了，但不知道你要的是否應(yīng)該更改。 MAF沒(méi)用過(guò)，但UCSC里說(shuō)明挺詳細(xì)的,參數(shù)較多，看你想問(wèn)哪個(gè)了？ [ Last edited by genomelin on 2010-8-29 at 03:45 ] |
4樓2010-08-28 20:52:16
xiongdian
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5樓2012-05-14 19:45:05
鏈夌埍Nyoko
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6樓2015-06-05 13:52:02
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